[日本語] English
万見
- PDB-4b4s: Crystal Structure of a pro-survival Bcl-2:Bim BH3 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b4s
タイトルCrystal Structure of a pro-survival Bcl-2:Bim BH3 complex
要素
  • BCL-2-LIKE PROTEIN 10
  • BCL-2-LIKE PROTEIN 11
キーワードAPOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / female gamete generation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / developmental pigmentation ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / female gamete generation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / microtubule organizing center organization / caspase binding / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / ear development / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / meiosis I / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of organ growth / tube formation / mammary gland development / myeloid cell homeostasis / Bcl-2 family protein complex / cellular response to glucocorticoid stimulus / NRAGE signals death through JNK / thymocyte apoptotic process / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / B cell homeostasis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / positive regulation of cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / FLT3 Signaling / endomembrane system / response to endoplasmic reticulum stress / thymus development / release of cytochrome c from mitochondria / cell-matrix adhesion / post-embryonic development / positive regulation of protein-containing complex assembly / kidney development / spindle / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / microtubule binding / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / calcium ion binding / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. ...Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / Bcl-2-like protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rautureau, G.J.P. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
引用ジャーナル: Cell Death Dis. / 年: 2012
タイトル: The Restricted Binding Repertoire of Bcl-B Leaves Bim as the Universal Bh3-Only Prosurvival Bcl-2 Protein Antagonist.
著者: Rautureau, G.J.P. / Yabal, M. / Yang, H. / Huang, D.C.S. / Kvansakul, M. / Hinds, M.G.
履歴
登録2012年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BCL-2-LIKE PROTEIN 10
B: BCL-2-LIKE PROTEIN 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1123
ポリマ－22,9182
非ポリマー1941
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-14.8 kcal/mol
Surface area8700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.843, 94.845, 96.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2024-

HOH

21A-2048-

HOH

31A-2066-

HOH

41A-2067-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 BCL-2-LIKE PROTEIN 10 / BCL2-L-10 / ANTI-APOPTOTIC PROTEIN NRH / APOPTOSIS REGULATOR BCL-B


分子量: 19499.049 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-167 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET31B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9HD36
#2: タンパク質・ペプチド BCL-2-LIKE PROTEIN 11 / BCL2-L-11 / BCL2-INTERACTING MEDIATOR OF CELL DEATH


分子量: 3418.820 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 51-76 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET31B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O43521
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.1 M MGCL2, 20 % PEG 400, 20 % PEG 3350, 0.1 M TRIS PH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.957
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.92 Å / Num. obs: 14793 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 26.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→19.614 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 747 5.1 %
Rwork0.1962 --
obs0.1974 14768 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4229 Å20 Å20 Å2
2--8.5362 Å20 Å2
3----6.1133 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.614 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1356 0 13 88 1457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8771903
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.954517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005249
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.04660.25511540.24172744X-RAY DIFFRACTION100
2.0466-2.25230.24311520.2012751X-RAY DIFFRACTION100
2.2523-2.57750.19311440.18272792X-RAY DIFFRACTION100
2.5775-3.24510.21891470.18222802X-RAY DIFFRACTION100
3.2451-19.61470.21641500.19862932X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.92450.3381-1.05434.3460.3264.3650.0217-0.2587-0.09180.4581-0.0848-0.24410.14440.31130.06680.1470.0114-0.03920.245-0.01250.1459-2.495716.731414.1287
25.0077-2.37951.494.0056-0.93035.56240.25550.5360.2342-0.3512-0.34260.02950.1358-0.05960.0810.09860.0108-0.00120.14630.00040.152-7.98516.01412.9681
31.9546-0.9091-0.50952.14610.82893.96780.11660.0879-0.09160.0838-0.35550.5203-0.0759-0.57290.12440.21080.01030.02840.3498-0.07430.2207-19.792921.902911.9078
42.97681.6292-0.66553.7720.27143.19020.14880.19590.3758-0.1633-0.14150.0048-0.4923-0.1295-0.0780.19150.02090.02140.2341-0.00450.1923-12.012323.62029.4458
52.56440.2154-0.99245.13940.63924.5943-0.0038-0.246-0.03030.7696-0.26830.2980.5409-0.13430.19130.2799-0.06020.05520.2660.01670.1742-12.984913.021419.4107
62.7455-0.3291-2.12674.06752.33447.0010.07960.2671-0.1648-0.2993-0.1193-0.01160.58730.06050.25110.33950.02290.01680.1257-0.02650.2424-8.88924.90682.379
75.0419-0.5203-2.29577.4021-1.45374.3821-0.5779-1.19570.89540.65910.22731.0693-0.7668-1.12880.11750.1890.263-0.11420.9442-0.09720.5671-28.664223.128712.2986
84.6903-1.7853-2.77026.57713.1736.4838-0.06020.2217-0.1032-0.1444-0.28820.7467-0.1694-1.03840.23990.15510.0299-0.02150.3322-0.09820.2524-21.928613.82913.0913
97.02944.3526-0.31635.00352.01873.43620.190.7141-0.6782-0.52060.45610.14950.7947-0.58990.40160.4796-0.0771-0.14250.3637-0.06080.3974-16.36795.468-3.3246
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2:32)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 33:48)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 49:82)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 83:121)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 122:150)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 151:164)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 53:61)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 62:71)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 72:76)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る