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- PDB-4b5r: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui K-t-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b5r
タイトルSAM-I riboswitch bearing the H. marismortui K-t-7
要素SAM-I RIBOSWITCH
キーワードRNA / RIBOSWITCH / K-TURN
機能・相同性: / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Daldrop, P. / Lilley, D.M.J.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2013
タイトル: The Plasticity of a Structural Motif in RNA: Structural Polymorphism of a Kink Turn as a Function of its Environment.
著者: Daldrop, P. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2012年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM-I RIBOSWITCH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,92721
ポリマ－30,6071
非ポリマー2,32020
水00
1
A: SAM-I RIBOSWITCH
ヘテロ分子

A: SAM-I RIBOSWITCH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,85542
ポリマ－61,2152
非ポリマー4,64040
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area9760 Å2
ΔGint-284.7 kcal/mol
Surface area27220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.720, 58.720, 154.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: RNA鎖 SAM-I RIBOSWITCH


分子量: 30607.377 Da / 分子数: 1 / 断片: APTAMER DOMAIN, RESIDUES 1-94 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
配列の詳細MUTATIONS U17G, G22C, C30G, U34A, A94G

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 40 MM NA-CACODYLATE PH 7, 80 MM KCL, 12 MM SPERMINE HCL, 20 MM BACL2, 14 %(V/V) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→32 Å / Num. obs: 6230 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GX5

3gx5


解像度: 2.95→54.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 20.209 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25195 287 4.6 %RANDOM
Rwork0.21913 ---
obs0.22056 5898 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.436 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.83 Å20 Å20 Å2
2--9.83 Å20 Å2
3----19.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→54.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2033 46 0 2079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0112309
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6851.4753601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021013
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.948→3.025 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 21 -
Rwork0.321 408 -
obs--99.08 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.0458 Å / Origin y: -11.3258 Å / Origin z: -16.5567 Å
111213212223313233
T0.0051 Å20.0011 Å20.0169 Å2-0.0086 Å2-0.0004 Å2--0.0602 Å2
L0.3566 °20.1324 °20.4365 °2-0.4905 °2-0.1037 °2--0.695 °2
S0.0031 Å °-0.051 Å °0.028 Å °0.0293 Å °0.0051 Å °0.0716 Å °-0.0142 Å °-0.0771 Å °-0.0082 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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