[日本語] English
万見
- PDB-4bd9: Structure of the complex between SmCI and human carboxypeptidase A4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bd9
タイトルStructure of the complex between SmCI and human carboxypeptidase A4
要素
  • CARBOXYPEPTIDASE A4
  • CARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR SMCI
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / SERINE PROTEASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase inhibitor activity / hormone catabolic process / peptide catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / metallocarboxypeptidase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Tissue factor pathway inhibitor-like / Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / : / Peptidase family M14 domain profile. ...Tissue factor pathway inhibitor-like / Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / : / Peptidase family M14 domain profile. / Zinc carboxypeptidase / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Zn peptidases / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Aminopeptidase / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxypeptidase inhibitor SmCI / Carboxypeptidase A4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SABELLASTARTE MAGNIFICA (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Alonso-del-Ribero, M. / Reytor, M.L. / Trejo, S.A. / Chavez, M.A. / Aviles, F.X. / Reverter, D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: A Noncanonical Mechanism of Carboxypeptidase Inhibition Revealed by the Crystal Structure of the Tri-Kunitz Smci in Complex with Human Cpa4.
著者: Alonso Del Rivero, M. / Reytor, M.L. / Trejo, S.A. / Chavez, M.A. / Aviles, F.X. / Reverter, D.
履歴
登録2012年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CARBOXYPEPTIDASE A4
B: CARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR SMCI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5413
ポリマ－53,4762
非ポリマー651
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-46.2 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.670, 138.670, 161.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2006-

HOH

21A-2024-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CARBOXYPEPTIDASE A4 / CARBOXYPEPTIDASE A3


分子量: 34851.031 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 112-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPICZAA / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類)
参照: UniProt: Q9UI42, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ
#2: タンパク質 CARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR SMCI / SMCI INHIBITOR


分子量: 18624.600 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SABELLASTARTE MAGNIFICA (無脊椎動物)
プラスミド: PPICZAA / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P84875
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.66 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.97626
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.18 Å / Num. obs: 53712 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A94 CHAIN A

4a94


解像度: 2.2→38.856 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 2365 5.1 %
Rwork0.2231 --
obs0.2247 46623 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.176 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0966 Å20 Å20 Å2
2--3.0966 Å20 Å2
3----6.1933 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3705 0 1 123 3829
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1335165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1791350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.27870.33312250.28134269X-RAY DIFFRACTION98
2.2787-2.36990.29472330.27184379X-RAY DIFFRACTION100
2.3699-2.47770.33422450.27364381X-RAY DIFFRACTION100
2.4777-2.60830.34292190.28114413X-RAY DIFFRACTION100
2.6083-2.77170.29552690.26214368X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.98570.27822520.26784387X-RAY DIFFRACTION100
2.9857-3.2860.29952110.24254495X-RAY DIFFRACTION100
3.286-3.76110.23172350.21054482X-RAY DIFFRACTION100
3.7611-4.73730.18812300.16974540X-RAY DIFFRACTION100
4.7373-38.86170.21162460.18564544X-RAY DIFFRACTION95

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る