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- PDB-4b3s: Crystal structure of the 30S ribosome in complex with compound 37 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b3s
タイトルCrystal structure of the 30S ribosome in complex with compound 37
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • 16S RIBOSOMAL RNA
  • 5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP)-3'
  • 5'-R(*UP*UP*CP*AP*AP*AP)-3'
キーワードRIBOSOME / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding ...ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A ...Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Helix hairpin bin / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S15/NS1, RNA-binding / K homology (KH) domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain / Ribosomal protein S14, type Z / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Few Secondary Structures / Irregular / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-RPO / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 ...: / Chem-RPO / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S17 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Ng, C.L. / Lang, K. / Shcherbakov, D. / Matt, T. / Perez-Fernandez, D. / Patak, R. / Meyer, M. / Duscha, S. / Akbergenov, R. / Boukari, H. ...Ng, C.L. / Lang, K. / Shcherbakov, D. / Matt, T. / Perez-Fernandez, D. / Patak, R. / Meyer, M. / Duscha, S. / Akbergenov, R. / Boukari, H. / Freihofer, P. / Kudyba, I. / Reddy, M.S.K. / Nandurikar, R.S. / Ramakrishnan, V. / Vasella, A. / Bottger, E.C.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: 4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
著者: Perez-Fernandez, D. / Shcherbakov, D. / Matt, T. / Leong, N.C. / Kudyba, I. / Duscha, S. / Boukari, H. / Patak, R. / Dubakka, S.R. / Lang, K. / Meyer, M. / Akbergenov, R. / Freihofer, P. / ...著者: Perez-Fernandez, D. / Shcherbakov, D. / Matt, T. / Leong, N.C. / Kudyba, I. / Duscha, S. / Boukari, H. / Patak, R. / Dubakka, S.R. / Lang, K. / Meyer, M. / Akbergenov, R. / Freihofer, P. / Vaddi, S. / Thommes, P. / Ramakrishnan, V. / Vasella, A. / Bottger, E.C.
履歴
登録2012年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Other / Structure summary
改定 1.22013年12月11日Group: Other / Structure summary
改定 1.32014年1月29日Group: Database references
改定 1.42014年2月12日Group: Database references
改定 1.52019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.62019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.72023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.82024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S RIBOSOMAL RNA
B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
C: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
D: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
E: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
G: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
H: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
I: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
J: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
K: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
L: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
M: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
N: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 TYPE Z
O: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
P: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
Q: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
R: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
S: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
T: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
V: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
W: 5'-R(*UP*UP*CP*AP*AP*AP)-3'
Z: 5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)794,299205
ポリマ－788,91923
非ポリマー5,379182
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)401.150, 401.150, 173.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AWZ

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA


分子量: 493652.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 55771382
#22: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*CP*AP*AP*AP)-3' / MRNA


分子量: 1860.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)
#23: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP)-3' / ANTICODON STEM LOOP ASL


分子量: 5161.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV

#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量: 17452.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: P0DOY9*PLUS
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10


分子量: 11823.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 TYPE Z


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: P0DOY6*PLUS
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17


分子量: 12193.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: P0DOY7*PLUS
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19


分子量: 10474.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX


分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SIH3

-
非ポリマー , 4種, 182分子

#24: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#25: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#26: 化合物 ChemComp-RPO / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranosyl)-beta-D-ribofuranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl 2-amino-4-O-benzyl-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside


分子量: 705.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H51N5O14
#27: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.22 %
解説: DATA WAS USED TO REFINE AGAINST THE MODEL WITHOUT ANY LIGANDS FROM PDB ID 1J5E STRUCTURE USING CNS. THE OBTAINED DIFFERENCE MAP WAS USED TO ANALYSE THE BINDING OF LIGAND RPO, MANUAL MODEL FITTING USING COOT.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4% MPD, 75MM NH4CL, 200MM KCL, 15MM MAGNESIUM CHLORIDE, MES-KOH PH 6.5,VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→40 Å / Num. obs: 240081 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.15→3.25 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1J5E

1j5e


解像度: 3.15→40 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 11456 4.7 %
Rwork0.2104 --
obs0.2104 240081 99.3 %
溶媒の処理Bsol: 45.1848 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.875 Å20 Å20 Å2
2---1.875 Å20 Å2
3---3.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19239 32844 230 0 52313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.239
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1RPO_AXIAL.PARRPO_AXIAL.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMDNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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