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- PDB-4bd1: Neutron structure of a perdeuterated Toho-1 R274N R276N double mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bd1
タイトルNeutron structure of a perdeuterated Toho-1 R274N R276N double mutant Beta-lactamase in complex with a fully deuterated boronic acid (BZB)
要素TOHO-1 BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / PERDEUTERATED NEUTRON STRUCTURE / EXTENDED-SPECTRUM BETA LACTAMASES / CTX- M-TYPE ESBLS
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZO[B]THIOPHENE-2-BORONIC ACID / DEUTERATED WATER / Beta-lactamase Toho-1
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Tomanicek, S.J. / Weiss, K.L. / Standaert, R.F. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Ng, J.D. / Coates, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Neutron and X-Ray Crystal Structures of a Perdeuterated Enzyme Inhibitor Complex Reveal the Catalytic Proton Network of the Toho-1 Beta-Lactamase for the Acylation Reaction.
著者: Tomanicek, S.J. / Standaert, R.F. / Weiss, K.L. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Ng, J.D. / Coates, L.
履歴
登録2012年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Data collection
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOHO-1 BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2832
ポリマ－28,1051
非ポリマー1781
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.429, 73.429, 99.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2016-

DOD

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要素

#1: タンパク質 TOHO-1 BETA-LACTAMASE


分子量: 28104.713 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PERDEUTERATED / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47066, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-BZB / BENZO[B]THIOPHENE-2-BORONIC ACID / ベンゾ[b]チオフェン-2-イルボロン酸


分子量: 178.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7BO2S
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細BENZO[B]THIOPHENE-2-BORONIC ACID (BZB): PERDEUTERATED

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: PH 6.5

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データ収集

放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: FRM II / ビームライン: BIODIFF / 波長: 2.4
検出器日付: 2012年8月8日
放射散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 2.4 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 19436 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 3.7 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: NONE

解像度: 2.002→9.974 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 961 5.1 %
Rwork0.2195 --
obs0.2214 18840 89.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 2 Å2 / ksol: 2 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→9.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 12 145 2127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0194252
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.1547375
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7231102
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1322
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.008633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0023-2.10690.29771240.23182236NEUTRON DIFFRACTION79
2.1069-2.23750.24441410.19842272NEUTRON DIFFRACTION81
2.2375-2.4080.21211330.20272329NEUTRON DIFFRACTION83
2.408-2.64620.26091390.21282559NEUTRON DIFFRACTION90
2.6462-3.01980.27931450.22682710NEUTRON DIFFRACTION95
3.0198-3.77020.26541430.23272830NEUTRON DIFFRACTION98
3.7702-9.97450.25161360.22342943NEUTRON DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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