PDB-4ba7: Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Bacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ba7

タイトル

Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Bacteria Common Ancestor (LBCA) from the Precambrian Period

要素

LBCA THIOREDOXIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Conservation of Protein Structure Over Four Billion Years
著者: Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Delgado-Delgado, A. / Perez-Jimenez, R. / Fernandez, J.M. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A.

履歴

登録	2012年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月25日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.0	2023年12月20日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ba7.cif.gz	144.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ba7.ent.gz	120.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ba7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4ba7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4ba7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yj7C 2yn1C 2ynxC 2yoiC 2ypmC 3zivC 2trxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4knd-1 1f9i-d 1fb6-1 1zzy-2 4tn8-d 1fb0-2 1xw9-3 2fch-1 3ziv-2 4hua-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LBCA THIOREDOXIN

B: LBCA THIOREDOXIN

ヘテロ分子

24.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LBCA THIOREDOXIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LBCA THIOREDOXIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.701, 192.701, 192.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2030- HOH

#1: タンパク質	LBCA THIOREDOXIN 分子量: 12059.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PET30A PLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: EC: 4.7.1.4
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / pH: 3 詳細: COUNTERDIFFUSION METHOD 15% PEG 1500, 0.01 M CITRIC ACID, PH 3.0, 293 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.973
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→58.1 Å / Num. obs: 11808 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 36.71 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TRX

2trx

解像度: 2.45→58.102 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211	582	4.9 %
R_work	0.1604	-	-
obs	0.1629	11799	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 0.364 Å² / k_sol: 0.7 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→58.102 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1674	0	8	69	1751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	1880
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.474	2559
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.985	759
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	338

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4505-2.6971	0.2503	140	0.1682	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6971-3.0873	0.2265	158	0.1687	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0873-3.8896	0.1855	160	0.144	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8896-58.1178	0.2122	124	0.1659	2991	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7091	2.2781	1.4977	6.0049	0.7905	5.8896	0.1347	-0.8143	-0.5028	0.7625	-0.1077	-0.2911	0.3703	0.33	-0.1977	0.3995	0.0023	-0.0221	0.4591	0.0046	0.3794	18.8503	54.5505	22.1094
2	2.7761	-0.8739	0.9095	1.8105	0.014	3.492	0.2969	0.1653	-0.1574	-0.2864	-0.0131	-0.1003	0.0302	0.1684	-0.3167	0.3076	-0.053	0.013	0.2324	-0.0592	0.3217	16.3118	56.7907	6.7705
3	6.7678	-0.9174	0.0063	2.5466	0.1872	2.5851	0.0404	-0.3427	0.3708	0.411	0.0055	-0.1442	0.0121	-0.0442	-0.0945	0.2527	-0.0666	0.0012	0.2271	-0.0637	0.2506	15.8025	56.8364	16.3838
4	3.9128	0.6114	1.8821	2.0734	0.9043	4.6095	-0.2123	0.034	0.8234	-0.1345	0.081	-0.247	-1.4377	0.2772	0.1963	0.4404	-0.1065	0.0433	0.2347	-0.037	0.4622	15.6098	66.3116	13.6136
5	6.5204	2.7384	2.4023	4.5643	2.2573	3.627	0.4685	0.0427	0.754	0.3589	-0.3722	0.066	-0.857	0.5479	0.023	0.8464	-0.4597	0.1271	0.6488	0.0082	0.5775	26.315	67.5751	7.5931
6	3.0248	-3.1595	0.809	8.8412	3.0252	3.0292	0.3603	0.1451	0.7385	-0.3815	-0.4572	-0.7458	-0.9565	0.3212	0.1232	0.3552	-0.0174	0.0333	0.324	-0.0021	0.4188	22.9893	45.536	9.3531
7	6.5205	-1.3581	1.9438	3.7668	-1.3526	6.6407	0.0369	-0.3657	0.1977	-0.1287	-0.2028	-0.5079	0.0434	0.4268	0.2329	0.2196	0.0227	0.0427	0.2181	0.0332	0.2829	21.7126	39.7085	10.6792
8	8.3378	0.0691	3.4176	4.9771	0.3349	6.1944	-0.4197	-0.5387	0.1107	0.4813	0.0736	0.096	-0.5874	-0.0968	0.2791	0.2953	-0.0129	-0.001	0.3427	0.0456	0.3436	12.0759	40.8754	19.5989
9	2.5596	0.2371	2.3385	3.7022	-0.8476	2.4432	0.05	0.3335	-0.3253	-0.4234	0.0162	-0.3128	-0.0006	0.4732	-0.0034	0.3087	0.0236	0.0992	0.2556	0.0055	0.3832	20.2631	39.4931	5.0998
10	6.8839	-0.3191	-0.598	3.5814	0.2754	3.4477	0.0899	-0.2131	-0.8235	0.0313	-0.0503	-0.0994	0.7242	0.1977	-0.1245	0.3881	0.0386	0.002	0.1735	0.0541	0.3422	17.4353	31.0023	10.3704
11	5.3283	-0.011	1.4587	4.927	-0.4634	3.596	-0.7015	-0.3137	-0.5423	-0.1912	-0.5186	-0.4806	1.1765	0.8632	-0.1952	0.7727	0.0504	0.3251	0.5598	0.3563	0.6323	14.7384	29.6391	23.0526

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:20)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 21:47)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 48:69)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 70:94)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 95:106)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 2:10)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 11:31)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 32:52)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 53:69)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 70:94)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 95:106)

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