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- PDB-4bbq: Crystal structure of the CXXC and PHD domain of Human Lysine-spec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bbq
タイトルCrystal structure of the CXXC and PHD domain of Human Lysine-specific Demethylase 2A (KDM2A)(FBXL11)
要素LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 2A
キーワードOXIDOREDUCTASE / UBIQUITIN / LIGASE / UBIQUITINATION / DEMETHYLATION / ZF-CXXC DNA BINDING DOMAIN / CPG ISLAND / CHROMATIN / KDM2A / FBXL11
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / unmethylated CpG binding / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / histone H3K36 demethylase activity / histone demethylase activity / transcription coregulator activity / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones / regulation of circadian rhythm ...histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / unmethylated CpG binding / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / histone H3K36 demethylase activity / histone demethylase activity / transcription coregulator activity / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones / regulation of circadian rhythm / double-strand break repair via nonhomologous end joining / chromosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
PHD-finger / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / F-box domain ...PHD-finger / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / F-box domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine-specific demethylase 2A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Allerston, C.K. / Watson, A.A. / Edlich, C. / Li, B. / Chen, Y. / Ball, L. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. ...Allerston, C.K. / Watson, A.A. / Edlich, C. / Li, B. / Chen, Y. / Ball, L. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Laue, E.D. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Cxxc and Phd Domain of Human Lysine-Specific Demethylase 2A (Kdm2A)(Fbxl11)
著者: Allerston, C.K. / Watson, A.A. / Edlich, C. / Li, B. / Chen, Y. / Ball, L. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Laue, E.D. / Gileadi, O.
履歴
登録2012年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 2A
B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,22411
ポリマ－26,6392
非ポリマー5859
水1,910106
1
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6436
ポリマ－13,3201
非ポリマー3245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5815
ポリマ－13,3201
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.024, 30.053, 90.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 2A / CXXC-TYPE ZINC FINGER PROTEIN 8 / F-BOX AND LEUCINE-RICH REPEAT PROTEIN 11 / F-BOX PROTEIN FBL7 / F- ...CXXC-TYPE ZINC FINGER PROTEIN 8 / F-BOX AND LEUCINE-RICH REPEAT PROTEIN 11 / F-BOX PROTEIN FBL7 / F-BOX PROTEIN LILINA / F-BOX/LRR-REPEAT PROTEIN 11 / JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROTEIN 1A / [HISTONE-H3]-LYSINE-36 DEMETHYLASE 1A


分子量: 13319.508 Da / 分子数: 2 / 断片: CXXC AND PHD DOMAIN, RESIDUES 567-681 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: Q9Y2K7, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
解説: ANOMALOUS SCATTERING FROM ENDOGENOUS ZINC USED FOR PHASING
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS, PH 6.5, 20%(W/V) PEG METHYL ETHER 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月4日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→90.79 Å / Num. obs: 13091 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 39.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.24→2.36 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
autoPROCデータ削減
AP_SCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.24→90.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9194 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8894 / SU R Cruickshank DPI: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.176
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=8.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2209 643 4.93 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
obs0.1981 13045 98.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.9938 Å20 Å26.3255 Å2
2--8.5589 Å20 Å2
3---3.4349 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.311 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→90.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1564 0 12 106 1682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011592HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.092139HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d750SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes32HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes238HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1592HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion204SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1756SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.42 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 136 5.1 %
Rwork0.1996 2530 -
all0.2015 2666 -
obs--98.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3334-0.68681.10022.0309-2.92053.65960.0444-0.01310.03080.205-0.0626-0.0736-0.33180.28270.01810.01530.0121-0.0536-0.0778-0.0313-0.04054.19117.10665.8942
21.45991.5757-2.12762.5425-2.88034.30120.00130.34060.0871-0.17630.1028-0.12090.1941-0.0664-0.1041-0.05320.00640.0381-0.01390.0218-0.0864-21.5774-15.4771.4614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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