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- PDB-1yx1: Crystal Structure of Protein of Unknown Function PA2260 from Pseu... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1yx1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Protein of Unknown Function PA2260 from Pseudomonas aeruginosa, Possible Sugar Phosphate Isomerase | ||||||
![]() | hypothetical protein PA2260 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / PA2260 / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / ISOPROPYL ALCOHOL / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Osipiuk, J. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: X-ray crystal structure of hypothetical protein PA2260 from Pseudomonas aeruginosa Authors: Osipiuk, J. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 171.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 142.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 450.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 457.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29494.018 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 53.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Bis_Tris pH 6.5, 8% PEG 5000 MME, 4% isopropyl alcohol, 50 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: SBC-3 / Detector: CCD / Date: Oct 26, 2004 |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97943 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→40 Å / Num. all: 80010 / Num. obs: 75770 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 34.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.84 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / % possible all: 59.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.331 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.795→1.842 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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