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- PDB-4b6h: Structure of hDcp1a in complex with proline rich sequence of PNRC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b6h
タイトルStructure of hDcp1a in complex with proline rich sequence of PNRC2
要素
  • MRNA-DECAPPING ENZYME 1A
  • PROLINE-RICH NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 2
キーワードHYDROLASE/PEPTIDE / HYDROLASE-PEPTIDE COMPLEX / DECAPPING
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methylguanosine-cap decapping / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / protein localization to cytoplasmic stress granule / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay ...mRNA methylguanosine-cap decapping / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / protein localization to cytoplasmic stress granule / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / kinesin binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / P-body / enzyme activator activity / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / mRNA binding / dendrite / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proline-rich nuclear receptor coactivator 1/2 / mRNA-decapping enzyme, C-terminal / mRNA-decapping enzyme C-terminus / : / Proline-rich nuclear receptor coactivator motif / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily ...Proline-rich nuclear receptor coactivator 1/2 / mRNA-decapping enzyme, C-terminal / mRNA-decapping enzyme C-terminus / : / Proline-rich nuclear receptor coactivator motif / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA-decapping enzyme 1A / Proline-rich nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lai, T. / Song, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of the Pnrc2-Mediated Link between Mrna Surveillance and Decapping.
著者: Lai, T. / Cho, H. / Liu, Z. / Bowler, M.W. / Piao, S. / Parker, R. / Kim, Y.K. / Song, H.
履歴
登録2012年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MRNA-DECAPPING ENZYME 1A
B: MRNA-DECAPPING ENZYME 1A
C: PROLINE-RICH NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 2
D: PROLINE-RICH NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2374
ポリマ－61,2374
非ポリマー00
水1,18966
1
A: MRNA-DECAPPING ENZYME 1A
C: PROLINE-RICH NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6182
ポリマ－30,6182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-10.5 kcal/mol
Surface area8130 Å2
手法PISA
2
B: MRNA-DECAPPING ENZYME 1A
D: PROLINE-RICH NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6182
ポリマ－30,6182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-11.2 kcal/mol
Surface area6510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.091, 97.639, 109.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 27:43 OR RESSEQ 48:75 OR RESSEQ 81:130 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 27:43 OR RESSEQ 48:75 OR RESSEQ 81:130 )
112CHAIN C AND (RESSEQ 170:180 )
212CHAIN D AND (RESSEQ 170:180 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 MRNA-DECAPPING ENZYME 1A / HDCP1A / SMAD4-INTERACTING TRANSCRIPTIONAL CO-ACTIVATOR / TRANSCRIPTION FACTOR SMIF


分子量: 15492.594 Da / 分子数: 2 / 断片: EVH1 DOMAIN, RESIDUES 1-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9NPI6, 加水分解酵素
#2: タンパク質 PROLINE-RICH NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 2 / PNRC2


分子量: 15125.746 Da / 分子数: 2 / 断片: PROLINE RICH SEQUENCE, RESIDUES 1-121 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9NPJ4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 27% PEG3350, 0.15M AMMONIUM ACETATE, 0.1M BIS TRIS PH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→72 Å / Num. obs: 12614 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.6 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.1_357)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→72.931 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2847 1262 10 %
Rwork0.2335 --
obs0.2388 12614 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.522 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3046 Å20 Å20 Å2
2---6.005 Å20 Å2
3---4.7004 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→72.931 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2086 0 0 66 2152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2392902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.725771
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004366
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A782X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B782X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.241
21C89X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D89X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.70420.41581410.31741267X-RAY DIFFRACTION100
2.7042-2.82720.3541420.29721275X-RAY DIFFRACTION99
2.8272-2.97630.34591390.28691258X-RAY DIFFRACTION100
2.9763-3.16280.33641410.27291275X-RAY DIFFRACTION100
3.1628-3.4070.31691400.25281255X-RAY DIFFRACTION99
3.407-3.74980.2641430.23021279X-RAY DIFFRACTION99
3.7498-4.29240.27421400.18761264X-RAY DIFFRACTION98
4.2924-5.40770.19571400.17051264X-RAY DIFFRACTION97
5.4077-72.95920.30181360.24561215X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8331-0.27963.96972.9482-0.54518.4976-0.18560.2046-1.0936-0.7506-0.32470.0442-0.2097-1.45430.74350.43960.0793-0.04450.1384-0.1040.3876-4.5729-43.517-0.7444
28.4808-1.3124-3.66410.41380.52131.7932-0.0049-0.2919-2.1642-0.0077-0.4915-0.0536-0.29690.52420.33470.5104-0.0628-0.03620.31980.07170.591-11.792-44.661714.8732
32.863-0.7142.51893.82090.48343.69750.3341-0.24440.9582-0.3044-0.3087-1.03680.2461-0.3593-0.11820.2456-0.00560.0210.3484-0.19560.59432.817-25.685119.8896
43.3990.4573-1.32984.0965-0.35917.64430.1052-0.28970.0423-0.05340.27170.14010.4170.4243-0.41750.2563-0.0399-0.03340.17420.04950.2409-11.0937-36.562815.663
54.4977-1.16970.95422.74621.30761.4845-0.25590.4781-0.86611.44670.279-0.31371.0955-0.24450.00540.48040.0058-0.03670.4666-0.0430.2868-2.3556-36.785619.2284
62.3347-1.54261.28552.7841-2.10771.94850.037-0.73621.1589-0.6575-1.3770.2714-0.11730.1674-0.64650.4441-0.22920.13460.5069-0.3964-0.0032-10.3542-21.508819.1481
73.176-0.9856-0.01684.04192.08813.25790.6601-0.75240.65250.4080.5276-0.9835-0.7840.4223-0.90020.1891-0.09140.08420.3301-0.10860.3702-3.3916-24.489318.8981
87.016-3.6768-2.67624.55360.19382.88380.22360.66870.4593-0.8712-0.2854-0.5975-0.3179-0.7086-0.10490.27250.01-0.08360.3646-0.0540.2239-13.2603-25.688411.0533
95.2427-4.07980.52854.7907-3.0641.99130.31090.44061.1219-0.7401-0.6889-1.27582.3816-1.37990.52030.1557-0.02420.2040.5906-0.12040.5959-10.0155-3.649425.5909
104.37270.2196-4.15793.9767-0.6545.64880.50673.2345-0.0132-0.6046-0.1657-1.10310.3680.418-0.08550.61520.3574-0.06080.71130.01550.6186-29.1931-6.9715.0311
119.7894-6.84010.31139.7694.61836.86321.06060.99661.4577-4.4992-1.88290.6526-1.6734-0.53691.28291.02340.4202-0.36050.9319-0.19560.1175-29.8843-3.944612.7605
125.3854-3.8971-3.6588.30276.41595.06390.5856-0.24131.7442-0.08341.3002-2.7089-0.18540.6553-1.93840.4415-0.12150.12840.5213-0.23330.7972-14.3517-3.594628.9943
132.10160.2499-0.89067.75561.30131.0231.11950.28773.9286-2.454-0.74391.03260.8276-0.4149-0.41970.7375-0.01260.21930.46120.1911.4414-18.60382.476116.0705
145.18822.38143.94026.31267.2168.64441.28610.7356-0.20691.3676-0.4532-1.08531.7885-1.54650.71370.35620.11240.14160.4084-0.10210.3883-24.9094-9.643127.1241
158.06180.6079-1.98123.55720.87493.6004-0.0521.46021.2278-0.1544-0.6962-0.3561-0.5206-1.25510.67220.52490.2994-0.01360.8619-0.02810.4572-26.3347-9.711620.0063
160.51261.53590.53773.83771.51150.52980.42570.2183-0.31720.6539-0.7185-0.02420.4091-0.16690.01850.5381-0.04440.14330.5998-0.11290.3184-17.0855-15.840724.379
175.6818-0.2202-1.93831.30631.81654.20180.699-0.27452.3812-0.52630.5591-0.42130.05470.3144-1.16950.361-0.00020.07750.3788-0.11160.79890.1781-17.29621.4707
186.38963.85124.66979.57998.34887.730.7629-1.1785-0.07151.7965-2.09411.27882.8557-1.4840.02380.42340.1707-0.0380.5376-0.11690.2377-34.2789-13.828818.8035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 4:15)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 16:31)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 32:54)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 55:74)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 75:87)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 88:96)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 97:114)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 115:134)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 24:35)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 36:46)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 47:55)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 56:71)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 72:81)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 82:96)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 97:115)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 116:130)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN C AND RESID 167:180)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN D AND RESID 167:180)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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