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- PDB-4bbd: THE STRUCTURE OF VACCINIA VIRUS N1 R58Y MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bbd
タイトルTHE STRUCTURE OF VACCINIA VIRUS N1 R58Y MUTANT
要素N1L
キーワードVIRAL PROTEIN / BCL-LIKE PROTEIN / APOPTOSIS / VIRULENCE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus, Protein N1 / dsDNA poxvirus / Poxvirus Bcl-2-like / Poxvirus domain superfamily / Poxvirus Bcl-2-like proteins / Apoptosis Regulator Bcl-x / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein OPG035 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種VACCINIA VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Maluquer de Motes, C. / Cooray, S. / McGourty, K. / Ren, H. / Bahar, M.W. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. / Graham, S.C. / Smith, G.L.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Inhibition of Apoptosis and NF-kappaB Activation by Vaccinia Protein N1 Occur Via Distinct Binding Surfaces and Make Different Contributions to Virulence.
著者: Maluquer De Motes, C. / Cooray, S. / Ren, H. / Almeida, G.M.F. / Mcgourty, K. / Bahar, M.W. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. / Graham, S.C. / Smith, G.L.
履歴
登録2012年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N1L
B: N1L
C: N1L
D: N1L
E: N1L
F: N1L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2356
ポリマ－90,2356
非ポリマー00
水00
1
B: N1L
E: N1L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0782
ポリマ－30,0782
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-3.1 kcal/mol
Surface area11420 Å2
手法PISA
2
C: N1L
D: N1L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0782
ポリマ－30,0782
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-3.9 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
3
A: N1L
F: N1L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0782
ポリマ－30,0782
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-3.5 kcal/mol
Surface area11530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.560, 110.200, 72.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
N1L / N1L PROTEIN / VACV-DUKE-037 / VACV026 / VIROKINE


分子量: 15039.105 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C40S MUTATION WAS INTRODUCED TO AVOID INTERMOLECULAR DISULPHIDE BOND DRIVEN AGGREGATION.
由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS (ウイルス) / 株: WESTERN RESERVE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q49PX0, UniProt: P21054*PLUS
配列の詳細R58Y IS FUNCTIONAL MUTATION. C40S MUTATION WAS INTRODUCED TO AVOID INTERMOLECULAR DISULPHIDE BOND ...R58Y IS FUNCTIONAL MUTATION. C40S MUTATION WAS INTRODUCED TO AVOID INTERMOLECULAR DISULPHIDE BOND DRIVEN AGGREGATION (AS PDB ID 2UXE). C-TERMINAL LEHHHHHH SEQUENCE DERIVES FROM EXPRESSION VECTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.97 % / 解説: SOLVED BY ISOMORPHOUS DIFFERENCE FOURIER SYNTHESIS.
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESAERCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月10日
詳細: FOCUSING MIRRORS, ONE PAIR OF (300X40X15) MM3 LONG PT COATED SI MIRROR, 260MM USABLE, IN A KIRKPATRICK- BAEZ GEOMETRY
放射モノクロメーター: HORIZONTALLY DIFFRACTING MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 20904 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 91.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I39

2i39


解像度: 3→42.79 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1999 1061 5.1 %RANDOM
Rwork0.1763 ---
obs0.1775 20818 --
原子変位パラメータBiso mean: 75.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.5699 Å20 Å22.1312 Å2
2--3.3567 Å20 Å2
3----11.9266 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.431 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→42.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5682 0 0 0 5682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015769HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.027782HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2150SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes184HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes796HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5769HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion762SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6827SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.16 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2943 164 5.52 %
Rwork0.2389 2807 -
all0.2419 2971 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73910.11770.54596.9515-3.5495.96260.06710.361-0.3451-1.47250.02490.41871.14790.2332-0.0920.35820.1728-0.2664-0.2317-0.0804-0.166635.7308-15.3999-16.658
23.16010.4358-1.37775.4303-2.343.37450.0278-0.07620.05250.53660.01990.6869-0.388-0.3755-0.0477-0.0472-0.0110.0668-0.131-0.0456-0.052812.232231.4335-16.9047
35.9608-1.3464-1.68673.02731.01973.7190.30070.81360.5609-0.7145-0.047-0.2508-0.5152-0.3213-0.2536-0.0539-0.00580.0714-0.03150.1064-0.1162-3.82387.17-31.6955
43.3749-0.8945-1.63445.09942.36554.2176-0.0755-0.6903-0.09930.69180.2337-0.12720.47450.3121-0.1581-0.0377-0.0232-0.06110.05590.0351-0.13516.2114-9.0926-17.8813
52.82010.88621.21184.52311.82654.60180.07360.29440.0027-0.03060.0875-0.65510.20790.3908-0.1611-0.0736-0.0212-0.0199-0.13080.0382-0.039534.91226.5359-18.0233
64.78580.3972-0.65512.6918-0.38852.90080.1121-0.40670.29330.3804-0.12530.0949-0.06480.11850.0131-0.06950.0076-0.0371-0.0473-0.03-0.109940.15564.5224-5.7665
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 1-114
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 1-114
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND RESID 1-114
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND RESID 1-114
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E AND RESID 1-114
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F AND RESID 1-114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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