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- PDB-4b41: Crystal structure of an amyloid-beta binding single chain antibody G7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b41
タイトルCrystal structure of an amyloid-beta binding single chain antibody G7
要素ANTIBODY G7
キーワードIMMUNE SYSTEM / ALZHEIMER'S DISEASE
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種LAMA GLAMA (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.191 Å
データ登録者Beringer, D.X. / Dorresteijn, B. / Rutten, L. / Wienk, H. / el Khattabi, M. / Kroon-Batenburg, L.M.J. / Verrips, C.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of an Amyloid-Beta Binding Single Chain Antibody G7
著者: Beringer, D.X. / Dorresteijn, B. / Rutten, L. / Wienk, H. / El Khattabi, M. / Kroon-Batenburg, L.M.J. / Verrips, C.T.
履歴
登録2012年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIBODY G7
B: ANTIBODY G7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5687
ポリマ－25,3342
非ポリマー2345
水5,296294
1
A: ANTIBODY G7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7383
ポリマ－12,6671
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ANTIBODY G7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8304
ポリマ－12,6671
非ポリマー1633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.178, 32.596, 52.197
Angle α, β, γ (deg.)103.74, 99.54, 90.62
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 ANTIBODY G7


分子量: 12667.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LAMA GLAMA (ラマ) / プラスミド: PMEK220 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.2 / 詳細: 0.1 M NA CITRATE PH 5.2, 0.2 NACL, 26-30% PEG8K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月19日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→49.94 Å / Num. obs: 50156 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(I): 6.7 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 10.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.19→1.26 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 62.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EZJ

3ezj


解像度: 1.191→49.936 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 18.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1619 2546 5.1 %
Rwork0.136 --
obs0.1374 50144 85.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.191→49.936 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1751 0 10 294 2055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1322721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.743747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004365
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1911-1.2140.1876620.1461145X-RAY DIFFRACTION36
1.214-1.23870.17141230.13322387X-RAY DIFFRACTION78
1.2387-1.26570.14521350.1282553X-RAY DIFFRACTION82
1.2657-1.29510.17931160.1272566X-RAY DIFFRACTION82
1.2951-1.32750.18951460.13352628X-RAY DIFFRACTION83
1.3275-1.36340.16631330.13622597X-RAY DIFFRACTION84
1.3634-1.40350.17061280.13092608X-RAY DIFFRACTION84
1.4035-1.44880.2021480.13292710X-RAY DIFFRACTION88
1.4488-1.50060.17321240.1342778X-RAY DIFFRACTION88
1.5006-1.56070.17041400.13582828X-RAY DIFFRACTION90
1.5607-1.63170.18351480.12742854X-RAY DIFFRACTION91
1.6317-1.71780.17041550.12942824X-RAY DIFFRACTION92
1.7178-1.82540.17861570.13292861X-RAY DIFFRACTION92
1.8254-1.96640.15921790.12772758X-RAY DIFFRACTION91
1.9664-2.16420.15341730.12352853X-RAY DIFFRACTION92
2.1642-2.47740.15271570.13852846X-RAY DIFFRACTION92
2.4774-3.12120.18081670.15082868X-RAY DIFFRACTION93
3.1212-49.97960.13821550.14042934X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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