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- PDB-4bdh: Fragment-based screening identifies a new area for inhibitor bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bdh
タイトルFragment-based screening identifies a new area for inhibitor binding to checkpoint kinase 2 (CHK2)
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA damage checkpoint signaling / regulation of autophagosome assembly / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / thymocyte apoptotic process / regulation of protein catabolic process / replicative senescence / mitotic spindle assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / signal transduction in response to DNA damage ...mitotic DNA damage checkpoint signaling / regulation of autophagosome assembly / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / thymocyte apoptotic process / regulation of protein catabolic process / replicative senescence / mitotic spindle assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / signal transduction in response to DNA damage / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Stabilization of p53 / protein catabolic process / G2/M DNA damage checkpoint / PML body / Regulation of TP53 Activity through Methylation / cellular response to gamma radiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of TP53 Degradation / double-strand break repair / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / 3-METHYL-4-(THIOPHEN-2-YL)-1H-PYRAZOL-5-AMINE / Serine/threonine-protein kinase Chk2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Silva-Santisteban, M.C. / Westwood, I.M. / Boxall, K. / Brown, N. / Peacock, S. / McAndrew, C. / Barrie, E. / Richards, M. / Mirza, A. / Oliver, A.W. ...Silva-Santisteban, M.C. / Westwood, I.M. / Boxall, K. / Brown, N. / Peacock, S. / McAndrew, C. / Barrie, E. / Richards, M. / Mirza, A. / Oliver, A.W. / Burke, R. / Hoelder, S. / Jones, K. / Aherne, G.W. / Blagg, J. / Collins, I. / Garrett, M.D. / van Montfort, R.L.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Fragment-Based Screening Maps Inhibitor Interactions in the ATP-Binding Site of Checkpoint Kinase 2.
著者: Silva-Santisteban, M.C. / Westwood, I.M. / Boxall, K. / Brown, N. / Peacock, S. / Mcandrew, C. / Barrie, E. / Richards, M. / Mirza, A. / Oliver, A.W. / Burke, R. / Hoelder, S. / Jones, K. / ...著者: Silva-Santisteban, M.C. / Westwood, I.M. / Boxall, K. / Brown, N. / Peacock, S. / Mcandrew, C. / Barrie, E. / Richards, M. / Mirza, A. / Oliver, A.W. / Burke, R. / Hoelder, S. / Jones, K. / Aherne, G.W. / Blagg, J. / Collins, I. / Garrett, M.D. / Van Montfort, R.L.
履歴
登録2012年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5757
ポリマ－37,1121
非ポリマー4636
水1,17165
1
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
ヘテロ分子

A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,14914
ポリマ－74,2242
非ポリマー92612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area4400 Å2
ΔGint-14.8 kcal/mol
Surface area28240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.080, 91.080, 92.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2 / CHK2 CHECKPOINT HOMOLOG / CDS1 HOMOLOG / HUCDS1 / HCDS1 / CHECKPOINT KINASE 2


分子量: 37111.844 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 210-531 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTHREE-E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS
参照: UniProt: O96017, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 71分子

#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-WVI / 3-METHYL-4-(THIOPHEN-2-YL)-1H-PYRAZOL-5-AMINE


分子量: 179.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N3S
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M HEPES 7.5, 0.2 M MG(NO3)2, 10% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 1 MM TCEP AND 8-14% (W/V) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→60.14 Å / Num. obs: 12574 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 82.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WTJ

2wtj


解像度: 2.7→30.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9477 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9361 / SU R Cruickshank DPI: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.397 / SU Rfree Blow DPI: 0.257 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.258
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 618 4.92 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.1792 12558 99.49 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0775 Å20 Å20 Å2
2--3.0775 Å20 Å2
3----6.155 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.337 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2172 0 29 65 2266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012240HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.143034HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d756SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes47HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes333HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2240HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion302SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2586SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.96 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 156 5.25 %
Rwork0.1968 2814 -
all0.2003 2970 -
obs--99.49 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.3622 Å / Origin y: 29.4495 Å / Origin z: 10.3832 Å
111213212223313233
T-0.0733 Å2-0.0317 Å20.0456 Å2--0.1701 Å2-0.0198 Å2---0.1844 Å2
L2.3797 °2-1.1927 °20.7785 °2-1.2531 °2-1.128 °2--1.7147 °2
S-0.1047 Å °0.1594 Å °-0.1878 Å °-0.3049 Å °0.0294 Å °0.1306 Å °0.0557 Å °-0.116 Å °0.0752 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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