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- PDB-4b8t: RNA BINDING PROTEIN Solution structure of the third KH domain of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b8t
タイトルRNA BINDING PROTEIN Solution structure of the third KH domain of KSRP in complex with the G-rich target sequence.
要素
  • 5'-R(*AP*GP*GP*GP*UP)-3'
  • KH-TYPE SPLICING REGULATORY PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA catabolic process / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA metabolic process / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / RNA splicing, via transesterification reactions / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cellular response to cytokine stimulus ...positive regulation of mRNA catabolic process / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA metabolic process / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / RNA splicing, via transesterification reactions / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cellular response to cytokine stimulus / mRNA transport / regulation of mRNA stability / protein folding chaperone / RNA splicing / mRNA processing / mRNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / Far upstream element-binding protein, C-terminal / Far upstream element-binding protein, C-terminal / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 ...: / : / : / : / Far upstream element-binding protein, C-terminal / Far upstream element-binding protein, C-terminal / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Far upstream element-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Nicastro, G. / Garcia-Mayoral, M.F. / Hollingworth, D. / Kelly, G. / Martin, S.R. / Briata, P. / Gherzi, R. / Ramos, A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Noncanonical G Recognition Mediates Ksrp Regulation of Let-7 Biogenesis
著者: Nicastro, G. / Garcia-Mayoral, M.F. / Hollingworth, D. / Kelly, G. / Martin, S.R. / Briata, P. / Gherzi, R. / Ramos, A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: The Structure of the C-Terminal Kh Domains of Ksrp Reveals a Noncanonical Motif Important for Mrna Degradation.
著者: Garcia-Mayoral, M.F. / Hollingworth, D. / Masino, L. / Diaz-Moreno, I. / Kelly, G. / Gherzi, R. / Chou, C. / Chen, C. / Ramos, A.
履歴
登録2012年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22012年11月28日Group: Other / Structure summary
改定 1.32012年12月5日Group: Atomic model
改定 1.42013年1月16日Group: Database references
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KH-TYPE SPLICING REGULATORY PROTEIN
B: 5'-R(*AP*GP*GP*GP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5392
ポリマ－12,5392
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 KH-TYPE SPLICING REGULATORY PROTEIN


分子量: 10912.468 Da / 分子数: 1 / 断片: THIRD KH DOMAIN, RESIDUES 317-418 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92945
#2: RNA鎖 5'-R(*AP*GP*GP*GP*UP)-3'


分子量: 1626.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 10% WATER/90% D2O
試料状態イオン強度: 100 MM NACL / pH: 7.4 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
UXNMR3.5構造決定
VNMR構造決定
NMRPipe構造決定
Sparky構造決定
ARIA1.2構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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