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- PDB-4bet: Crystal structure of the Legionella pneumophila FIC domain-contai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bet
タイトルCrystal structure of the Legionella pneumophila FIC domain-containing effector AnkX protein (inactive H229A mutant) in complex with cytidine-diphosphate-choline
要素PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHOCHOLINATION / TYPE IV SECRETION SYSTEM EFFECTOR / CYTIDINE- DIPHOSPHATE-CHOLINE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphocholine transferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / regulation of GTPase activity / host cell cytoplasm / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat ...Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CDC / Phosphocholine transferase AnkX
類似検索 - 構成要素
生物種LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Campanacci, V. / Mukherjee, S. / Roy, C.R. / Cherfils, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Legionella Effector Ankx Reveals the Mechanism of Phosphocholine Transfer by the Fic Domain.
著者: Campanacci, V. / Mukherjee, S. / Roy, C.R. / Cherfils, J.
履歴
登録2013年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX
B: PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,20611
ポリマ－116,5692
非ポリマー1,6379
水2,054114
1
A: PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX
ヘテロ分子

B: PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,20611
ポリマ－116,5692
非ポリマー1,6379
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area5530 Å2
ΔGint-107.2 kcal/mol
Surface area40550 Å2
手法PISA
2
B: PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX
ヘテロ分子

A: PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,20611
ポリマ－116,5692
非ポリマー1,6379
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area5530 Å2
ΔGint-107.2 kcal/mol
Surface area40550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.100, 122.150, 75.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.470724, 0.003868, 0.882272), (-0.004307, -0.999989, 0.002086), (0.88227, -0.002818, 0.470735)
ベクター: 21.939, -62.005, 36.011)

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX / PC TRANSFERASE / ANKYRIN REPEAT-CONTAINING PROTEIN X


分子量: 58284.461 Da / 分子数: 2 / 断片: FIC AND ANKYRIN REPEATS DOMAINS, RESIDUES 2-484 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INACTIVE MUTANT
由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)
株: PHILADELPHIA 1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS
参照: UniProt: Q5ZXN6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物 ChemComp-CDC / [2-CYTIDYLATE-O'-PHOSPHONYLOXYL]-ETHYL-TRIMETHYL-AMMONIUM


分子量: 488.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26N4O11P2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2 M LITHIUM SULFATE, 14% PEG 4000, 0.1 M TRIS PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月2日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→43.89 Å / Num. obs: 36935 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 60.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.02
反射 シェル解像度: 2.55→2.7 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BEP

4bep


解像度: 2.55→43.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9232 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8891 / SU R Cruickshank DPI: 0.637 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.545 / SU Rfree Blow DPI: 0.281 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.291
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2473 1847 5 %RANDOM
Rwork0.2033 ---
obs0.2055 36935 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.1829 Å20 Å212.6711 Å2
2--18.4664 Å20 Å2
3----3.2834 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→43.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7639 0 100 114 7853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017982HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2210851HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2820SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes220HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1129HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7982HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.79
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1003SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9177SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2713 142 4.99 %
Rwork0.256 2704 -
all0.2568 2846 -
obs--98.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2581-0.16280.28622.78510.11121.87130.0908-0.0389-0.29640.24650.07070.19080.2773-0.1012-0.1615-0.06190.0008-0.2692-0.24420.06080.061717.4425-31.269333.2657
21.9853-0.22530.65952.2811-0.79521.3537-0.0177-0.15820.08530.47730.15290.321-0.2758-0.2293-0.13520.04380.0733-0.1769-0.16250.04980.018314.6598-17.307539.0132
3-0.1307-0.94870.39292.1036-1.32863.1498-0.01940.1196-0.00190.0573-0.1045-0.6250.08620.35220.1239-0.152-0.0273-0.1751-0.1407-0.02290.111930.5057-6.628720.8438
41.36410.04770.62792.812-0.13991.8903-0.08290.15370.1396-0.00780.0066-0.3178-0.37650.11110.0763-0.0574-0.0469-0.1489-0.2241-0.0164-0.043742.9507-30.729767.1494
51.38580.34870.27272.64430.57161.9431-0.03830.1672-0.2756-0.03410.1172-0.6429-0.02730.277-0.079-0.1404-0.0219-0.1335-0.1416-0.05640.07449.3507-44.62267.316
61.45710.61861.4322.97261.13541.23640.1068-0.19980.04320.4152-0.09820.36920.0793-0.2124-0.0086-0.07420.0145-0.0647-0.11930.0245-0.009825.9824-55.449272.7413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - 220 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|221 - 351 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|352 - 484 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|6 - 220 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|221 - 351 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|352 - 484 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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