PDB-4bgf: The 3D-structure of arylamine-N-acetyltransferase from M. tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bgf

タイトル

The 3D-structure of arylamine-N-acetyltransferase from M. tuberculosis

要素

ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

キーワード

TRANSFERASE / DRUG DESIGN / CROSS-SEEDING / MICRO-SEEDING / MICROSEED MATRIX SCREEN

機能・相同性

Arylamine N-acetyltransferase / Cysteine proteinases / Arylamine N-acetyltransferase fold / Lipocalin / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.097 Å

データ登録者

Abuhammad, A. / Lowe, E.D. / McDonough, M.A. / Shaw Stewart, P.D. / Kolek, S.A. / Sim, E. / Garman, E.F.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: Structure of arylamine N-acetyltransferase from Mycobacterium tuberculosis determined by cross-seeding with the homologous protein from M. marinum: triumph over adversity.
著者: Abuhammad, A. / Lowe, E.D. / McDonough, M.A. / Shaw Stewart, P.D. / Kolek, S.A. / Sim, E. / Garman, E.F.

履歴

登録	2013年3月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月31日	Group: Atomic model / Database references
改定 1.2	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.3	2013年11月13日	Group: Atomic model
改定 1.4	2018年3月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2023年12月20日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bgf.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bgf.ent.gz	1010 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bgf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bgf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ltwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1hee-4 1zg7-3 5cpa-d 1zg8-1 1o4y-d 2rfh-d 3vv3-3 2vfb-d 4l5v-d 1zg9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

B: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

C: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

D: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

E: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

F: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

G: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

H: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

249 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

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31.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

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4

D: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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5

E: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

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6

F: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

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7

G: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

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8

H: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.494, 139.147, 96.506
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT / ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE 分子量: 31063.119 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PVLT31 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS / 参照: UniProt: I6XHK1, arylamine N-acetyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 999 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT / ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE

分子量: 31063.119 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PVLT31 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS / 参照: UniProt: I6XHK1, arylamine N-acetyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 999 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.02 M CACL2, 0.1 M NA-ACETATE PH 4.6 AND 30 % MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器	タイプ: MARRESEARCH MARMOSAIC 300MM / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: L,-K,H / Fraction: 0.57
反射	解像度: 2.097→29.6 Å / Num. obs: 136366 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.097→2.2 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LTW

3ltw

解像度: 2.097→29.629 Å / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.61 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1873	7211	5.3 %
R_work	0.1607	-	-
obs	0.1628	136337	91.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.097→29.629 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16542	0	0	999	17541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	16925
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.496	23151
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.882	6009
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	2688
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3019

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0992-2.1354	0.2725	354	0.2422	6247	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1354-2.1742	0.2754	375	0.2294	6568	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1742-2.216	0.2624	330	0.2325	6368	X-RAY DIFFRACTION	87
2.216-2.2612	0.2743	314	0.2213	6266	X-RAY DIFFRACTION	84
2.2612-2.3104	0.2501	362	0.2075	6623	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3104-2.3641	0.2291	359	0.2062	6759	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3641-2.4232	0.2316	360	0.1993	6688	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4232-2.4886	0.2136	338	0.1861	6734	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4886-2.5618	0.2017	350	0.1875	6606	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5618-2.6444	0.2241	339	0.1876	6691	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6444-2.7389	0.2052	350	0.1793	6556	X-RAY DIFFRACTION	89
2.7389-2.8484	0.2133	362	0.1713	6544	X-RAY DIFFRACTION	88
2.8484-2.9779	0.1927	326	0.1583	6544	X-RAY DIFFRACTION	88
2.9779-3.1347	0.1836	323	0.1568	6355	X-RAY DIFFRACTION	86
3.1347-3.3307	0.2048	306	0.158	6048	X-RAY DIFFRACTION	82
3.3307-3.5874	0.1709	349	0.1459	6549	X-RAY DIFFRACTION	88
3.5874-3.9474	0.1631	343	0.135	6483	X-RAY DIFFRACTION	88
3.9474-4.5164	0.1348	360	0.116	6431	X-RAY DIFFRACTION	86
4.5164-5.6816	0.1429	346	0.1192	6241	X-RAY DIFFRACTION	83
5.6816-27.1724	0.1805	275	0.1581	6184	X-RAY DIFFRACTION	82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0992	0.9273	0.2702	2.7524	-0.0459	2.5689	0.1316	-0.182	-0.1789	0.1061	-0.1005	0.0498	0.2811	-0.0514	-0.0266	0.1553	-0.0197	-0.0101	0.1782	0.0109	0.1696	19.6283	-80.9564	65.1212
2	2.1176	0.7115	-0.2081	2.7541	-0.3267	2.7428	0.1688	-0.3499	-0.0826	0.4462	-0.1459	0.1625	0.1464	-0.0273	-0.014	0.2194	-0.0263	0.0388	0.2214	0.0028	0.2027	-28.3143	-81.5155	66.0206
3	2.2847	0.214	-0.2905	2.1842	-0.3668	1.8727	0.0488	-0.0286	0.2095	0.181	-0.1094	-0.115	-0.2536	0.2371	0.0502	0.1796	-0.0383	-0.0235	0.2183	0.0018	0.1381	41.5109	-54.684	-2.9433
4	2.0902	0.1735	-0.5522	2.1235	-0.1525	1.1649	0.023	-0.0018	0.3193	0.0177	-0.0005	0.0391	-0.1156	0.0151	-0.0118	0.1353	-0.0101	-0.0221	0.1597	0.0074	0.169	-8.6499	-54.7805	45.6741
5	1.9628	0.412	-0.2764	2.6144	-0.1784	1.8965	-0.0132	-0.0128	0.0633	-0.0336	-0.0803	-0.1274	-0.0419	0.2409	0.0893	0.1211	-0.0038	-0.0161	0.2153	0.0371	0.1848	-7.9176	-54.5461	-1.4101
6	2.7754	0.1783	-0.5316	2.837	-0.6498	2.0659	-0.032	0.1425	0.2051	-0.2228	0.0331	-0.1168	-0.0513	0.0144	0.0027	0.1394	-0.0205	-0.0237	0.1702	0.0034	0.1658	40.2544	-54.8383	45.4439
7	0.8827	0.276	-0.4606	2.4211	0.1216	2.2356	0.006	-0.0061	-0.1175	-0.0464	-0.0112	-0.0449	0.1853	-0.0139	0.0034	0.1193	0.0026	-0.024	0.1839	0.0292	0.1453	21.6505	-81.404	16.8231
8	1.8003	0.6689	-0.1857	2.6607	0.0326	2.8668	0.044	-0.0617	-0.1084	0.0212	-0.0881	0.0304	0.3028	-0.0054	0.0515	0.1598	-0.0056	-0.0122	0.1765	0.0085	0.1649	-27.6968	-81.5249	18.0564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND ((RESSEQ 3:272))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND ((RESSEQ 3:272))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND ((RESSEQ 3:272))
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D AND ((RESSEQ 3:272))
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E AND ((RESSEQ 3:272))
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F AND ((RESSEQ 3:272))
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G AND ((RESSEQ 3:272))
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H AND ((RESSEQ 3:272))

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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