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- PDB-4b53: Crystal structure of the isolated IgG4 CH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b53
タイトルCrystal structure of the isolated IgG4 CH3 domain
要素IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / IMMUNOGLOBULIN / FAB ARM EXCHANGE / IGG1
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis ...IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Immunoglobulin heavy constant gamma 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Davies, A.M. / Rispens, T. / den Bleker, T.H. / McDonnell, J.M. / Gould, H.J. / Aalberse, R.C. / Sutton, B.J.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the Human Igg4 C(H)3 Dimer Reveals the Role of Arg409 in the Mechanism of Fab-Arm Exchange.
著者: Davies, A.M. / Rispens, T. / Den Bleker, T.H. / Mcdonnell, J.M. / Gould, H.J. / Aalberse, R.C. / Sutton, B.J.
履歴
登録2012年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Derived calculations / Other
改定 1.22013年9月4日Group: Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年3月4日Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status ...entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
B: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,04513
ポリマ－24,1292
非ポリマー91611
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.090, 57.090, 138.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2032-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.0125, 0.9999, -0.0089), (0.9998, -0.0126, -0.0136), (-0.0137, -0.0088, -0.9999)
ベクター: -0.1159, 1.0736, 108.4344)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 IG GAMMA-4 CHAIN C REGION / HUMAN IGG4


分子量: 12064.380 Da / 分子数: 2 / 断片: CH3 DOMAIN, RESIDUES 222-327 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N TERMINAL GLUTAMINE 342 IS MODIFIED TO PYROGLUTAMATE
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01861

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非ポリマー , 5種, 206分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細GLN342 MODIFIED TO PYROGLUTAMATE IN BOTH CHAINS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: SITTING DROP AT 291K. RESERVOIR OF 100 MICROLITRE 22% PEG 3350 AND 150MM CALCIUM ACETATE. DROP SIZE 100 NANOLITRE PROTEIN AND 100 NANOLITRE RESERVOIR. PROTEIN CONCENTRATION OF 1.5MG/ML

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→27.96 Å / Num. obs: 22102 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 27.1 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 26.3 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ADQ

1adq


解像度: 1.8→27.957 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 1099 5 %
Rwork0.1826 --
obs0.1851 21991 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.221 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.9156 Å20 Å20 Å2
2--6.9156 Å20 Å2
3----8.1011 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1640 0 59 195 1894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0832413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.933680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-1.8820.28961340.24612540X-RAY DIFFRACTION99
1.882-1.98120.26861350.21032551X-RAY DIFFRACTION100
1.9812-2.10520.26341330.18742562X-RAY DIFFRACTION100
2.1052-2.26770.25281360.19122571X-RAY DIFFRACTION100
2.2677-2.49580.32561360.1952582X-RAY DIFFRACTION100
2.4958-2.85660.25031370.19482618X-RAY DIFFRACTION100
2.8566-3.59790.22251390.17422649X-RAY DIFFRACTION100
3.5979-27.96020.20181490.16672819X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4298-1.28413.96134.2271-0.63215.235-0.01181.48160.22920.1-0.27080.1358-0.50920.41090.1570.2374-0.0947-0.05720.43590.09270.2446.183517.930336.6604
26.60270.65614.72152.42960.14344.0176-0.597-0.0570.73560.1708-0.2140.0957-1.02880.31940.51320.1766-0.0433-0.0160.29250.03630.169622.024520.240352.0829
35.2610.097-0.16013.02992.94813.08540.1018-0.5342-0.3846-0.15530.02780.23580.42510.3755-0.07660.20210.0255-0.0320.37580.0120.153529.712913.91363.4931
45.7905-0.74893.83190.7015-0.80966.5320.1636-0.18940.0237-0.0621-0.0694-0.07060.4354-0.0694-0.14160.1653-0.0617-0.0230.23670.06030.191720.554714.458651.6098
57.2116-1.65681.97161.55020.33731.4256-0.0239-0.02260.10180.00850.01120.27120.4185-0.49930.06990.1847-0.1179-0.02970.34360.08040.19986.117211.350640.8155
66.5490.99531.14772.8531-0.39215.8114-0.36971.8665-0.1315-0.12630.2364-0.0661.06891.27840.11710.2121-0.00580.01490.26710.010.121121.72427.99243.6739
74.26983.5286-0.8624.52211.50293.18490.06930.29490.1164-0.4905-0.9374-0.97770.49140.10460.75210.29250.08570.0410.40030.11390.329731.05915.883143.141
83.283-1.79361.24773.8593-1.45262.89630.197-0.1547-0.1214-0.30490.00450.07290.3825-0.2558-0.10970.1966-0.0584-0.02370.21440.06460.139413.4868.211450.3304
95.1639-0.29361.07452.87570.9372.3208-0.03510.53360.2236-0.0028-0.03610.315-0.1279-0.13850.07630.1623-0.01810.00180.26080.05830.18249.156115.024148.8489
105.38821.60734.2881.18530.85823.69090.1246-0.2555-0.759-0.12440.1566-0.1420.88970.789-0.67610.16640.0762-0.0190.51520.06840.223230.59149.652355.8276
118.10043.4575-0.41455.70711.05820.40210.1845-0.4359-0.32650.4267-0.369-0.13690.94051.7124-0.06730.17840.068-0.00750.52840.07640.188535.235214.250453.2555
127.3760.11413.66534.3161-1.07474.0331-0.1166-0.15960.1949-0.40980.16360.02720.44650.2824-0.06280.13690.0077-0.00340.35950.01950.169828.502412.989645.4594
135.7236-2.1376.37312.0401-1.66267.70550.42721.3452-0.4153-0.0447-0.52590.34611.1873-0.5477-0.09760.193-0.1334-0.01520.4268-0.03630.168813.068610.61436.7602
141.86890.03892.68472.0345.69176.85180.34051.81630.419-0.39920.8697-1.15440.43190.0181-0.09040.2756-0.10340.00940.620.10360.156116.512312.659532.8877
159.25091.08586.39662.31230.46354.7371-0.37720.5603-0.076-0.27120.583-0.0699-1.05380.1853-0.26360.2447-0.0909-0.00070.30150.02490.143628.589818.506544.6732
162.46910.8423-1.05684.0743-4.98456.12910.2454-0.51410.09961.8665-0.21760.0020.11930.31320.11480.4217-0.076-0.03570.2780.05650.16317.78136.859271.6526
171.4033-0.0888-0.29491.4866-1.4714.3370.09340.105-0.0082-0.2517-0.0507-0.11280.11420.149-0.09750.1677-0.0398-0.00780.240.05350.208319.800520.634458.9835
188.6748-3.9254-4.62889.63671.31094.48890.63991.12861.0518-0.48340.0212-0.4803-1.7894-0.28250.36170.5693-0.01130.04950.46720.2030.324316.01929.617444.9812
191.1188-1.08391.21996.1539-2.66943.7997-0.30850.24930.3028-0.22370.19760.1091-1.058-0.6955-0.04790.39920.0274-0.05640.26820.0940.226612.639324.934553.53
203.31022.0662-0.14693.5394-3.15994.28520.24580.24480.2363-0.0265-0.22480.17440.16820.32180.08070.1787-0.0019-0.01480.1750.03550.166716.879111.423563.3448
218.0892-2.18452.38077.0991-2.1961.46810.07-0.3831-0.256-0.46030.34910.66961.0178-0.7221-0.12390.3136-0.1011-0.00110.24220.03820.21689.91676.064968.0816
225.95472.10131.26467.64460.40380.40350.3075-00.26720.82040.09010.6964-0.6435-0.87520.20120.27760.04120.04560.26250.05980.1897.98522.751964.7196
235.77585.48353.75765.31443.29119.1758-0.0325-1.30250.91150.4466-0.26161.1578-0.82890.2105-0.5360.48910.04520.02530.2766-0.05080.31846.258331.728564.6754
243.5294-1.84530.10033.6311-1.66633.6988-0.0035-0.13150.30980.19370.0771-0.68810.0533-0.6158-0.00540.1679-0.0558-0.02390.25050.0190.17088.084313.872557.7833
252.2231-0.4357-0.33565.4493-0.91861.5239-0.04140.096-0.04010.35740.0117-0.11840.09630.09710.00670.1454-0.01990.00580.1910.01590.127714.82869.516259.3006
263.09071.8194-0.30323.6083-1.89181.1740.15741.15790.6438-0.19860.28061.1973-1.9184-0.53780.10080.78740.20190.05250.2450.22830.29419.674831.833852.9924
275.1405-1.6811-2.75025.81173.43914.59920.23691.26531.1531-0.0042-0.05470.1686-1.8655-1.15520.12680.67340.0980.0830.31360.2460.558715.128436.066955.7256
282.41570.872-0.12754.0473-4.7876.13220.4169-0.00920.21340.37370.12731.2682-0.6531-0.475-0.13780.26990.05160.03040.18590.00580.203911.7323.823365.5223
294.5999-0.61211.97353.65382.01974.35530.0138-0.8840.1181.51050.2081-0.5721.0384-0.7824-0.10350.31920.00790.01470.2443-0.01450.169112.56314.461975.3133
303.43052.3787-1.09599.9113-5.96338.2640.323-0.15810.62120.4865-0.3974-0.3081-0.35530.13570.11420.1964-0.0126-0.0040.13830.01710.341117.197226.516265.0359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 342:346)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 347:356)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 357:361)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 362:370)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 371:377)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 378:382)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 383:388)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 389:399)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 400:409)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 410:415)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 416:420)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 421:425)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 426:431)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN A AND RESID 432:437)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN A AND RESID 438:445)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 342:346)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 347:354)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 355:361)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 362:367)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN B AND RESID 368:372)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 373:377)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 378:382)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 383:388)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 389:399)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN B AND RESID 400:409)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN B AND RESID 410:416)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN B AND RESID 417:421)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN B AND RESID 422:428)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN B AND RESID 429:436)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN B AND RESID 437:443)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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