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万見
- PDB-6qfp: Solution NMR ensemble for MlbQ at 298K compiled using the CoMAND ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qfp
タイトルSolution NMR ensemble for MlbQ at 298K compiled using the CoMAND method
要素Putative lipoprotein
キーワードSIGNALING PROTEIN / CoMAND method / R-factor refinement
機能・相同性Protein YebY / Protein of unknown function (DUF2511) / Putative lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Microbispora sp. ATCC PTA-5024 (バクテリア)
手法溶液NMR / R-factor based MD frame picking
データ登録者ElGamacy, M. / Truffault, V. / Zhu, H. / Coles, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Mapping Local Conformational Landscapes of Proteins in Solution.
著者: ElGamacy, M. / Riss, M. / Zhu, H. / Truffault, V. / Coles, M.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_nmr_software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4561
ポリマ－15,4561
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5630 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10000CNH-NOESY based R-factor
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Putative lipoprotein


分子量: 15456.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microbispora sp. ATCC PTA-5024 (バクテリア)
遺伝子: mlbQ, MPTA5024_21425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W2EQT0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験Sample state: isotropic / タイプ: 3D-CNH NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] MlbQ, 20 mM TRIS, 250 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
Label: double_labelled / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMlbQ[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMTRISnatural abundance1
250 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 240 mM / Label: sample_conditions_1 / pH: 8 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
SparkyGoddardchemical shift assignment
ShineRiss & Colesstructure calculation
NAMD2.12University of Illinoisstructure calculation
NAMD2.12University of Illinois精密化
CoMANDin house精密化
精密化手法: R-factor based MD frame picking / ソフトェア番号: 6
詳細: frames picked from unrestained MD simulations based on overall CNH-NOESY based R-factor
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: CNH-NOESY based R-factor
計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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