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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b6m | ||||||
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タイトル | Trypansoma brucei tubulin binding cofactor B CAP-Gly domain | ||||||
![]() | TUBULIN-SPECIFIC CHAPERONE, PUTATIVE | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() Ubiquitin-like domain / CAP Gly-rich-like domain / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / SH3 type barrels. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily ...Ubiquitin-like domain / CAP Gly-rich-like domain / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / SH3 type barrels. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fleming, J.R. / Morgan, R.E. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Architecture of Trypanosoma Brucei Tubulin-Binding Cofactor B and Implications for Function. 著者: Fleming, J.R. / Morgan, R.E. / Fyfe, P.K. / Kelly, S.M. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9235.447 Da / 分子数: 2 / 断片: CAP-GLY DOMAIN, RESIDUES 152-232 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 947 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FMT / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE M231V DIFFERENCE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.45 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.2 M POTASSIUM FORMATE, 30% PEG 3350 AND A PROTEIN SOLUTION CONSISTING OF 50 MM TRIS-HCL PH 7.5, 250 MM NABR WITH THE PROTEIN AT 7.5 MG ML-1. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9199 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.59→40.18 Å / Num. obs: 20384 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 28.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1WHG 解像度: 1.59→45.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 1.93 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 149 TO 152 AND TWO RESIDUES LEFT OVER FROM THE TAG DISORDERED IN BOTH CHAINS. FINAL RESIDUE 232 OF CHAIN B DISORDERED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.59→45.79 Å
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拘束条件 |
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