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- PDB-4be4: Closed conformation of O. piceae sterol esterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4be4
タイトルClosed conformation of O. piceae sterol esterase
要素STEROL ESTERASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Carboxylic ester hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種OPHIOSTOMA PICEAE (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gutierrez-Fernandez, J. / Vaquero, M.E. / Prieto, A. / Barriuso, J. / Gonzalez, M.J. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Ophiostoma Piceae Sterol Esterase: Structural Insights Into Activation Mechanism and Product Release.
著者: Gutierrez-Fernandez, J. / Vaquero, M.E. / Prieto, A. / Barriuso, J. / Martinez, M.J. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2013年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STEROL ESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,22119
ポリマ－59,2141
非ポリマー2,00718
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.274, 119.274, 206.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 STEROL ESTERASE


分子量: 59213.535 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 13-549 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-ACETYLGLUCOSAMINE GLYCOSYLATIONS IN POSITIONS 362 AND 380
由来: (組換発現) OPHIOSTOMA PICEAE (菌類) / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): KM71 / 参照: UniProt: Q2TFW1, sterol esterase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 257分子

#3: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): COVALENTLY BOUND TO ASN362 AND ASN380 BY N-GLYCOSIDIC LINKAGES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 10% 1,4-DIOXANE, 0.1 M MES PH 6.5, 1.6 M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97908
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.23 Å / Num. obs: 26901 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→46.228 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.23 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE FIRST 8 AMINO ACIDS (EAEAYVEF) CORRESPOND TO A PURIFICATION TAG. ONLY THE LAST TWO AA (EF) WERE VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 1344 5 %
Rwork0.164 --
obs0.1669 26656 97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.977 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.0205 Å20 Å20 Å2
2--5.0205 Å20 Å2
3----10.0411 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.228 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4140 0 127 241 4508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0785933
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.581577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004754
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6002-2.69310.37931290.25742441X-RAY DIFFRACTION96
2.6931-2.8010.30361330.22672462X-RAY DIFFRACTION97
2.801-2.92840.28061400.20362483X-RAY DIFFRACTION97
2.9284-3.08280.29391270.19562522X-RAY DIFFRACTION98
3.0828-3.27590.23611490.17582503X-RAY DIFFRACTION98
3.2759-3.52870.20711430.15242511X-RAY DIFFRACTION97
3.5287-3.88370.16531250.13482567X-RAY DIFFRACTION98
3.8837-4.44530.17321330.11822587X-RAY DIFFRACTION98
4.4453-5.5990.17311340.12892567X-RAY DIFFRACTION97
5.599-46.23510.22931310.18942669X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.97340.8762-0.40332.03390.24991.4837-0.19220.6164-0.1805-0.37410.20540.2020.501-0.91990.03120.3312-0.14960.02340.3679-0.05770.2106-26.826340.0393-49.2222
22.16361.94562.53192.36981.47884.0617-0.0864-0.03710.37030.1497-0.17630.21-0.1314-0.55110.26420.26390.00360.02970.2531-0.05470.3477-25.861156.5362-32.2748
32.61680.5109-0.76240.9809-0.23051.8221-0.10510.1325-0.1618-0.175-0.02350.02870.3395-0.48330.09490.2316-0.08720.02130.2219-0.03210.1299-20.835143.5877-39.1054
41.42980.3571-0.29580.8772-0.33831.81110.0345-0.1717-0.16690.0901-0.0750.15180.5066-0.2880.08240.3585-0.1150.05510.224-0.00950.1949-20.292235.2603-31.7964
51.30590.2902-0.14290.87630.06550.5971-0.096-0.0473-0.06130.0884-0.0210.1410.4013-0.55090.04490.3468-0.15380.09660.41440.01130.2285-26.167840.2221-22.6761
60.7422-0.28180.02520.77140.19641.8715-0.0561-0.2449-0.07590.1271-0.01920.0390.22710.02540.06550.2178-0.04610.0440.20870.03150.1483-7.611148.9759-18.703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 11:61)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 62:98)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 99:187)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 188:277)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 278:357)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 358:549)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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