+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wh6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of anti-apoptotic BHRF1 in complex with the Bim BH3 domain | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | APOPTOSIS (アポトーシス) / MITOCHONDRION (ミトコンドリア) / EARLY PROTEIN / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host apoptosis / BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / developmental pigmentation / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process ...symbiont-mediated suppression of host apoptosis / BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / developmental pigmentation / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / ear development / tube formation / 減数分裂 / mammary gland development / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of organ growth / cellular response to glucocorticoid stimulus / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / NRAGE signals death through JNK / thymocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / B cell homeostasis / host cell mitochondrion / host cell membrane / 細胞内膜系 / positive regulation of cell cycle / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / FLT3 Signaling / response to endoplasmic reticulum stress / cell-matrix adhesion / post-embryonic development / thymus development / kidney development / positive regulation of protein-containing complex assembly / male gonad development / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of neuron apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / microtubule binding / 精子形成 / regulation of apoptotic process / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / molecular adaptor activity / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / ミトコンドリア / 生体膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Epstein-barr virus strain ag876 (エプスタイン・バール・ウイルス) HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kvansakul, M. / Huang, D.C.S. / Colman, P.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2010 タイトル: Structural basis for apoptosis inhibition by Epstein-Barr virus BHRF1. 著者: Kvansakul, M. / Wei, A.H. / Fletcher, J.I. / Willis, S.N. / Chen, L. / Roberts, A.W. / Huang, D.C. / Colman, P.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wh6.cif.gz | 56 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2wh6.ent.gz | 39.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wh6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/2wh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/2wh6 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19848.367 Da / 分子数: 1 / 断片: BCL-2, RESIDUES 1-160 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Epstein-barr virus strain ag876 (エプスタイン・バール・ウイルス) プラスミド: PDUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03182, UniProt: P0C6Z1*PLUS | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3274.691 Da / 分子数: 1 / 断片: BH3, RESIDUES 51-72 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O43521 | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-BR / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 4 / 詳細: 0.1 M MALIC ACID PH 4 1.25 M NABR |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.987 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 32170 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 40 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 93.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2V6Q 解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.875 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|