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- PDB-4bac: prototype foamy virus strand transfer complexes on product DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bac
タイトルprototype foamy virus strand transfer complexes on product DNA
要素
  • 5'-D(*AP*GP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*GP *AP*TP*CP)-3'
  • 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP *TP*TP*GP*TP*AP)-3'
  • DNA (38-MER)
  • INTEGRASE
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / virion component / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / virion component / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Endonuclease III; domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / Helix non-globular / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Special / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN SPUMARETROVIRUS (ウイルス)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.263 Å
データ登録者Yin, Z. / Lapkouski, M. / Yang, W. / Craigie, R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Assembly of Prototype Foamy Virus Strand Transfer Complexes on Product DNA Bypassing Catalysis of Integration.
著者: Yin, Z. / Lapkouski, M. / Yang, W. / Craigie, R.
履歴
登録2012年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references / Other / Structure summary
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
C: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP *TP*TP*GP*TP*AP)-3'
D: DNA (38-MER)
E: 5'-D(*AP*GP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*GP *AP*TP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1418
ポリマ－112,0275
非ポリマー1143
水543
1
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
C: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP *TP*TP*GP*TP*AP)-3'
D: DNA (38-MER)
E: 5'-D(*AP*GP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*GP *AP*TP*CP)-3'
ヘテロ分子

A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
C: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP *TP*TP*GP*TP*AP)-3'
D: DNA (38-MER)
E: 5'-D(*AP*GP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*GP *AP*TP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,28116
ポリマ－224,05310
非ポリマー2286
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area31220 Å2
ΔGint-200.4 kcal/mol
Surface area64960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.617, 160.617, 125.092
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 INTEGRASE / IN / P42IN


分子量: 44658.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HUMAN SPUMARETROVIRUS (ウイルス) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14350, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

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DNA鎖 , 3種, 3分子 CDE

#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP *TP*TP*GP*TP*AP)-3'


分子量: 5864.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (38-MER)


分子量: 11573.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*GP *AP*TP*CP)-3'


分子量: 5270.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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非ポリマー , 3種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN THROUGH REVERSE VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 23 C BY MIXING 1 UL IN-DNA COMPLEX SOLUTION (20 MM HEPES, PH 7.5, 500 MM NACL, 5 MM MGCL2, 2 MM TCEP AND 8% (W/V) ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN THROUGH REVERSE VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 23 C BY MIXING 1 UL IN-DNA COMPLEX SOLUTION (20 MM HEPES, PH 7.5, 500 MM NACL, 5 MM MGCL2, 2 MM TCEP AND 8% (W/V) GLYCEROL) WITH 1 UL RESERVOIR SOLUTION (50 MM NA CACODYLATE, PH 6.5, 100 MM MGCL2, 1 MM COCL3 AND 6% (V/V) ETHANOL).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL - SI (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.26→30 Å / Num. obs: 25740 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 75.3 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 3.26→3.32 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L2R

3l2r


解像度: 3.263→29.141 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 1223 5.1 %
Rwork0.1847 --
obs0.1868 24101 92.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.773 Å2 / ksol: 0.257 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.9139 Å20 Å20 Å2
2--9.9139 Å20 Å2
3----19.8278 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.263→29.141 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4378 1305 3 3 5689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3138390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.722298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073951
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007847
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2626-3.3930.35551310.29352306X-RAY DIFFRACTION86
3.393-3.54720.28091150.24272365X-RAY DIFFRACTION88
3.5472-3.73390.28171300.21492447X-RAY DIFFRACTION91
3.7339-3.96730.26721320.19912477X-RAY DIFFRACTION91
3.9673-4.27270.18651610.16372540X-RAY DIFFRACTION95
4.2727-4.70110.18811320.13832637X-RAY DIFFRACTION96
4.7011-5.37760.17711430.14772644X-RAY DIFFRACTION96
5.3776-6.76130.19931420.16552691X-RAY DIFFRACTION96
6.7613-29.14260.20891370.17022771X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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