PDB-4bap: Hen egg-white lysozyme structure in complex with the europium tri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bap

タイトル

Hen egg-white lysozyme structure in complex with the europium tris- hydroxyethylcholinetriazoledipicolinate complex at 1.21 A resolution.

要素

LYSOZYME C

キーワード

HYDROLASE / CLICK-CHEMISTRY / ANOMALOUS SCATTERING / DE NOVO PHASING / EXPERIMENTAL PHASING / LANTHANIDE COMPLEX / DIPICOLINATE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

GALLUS GALLUS (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.207 Å

データ登録者

Talon, R. / Kahn, R. / Gautier, A. / Nauton, L. / Girard, E.

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2012
タイトル: Clicked Europium Dipicolinate Complexes for Protein X-Ray Structure Determination.
著者: Talon, R. / Nauton, L. / Canet, J.-L. / Kahn, R. / Girard, E. / Gautier, A.

履歴

登録	2012年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月28日	Group: Database references
改定 1.2	2015年3月25日	Group: Database references
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bap.cif.gz	81.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bap.ent.gz	62.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bap.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4bap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4bap	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4badC 4bafC 4balC 4barC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ccj-1 6syc-1 4baf-d 6xx1-3 3h91-1 2j4b-3 4b9f-2 4n5r-d 6ro3-d 1uow-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: LYSOZYME C

ヘテロ分子

15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.509, 77.509, 38.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2006- HOH
2	1	A-2026- HOH
3	1	A-2065- HOH
4	1	A-2088- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	LYSOZYME C / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C / ALLERGEN GAL D IV / GAL D 4 / HEWL / MURAMIDASE / MUCOPEPTIDE N- ...1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C / ALLERGEN GAL D IV / GAL D 4 / HEWL / MURAMIDASE / MUCOPEPTIDE N-ACETYLMURAMOYL-HYDROLASE 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: ROCHE APPLIED SCIENCE POWDER, CATALOG NUMBER 10837059001 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 器官: EGG / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

#1: タンパク質

LYSOZYME C / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C / ALLERGEN GAL D IV / GAL D 4 / HEWL / MURAMIDASE / MUCOPEPTIDE N- ...

分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: ROCHE APPLIED SCIENCE POWDER, CATALOG NUMBER 10837059001
由来: (天然)

GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 器官: EGG / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 161分子

#2: 化合物	ChemComp-DCJ / N-((1-(2,6-DICARBOXYPYRIDIN-4-YL)-1H-1,2,3-TRIAZOL-4-YL)METHYL)-2-HYDROXY-N,N-DIMETHYLETHANAMINIUM / HYDROXYETHYLCHOLINETRIAZOLEDIPICOLINATE / 4-[4-[ジメチル(2-ヒドロキシエチル)アミニオメチル]-1H-1,2,3-トリアゾ-ル-1-イル]ピリジン-2,(以下略) 分子量: 336.323 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₈N₅O₅
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-EU3 / EUROPIUM (III) ION 分子量: 151.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 27 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / pH: 4.6 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 0.4-1.5 M SODIUM CHLORIDE, 0.00067 M PROTEIN, 0.012 M LANTHANIDE COMPLEX, 293 K, 3-7 DAYS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: EITHER 111 OR 311 SILICON SINGLE CRISTALS プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→38.75 Å / Num. obs: 36469 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 10.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.21→1.27 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS	JANUARY 30 2009	データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.207→38.755 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.46 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ACCORDING TO THE HIGH RESOLUTION, ANISOTROPIC ADP REFINEMENT WAS APPLIED FOR ALL ATOMS LIGAND OCCUPANCIES WERE FIXED ACCORDING TO THE LANTHANIDE ION OCCUPANCIES

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1783	1823	5 %
R_work	0.1581	-	-
obs	0.1591	36424	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.756 Å² / k_sol: 0.384 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.073 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.073 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1459 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.207→38.755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1000	0	87	146	1233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1236
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.252	1689
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.572	526
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	161
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	221

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2071-1.2397	0.2749	136	0.2342	2576	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2397-1.2762	0.1922	138	0.2115	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2762-1.3174	0.2059	138	0.1867	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3174-1.3645	0.2069	138	0.1784	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3645-1.4191	0.2138	139	0.1611	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4191-1.4837	0.1596	138	0.1464	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4837-1.562	0.1625	140	0.1367	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.562-1.6598	0.1545	141	0.1349	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6598-1.788	0.1882	139	0.1329	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.788-1.9679	0.1871	141	0.1405	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-2.2526	0.1642	143	0.1438	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2526-2.838	0.1816	142	0.1551	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.838-38.7745	0.1692	150	0.1707	2807	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6342	0.5555	0.6215	1.3426	-0.0684	1.2629	-0.0664	-0.0503	0.1402	-0.0859	-0.0028	0.0487	-0.1016	-0.0532	0.0681	0.064	0.0062	-0.0118	0.0492	0.0035	0.0593	19.9973	5.3562	4.8874
2	2.0029	-0.0734	-0.5581	3.4325	0.6418	1.9682	-0.0438	-0.2322	-0.1188	0.2482	-0.0228	0.0173	0.0931	0.1445	0.0585	0.0788	-0.0079	-0.0104	0.098	0.02	0.068	15.5023	-7.4612	17.8975
3	3.2122	0.2297	-0.4642	0.9826	0.1444	1.8172	0.0212	-0.1863	-0.0084	-0.0082	-0.013	-0.0096	0.0114	0.0755	-0.0125	0.0797	-0.0054	-0.0077	0.0447	0.0078	0.0661	23.7819	2.8706	10.9551
4	3.6428	-3.3188	2.2484	7.5336	-3.2171	2.9304	-0.0628	0.2203	0.474	-0.1601	0.053	-0.0064	-0.366	-0.0323	-0.0209	0.2148	0.0175	0.0273	0.115	0.0616	0.1779	23.4472	12.0806	-4.1369
5	0.2464	0.6288	0.5199	1.929	0.8334	1.8424	-0.045	0.1502	0.0952	-0.1256	0.0414	0.1179	0.0125	-0.0238	-0.024	0.1465	0.001	-0.0125	0.1924	-0.0088	0.0893	21.0919	1.6918	-8.9968
6	0.0002	0.0002	0.0003	0.0001	0.0002	0.0004	-0.1782	1.7089	0.9713	0.0727	-1.0882	2.2093	0.2081	-1.5715	1.2786	0.2102	-0.0388	-0.0136	0.2072	0.0094	0.2959	21.9949	-2.8699	15.7086

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:43)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 44:82)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 83:122)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 123:129)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 1133)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 1130:1132)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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