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- PDB-4b7d: PikC bound to the 10-DML analog with the 3-(N,N-dimethylamino) pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b7d
タイトルPikC bound to the 10-DML analog with the 3-(N,N-dimethylamino) propanoate anchoring group
要素CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / PIKROMYCIN BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


pikromycin synthase / macrolide biosynthetic process / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-QLE / Cytochrome P450 monooxygenase PikC
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Podust, L.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Recognition of Synthetic Substrates by P450 Pikc
著者: Podust, L.M.
履歴
登録2012年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Non-polymer description
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC
B: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8389
ポリマ－96,5372
非ポリマー2,3007
水8,035446
1
A: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3734
ポリマ－48,2691
非ポリマー1,1043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4655
ポリマ－48,2691
非ポリマー1,1964
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.766, 58.042, 96.415
Angle α, β, γ (deg.)79.96, 79.52, 88.73
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC / CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE


分子量: 48268.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THIOLATE LINK BETWEEN C 354 AND HEM 1407
由来: (組換発現) STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: O87605
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-QLE / [(3R,4S,5S,7R,9E,11R,12R)-12-ethyl-3,5,7,11-tetramethyl-2,8-bis(oxidanylidene)-1-oxacyclododec-9-en-4-yl] 3-(dimethylamino)propanoate


分子量: 395.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H37NO5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): THIOLATE BOND BETWEEN FE AND C 354 GLYCEROL (GOL): CRYO- ...PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): THIOLATE BOND BETWEEN FE AND C 354 GLYCEROL (GOL): CRYO-PROTECTANT (3R,4S,5S,7R,11R,12R,E)-12-ETHYL-3,5,7,11-TETRAMETHYL-2, 8-DIOXOOXACYCLODODEC-9-EN-4-YL 3-(DIMETHYLAMINO)PROPANOATE (QLE): SYNTHETIC SUBSTRATE ANALOG
配列の詳細FIRST 20 RESIDUES INCLUDING 6X HIS-TAG AND THROMBIN CLEAVAGE SITE ARE FROM THE CLONING VECTOR PET28A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 % / 解説: NONE
結晶化温度: 296 K / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.05 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS HCL, PH 6.5, 23 DEGREES C

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→93.37 Å / Num. obs: 59193 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.88→1.98 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BVJ

2bvj


解像度: 1.89→93.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 4.947 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25747 2967 5.1 %RANDOM
Rwork0.19971 ---
obs0.20273 55068 93.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3 Å2-0.91 Å2-0.17 Å2
2---1.33 Å20.88 Å2
3----1.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→93.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6083 0 160 446 6689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0226430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0462.0318803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1845792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.63322.226283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.86315980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9881574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.151.53968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90726381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.30532462
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8234.52422
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 177 -
Rwork0.292 3791 -
obs--86.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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