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- PDB-4b8c: nuclease module of the yeast Ccr4-Not complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b8c
タイトルnuclease module of the yeast Ccr4-Not complex
要素
  • GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
  • GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR
  • POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
キーワードHYDROLASE/CELL CYCLE / HYDROLASE-CELL CYCLE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / pseudohyphal growth / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / traversing start control point of mitotic cell cycle ...negative regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / pseudohyphal growth / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / traversing start control point of mitotic cell cycle / DNA replication checkpoint signaling / mating projection tip / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / ATPase activator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / 3'-5'-RNA exonuclease activity / DNA replication / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / regulation of cell cycle / regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #190 / HIV-1 Nucleocapsid Protein - #20 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat 1 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / : / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 ...Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #190 / HIV-1 Nucleocapsid Protein - #20 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat 1 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / : / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha Horseshoe / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General negative regulator of transcription subunit 1 / CCR4-Not complex 3'-5'-exoribonuclease subunit Ccr4 / Poly(A) ribonuclease POP2
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
SACCHAROMYCES CEREVISIAE S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Basquin, J. / Conti, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
著者: Basquin, J. / Roudko, V.V. / Rode, M. / Basquin, C. / Seraphin, B. / Conti, E.
履歴
登録2012年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
B: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
C: POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
D: GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR
E: POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
F: POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
G: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
H: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
I: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
J: GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR
K: GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR
L: GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)579,03512
ポリマ－579,03512
非ポリマー00
水00
1
A: POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
B: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
D: GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR
F: POLY(A) RIBONUCLEASE POP2

G: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
J: GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,5176
ポリマ－289,5176
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area10730 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area65190 Å2
手法PISA
2
C: POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
E: POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
H: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
K: GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR
L: GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR

I: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,5176
ポリマ－289,5176
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area10670 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area65420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.650, 122.911, 126.421
Angle α, β, γ (deg.)89.47, 89.74, 64.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
32
42
13
23
33
43
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN K AND (RESSEQ 134:143 OR RESSEQ 145:187 OR RESSEQ...
211CHAIN D AND (RESSEQ 134:143 OR RESSEQ 145:187 OR RESSEQ...
112CHAIN C AND (RESSEQ 149:356 OR RESSEQ 370:428 )
212CHAIN A AND (RESSEQ 149:356 OR RESSEQ 370:428 )
312CHAIN E AND (RESSEQ 149:356 OR RESSEQ 370:428 )
412CHAIN F AND (RESSEQ 149:356 OR RESSEQ 370:428 )
113CHAIN H AND (RESSEQ 759:991 )
213CHAIN B AND (RESSEQ 759:991 )
313CHAIN G AND (RESSEQ 759:991 )
413CHAIN I AND (RESSEQ 759:991 )
114CHAIN J AND (RESSEQ 134:143 OR RESSEQ 145:187 OR RESSEQ 242:261 OR RESSEQ 332:468 )
214CHAIN L AND (RESSEQ 134:143 OR RESSEQ 145:187 OR RESSEQ 242:261 OR RESSEQ 332:468 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

#1: タンパク質
POLY(A) RIBONUCLEASE POP2 / POP2 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 1


分子量: 33303.543 Da / 分子数: 4 / 断片: NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 146-433 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / プラスミド: PFAST BAC DUAL
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P39008, poly(A)-specific ribonuclease
#2: タンパク質
GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 / NOT1 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 39


分子量: 28527.402 Da / 分子数: 4 / 断片: MIF4G, RESIDUES 755-1000 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE S288C (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYS.STAR / 参照: UniProt: P25655
#3: タンパク質
GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR / CCR4 / CARBON CATABOLITE REPRESSOR PROTEIN 4 / CYTOPLASMIC DEADENYLASE


分子量: 82927.688 Da / 分子数: 4 / 断片: LLR-NUCLEASE, RESIDUES 111-837 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE S288C (パン酵母)
プラスミド: PFAST BAC DUAL
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SSF9 / 参照: UniProt: P31384, poly(A)-specific ribonuclease
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 8% PEG 3350, 75 MM AMMONIUM ACETATE AND 10% GLYCEROL, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→48.22 Å / Num. obs: 90023 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 78.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.4→3.59 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B8A

4b8a


解像度: 3.41→47.951 Å / SU ML: 1.07 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 8794 5 %
Rwork0.2333 --
obs0.2351 90023 97.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.119 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.9146 Å29.5422 Å23.0339 Å2
2--12.7405 Å20.1461 Å2
3----2.8259 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.41→47.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24298 0 0 0 24298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01124915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46833880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0698898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1053850
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064294
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11K2361X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D2361X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
21C2170X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22A2170X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
23E2170X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.069
24F2170X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.07
31H1869X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B1869X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
33G1869X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
34I1869X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
41J1606X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42L1606X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.41-3.44870.36212890.33165497X-RAY DIFFRACTION97
3.4487-3.48930.32232910.28395589X-RAY DIFFRACTION97
3.4893-3.53180.29462910.29175531X-RAY DIFFRACTION97
3.5318-3.57650.36372890.28585543X-RAY DIFFRACTION97
3.5765-3.62360.29542980.26545648X-RAY DIFFRACTION97
3.6236-3.67320.26492850.24695458X-RAY DIFFRACTION97
3.6732-3.72570.29552980.23915694X-RAY DIFFRACTION97
3.7257-3.78130.2612880.22935484X-RAY DIFFRACTION97
3.7813-3.84030.27073040.23415766X-RAY DIFFRACTION97
3.8403-3.90320.26372860.22475413X-RAY DIFFRACTION98
3.9032-3.97050.24582980.22065709X-RAY DIFFRACTION97
3.9705-4.04270.25132940.20235493X-RAY DIFFRACTION97
4.0427-4.12040.24412930.20245589X-RAY DIFFRACTION97
4.1204-4.20450.23122950.19625632X-RAY DIFFRACTION97
4.2045-4.29580.26972930.20485532X-RAY DIFFRACTION97
4.2958-4.39570.24743000.19915640X-RAY DIFFRACTION97
4.3957-4.50550.26512950.19955603X-RAY DIFFRACTION97
4.5055-4.62730.23512870.19075545X-RAY DIFFRACTION97
4.6273-4.76330.23692980.19375608X-RAY DIFFRACTION98
4.7633-4.91690.2192980.19115663X-RAY DIFFRACTION98
4.9169-5.09240.22292890.19195539X-RAY DIFFRACTION97
5.0924-5.29610.22892950.19985558X-RAY DIFFRACTION97
5.2961-5.53680.25692960.21325597X-RAY DIFFRACTION97
5.5368-5.82820.33942970.26595544X-RAY DIFFRACTION97
5.8282-6.19270.33482900.26965521X-RAY DIFFRACTION97
6.1927-6.66970.26922880.23915539X-RAY DIFFRACTION97
6.6697-7.33870.25672950.22635621X-RAY DIFFRACTION97
7.3387-8.39570.24292920.23475538X-RAY DIFFRACTION97
8.3957-10.55910.27932890.245513X-RAY DIFFRACTION96
10.5591-47.95580.31762930.31485534X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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