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- PDB-4bd2: Bax domain swapped dimer in complex with BidBH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bd2
タイトルBax domain swapped dimer in complex with BidBH3
要素
  • APOPTOSIS REGULATOR BAX
  • BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST
キーワードAPOPTOSIS / PROGRAMMED CELL DEATH / BCL-2 FAMILY.
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / protein insertion into mitochondrial membrane / BAX complex / mitochondrial outer membrane permeabilization / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process ...cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / protein insertion into mitochondrial membrane / BAX complex / mitochondrial outer membrane permeabilization / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / spermatid differentiation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / positive regulation of B cell apoptotic process / development of secondary sexual characteristics / Activation and oligomerization of BAK protein / NTRK3 as a dependence receptor / Sertoli cell proliferation / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / B cell homeostatic proliferation / glycosphingolipid metabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / retinal cell programmed cell death / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / B cell negative selection / BAK complex / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / mitochondrial permeability transition pore complex / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / apoptotic process involved in mammary gland involution / Transcriptional regulation by RUNX2 / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / regulation of nitrogen utilization / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / B cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein targeting to mitochondrion / regulation of epithelial cell proliferation / establishment of protein localization to membrane / death receptor binding / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / fertilization / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / positive regulation of mitochondrial membrane potential / calcium ion transport into cytosol / motor neuron apoptotic process / channel activity / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / epithelial cell apoptotic process / myeloid cell homeostasis / BH domain binding / execution phase of apoptosis / hypothalamus development / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / regulation of T cell proliferation / hepatocyte apoptotic process / thymocyte apoptotic process / pore complex / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / BH3 domain binding / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / germ cell development / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / vagina development / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / B cell homeostasis / negative regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Activation of BAD and translocation to mitochondria / response to axon injury / blood vessel remodeling / ectopic germ cell programmed cell death / signal transduction in response to DNA damage / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / supramolecular fiber organization / negative regulation of fibroblast proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / release of sequestered calcium ion into cytosol / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / homeostasis of number of cells within a tissue
類似検索 - 分子機能
BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. ...BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BH3-interacting domain death agonist / Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.206 Å
データ登録者Czabotar, P.E. / Westphal, D. / Adams, J.M. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Bax Crystal Structures Reveal How Bh3 Domains Activate Bax and Nucleate its Oligomerization to Induce Apoptosis.
著者: Czabotar, P.E. / Westphal, D. / Dewson, G. / Ma, S. / Hockings, C. / Fairlie, W.D. / Lee, E.F. / Yao, S. / Robin, A.Y. / Smith, B.J. / Huang, D.C. / Kluck, R.M. / Adams, J.M. / Colman, P.M.
履歴
登録2012年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOPTOSIS REGULATOR BAX
C: BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8762
ポリマ－22,8762
非ポリマー00
水1,29772
1
A: APOPTOSIS REGULATOR BAX
C: BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST

A: APOPTOSIS REGULATOR BAX
C: BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7524
ポリマ－45,7524
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_557-y,-x,-z+5/21
Buried area11300 Å2
ΔGint-124.8 kcal/mol
Surface area16870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.962, 101.962, 37.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2003-

HOH

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要素

#1: タンパク質 APOPTOSIS REGULATOR BAX / BAX / BCL-2-LIKE PROTEIN 4 / BCL2-L-4


分子量: 19182.711 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-171 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07812
#2: タンパク質・ペプチド BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST / BIDBH3 / P22 BID / BID / BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST P P15 BID / BH3-INTERACTING DOMAIN ...BIDBH3 / P22 BID / BID / BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST P P15 BID / BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST P13 / P13 BID / BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST P11 / P11 BID


分子量: 3693.111 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 76-109 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P55957
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.4 M SODIUM CITRATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 5.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADXV / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月5日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→51 Å / Num. obs: 10428 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 34.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 9.66
反射 シェル解像度: 2.21→2.43 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BAX DOMAIN SWAPPED DIMER INDUCED BY OCTYLMALTOSIDE

解像度: 2.206→50.981 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 522 5 %
Rwork0.1763 --
obs0.179 10428 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.64 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7605 Å20 Å20 Å2
2--0.7605 Å20 Å2
3----1.521 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.206→50.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1383 0 0 72 1455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9731894
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.018524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004245
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.206-2.4280.33131260.24372388X-RAY DIFFRACTION99
2.428-2.77930.27241280.20232438X-RAY DIFFRACTION100
2.7793-3.50150.25791300.17882474X-RAY DIFFRACTION100
3.5015-50.99460.17711380.15292606X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.9614 Å / Origin y: -8.1719 Å / Origin z: 41.7997 Å
111213212223313233
T0.1821 Å2-0.0289 Å20.0004 Å2-0.2134 Å20.0608 Å2--0.17 Å2
L0.9404 °20.7919 °2-0.2135 °2-0.902 °2-0.0499 °2---0.0819 °2
S-0.0219 Å °0.0928 Å °0.1052 Å °-0.0677 Å °0.0649 Å °0.0988 Å °0.0408 Å °-0.0095 Å °0.0094 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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