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- PDB-4ba1: Archaeal exosome (Rrp4-Rrp41(D182A)-Rrp42) bound to inorganic pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ba1
タイトルArchaeal exosome (Rrp4-Rrp41(D182A)-Rrp42) bound to inorganic phosphate
要素
  • (PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE ...) x 2
  • PROBABLE EXOSOME COMPLEX RNA-BINDING PROTEIN 1
キーワードHYDROLASE / RNA DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA catabolic process / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / RNA catabolic process ...CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA catabolic process / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / RNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / gene expression / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Exosome RNA binding protein RRP4 N-terminal domain / Exosome complex component Rrp4 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / GHMP Kinase, N-terminal domain / : ...: / Exosome RNA binding protein RRP4 N-terminal domain / Exosome complex component Rrp4 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / : / K Homology domain, type 1 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Exosome complex component Rrp42 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp4
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lorentzen, E. / Conti, E.
引用ジャーナル: Archaea / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of a 9-Subunit Archaeal Exosome in Pre-Catalytic States of the Phosphorolytic Reaction.
著者: Lorentzen, E. / Conti, E.
履歴
登録2012年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
改定 1.22013年1月30日Group: Database references
改定 1.32014年1月15日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "IC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "IC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
B: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
I: PROBABLE EXOSOME COMPLEX RNA-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9708
ポリマ－86,4123
非ポリマー5575
水8,017445
1
A: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
B: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
I: PROBABLE EXOSOME COMPLEX RNA-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
B: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
I: PROBABLE EXOSOME COMPLEX RNA-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
B: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
I: PROBABLE EXOSOME COMPLEX RNA-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,90924
ポリマ－259,2379
非ポリマー1,67215
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
Buried area34120 Å2
ΔGint-233.3 kcal/mol
Surface area78480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.070, 135.070, 135.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11I-2043-

HOH

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要素

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PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2 / RRP42


分子量: 30422.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
参照: UniProt: Q9UXC0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1 / RRP41


分子量: 27764.125 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
参照: UniProt: Q9UXC2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

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タンパク質 , 1種, 1分子 I

#3: タンパク質 PROBABLE EXOSOME COMPLEX RNA-BINDING PROTEIN 1 / RRP4


分子量: 28225.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q9UXC4

-
非ポリマー , 5種, 450分子

#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 40% PEG 400, 50MM TRIS HCL PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98012
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98012 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 71709 / % possible obs: 1 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JE6

2je6


解像度: 1.8→47.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.735 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22171 2218 3 %RANDOM
Rwork0.18463 ---
obs0.18576 71694 97.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.729 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5380 0 31 445 5856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.025631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6911.9917684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95739254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3755748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.83524.773220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.66115961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0391530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021043
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 143 -
Rwork0.339 4678 -
obs--89.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.37251.02881.03064.13643.06592.3115-0.1623-1.3886-0.7595-0.00410.6931-0.7384-0.03730.5048-0.53070.4202-0.0851-0.03680.87380.27570.398152.6524.86226.08
22.35150.7535-0.87162.3148-0.78972.36620.10690.00140.1023-0.0179-0.0344-0.0528-0.06310.0851-0.07240.06090.0010.03190.1059-0.03370.086342.34220.69410.988
31.801-0.3498-0.6052.21460.46931.8181-0.11230.0751-0.2113-0.05720.0235-0.06860.1719-0.04770.08880.1351-0.02140.04720.0885-0.02670.107736.167-4.8174.502
44.90420.41440.65777.514-1.24933.6597-0.1044-0.62230.01380.5683-0.0593-0.85550.30940.48240.16380.4199-0.0625-0.10770.52780.05780.225188.16224.84925.596
53.3382-0.1916-0.85345.69330.51424.73370.1463-0.6335-0.66610.2044-0.1910.41290.01920.10930.04480.472-0.1126-0.19180.60010.31650.490973.4360.28330.634
64.4558-0.2741-1.571413.90828.92916.45030.6526-0.6833-0.26970.284-1.12071.0202-0.5495-0.69420.46811.8558-0.47860.18991.36840.24120.531265.87715.44838.822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3B8 - 241
4X-RAY DIFFRACTION4I7 - 73
5X-RAY DIFFRACTION5I74 - 190
6X-RAY DIFFRACTION6I191 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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