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Yorodumi- PDB-4ba7: Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Bacte... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ba7 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Bacteria Common Ancestor (LBCA) from the Precambrian Period | |||||||||
Components | LBCA THIOREDOXIN | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE | |||||||||
Function / homology | Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta Function and homology information | |||||||||
Biological species | SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | |||||||||
Authors | Gavira, J.A. / Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M. | |||||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2013 Title: Conservation of Protein Structure Over Four Billion Years Authors: Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Delgado-Delgado, A. / Perez-Jimenez, R. / Fernandez, J.M. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ba7.cif.gz | 144.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ba7.ent.gz | 120.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ba7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4ba7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4ba7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2yj7C 2yn1C 2ynxC 2yoiC 2ypmC 3zivC 2trxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12059.947 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) / Plasmid: PET30A PLUS / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: EC: 4.7.1.4 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.51 Å3/Da / Density % sol: 59 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 3 Details: COUNTERDIFFUSION METHOD 15% PEG 1500, 0.01 M CITRIC ACID, PH 3.0, 293 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.973 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 4, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.973 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→58.1 Å / Num. obs: 11808 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 36.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.58 Å / Redundancy: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2TRX Resolution: 2.45→58.102 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0.364 Å2 / ksol: 0.7 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→58.102 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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