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- PDB-4b8d: TENSEGRITY TRIANGLE FROM ENZYMATICALLY MANUFACTURED DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b8d
タイトルTENSEGRITY TRIANGLE FROM ENZYMATICALLY MANUFACTURED DNA
要素
  • 5'-D(*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*DGP *GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*CP*TP*GP*CP)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP)-3'
キーワードDNA / ROLLING CIRCLE AMPLIFICATION / DNA ORIGAMI
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.79 Å
データ登録者Ducani, C. / Kaul, C.D. / Moche, M. / Shih, W.M. / Hogberg, B.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2013
タイトル: Enzymatic Production of 'Monoclonal Stoichiometric' Single-Stranded DNA Oligonucleotides
著者: Ducani, C. / Kaul, C.D. / Moche, M. / Shih, W.M. / Hogberg, B.
履歴
登録2012年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22013年7月10日Group: Database references
改定 1.32019年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_database_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*DGP *GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*CP*TP*GP*CP)-3'
D: 5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7974
ポリマ－12,7974
非ポリマー00
水00
1
A: 5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*DGP *GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*CP*TP*GP*CP)-3'
D: 5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP)-3'

A: 5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*DGP *GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*CP*TP*GP*CP)-3'
D: 5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP)-3'

A: 5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*DGP *GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*CP*TP*GP*CP)-3'
D: 5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,39212
ポリマ－38,39212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.437, 106.437, 95.154
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*DGP *GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'


分子量: 6457.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
解説: SINGLE STRANDED MONOCLONAL DNA OLIGONUCLEOTIDE -ENZYMATICALLY PRODUCED
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP)-3'


分子量: 2082.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
解説: SINGLE STRANDED MONOCLONAL DNA OLIGONUCLEOTIDE -ENZYMATICALLY PRODUCED
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*CP*TP*GP*CP)-3'


分子量: 1825.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
解説: SINGLE STRANDED MONOCLONAL DNA OLIGONUCLEOTIDE -ENZYMATICALLY PRODUCED
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#4: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP)-3'


分子量: 2432.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
解説: SINGLE STRANDED MONOCLONAL DNA OLIGONUCLEOTIDE -ENZYMATICALLY PRODUCED
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
構成要素の詳細THE STRUCTURE UNIT IS GENERATED FROM 7 DNA STRANDS WHICH FORM A NETWORK UNIT WITH INTERNAL 3-FOLD ...THE STRUCTURE UNIT IS GENERATED FROM 7 DNA STRANDS WHICH FORM A NETWORK UNIT WITH INTERNAL 3-FOLD SYMMETRY. EXTENDING OF THE STRUCTURE UNIT IN 3-D SPACE RESULTS THE CRYSTAL AT R3 SPACE GROUP (REPRESENTED AS H3). THE DNA SEQUENCES OF THE 7 STRANDS ARE: (#1) 3 STRANDS 5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP *CP*A)-3' (#2) 1 STRAND 5'-D(*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP* CP*G)-3' (#3) 3 STRANDS 5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3' THE ASYMMETRIC UNIT IS COMPRISED OF ONE FULL #1 STRAND (CHAIN A), 7-RESIDUE REPEATING UNIT OF #2 STRAND (CHAIN B) AND TWO FRAGMENTS OF #3 STRAND (CHAINS C AND D). THE #2 STRAND SELF-ASSOICATES TO FORM A CIRCULAR DNA MOLECULE WITH INTERNAL 3-FOLD SYMMETRY. IT HAS 3 SYMMETRIC AND SEQUENTIAL REPEATING UNITS. CHAIN B IN THE ASYMMETRIC UNIT REPRESENTS ONE OF THESE REPEATING UNITS. CHAINS D (FIRST 8 RESIDUES OF STRAND #3) AND C (NEXT 6 RESIDUES OF STRAND #3) TOGETHER FORM THE THIRD DNA STRAND (#3) OF THE EXPERIMENT. THIS DNA STRAND SPANS TWO ASYMMETRIC UNITS - HENCE IT WAS DIVIDED INTO THE CURRENT CHAINS C AND D FOR CONVENIENT REPRESENTATION. CHAIN C (1_555) IS COVALENTLY LINKED TO CHAIN D OF ANOTHER ASYMMETRIC UNIT (3_555); AND CHAIN D (1_555) IS COVALENTLY LINKED TO CHAIN C OF ANOTHER ASYMMETRIC UNIT (2_555). THE SELECTION OF RESIDUES FROM THE DNA #2 AND #3 ARE DICTATED BY THEIR PROXIMITY (BASE PAIRING) TO CHAIN A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 8.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 85.56 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.79→42.3 Å / Num. obs: 1980 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 273.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 4.79→5.05 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GBI

3gbi


解像度: 4.79→42.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8711 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8744 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.644
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=0. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=861. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=0. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=861. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 185 9.34 %RANDOM
Rwork0.1848 ---
obs0.1872 1980 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-65.6198 Å20 Å20 Å2
2--65.6198 Å20 Å2
3----131.2396 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.672 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.79→42.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 863 0 0 863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01988HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.461517HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d514SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes42HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it988HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion29.75
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion130SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1014SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 4.79→5.36 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2933 49 8.78 %
Rwork0.2433 509 -
all0.2475 558 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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