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- PDB-4b3g: crystal structure of Ighmbp2 helicase in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b3g
タイトルcrystal structure of Ighmbp2 helicase in complex with RNA
要素
  • DNA-BINDING PROTEIN SMUBP-2
  • RNA (5'-(AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / HYDROLASE / HELICASE / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on RNA / general transcription initiation factor binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / single-stranded DNA binding / 5'-3' RNA helicase activity / ribosome binding / growth cone / 5'-3' DNA helicase activity ...double-stranded DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on RNA / general transcription initiation factor binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / single-stranded DNA binding / 5'-3' RNA helicase activity / ribosome binding / growth cone / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / tRNA binding / single-stranded RNA binding / nuclear body / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / axon / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helicase SMUBP-2/Hcs1-like / DNA-binding protein SMUBP-2, R3H domain / : / Helicase SMUBP-2/HCS1, 1B domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #270 / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. ...Helicase SMUBP-2/Hcs1-like / DNA-binding protein SMUBP-2, R3H domain / : / Helicase SMUBP-2/HCS1, 1B domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #270 / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / Zinc finger, AN1-type / AN1-like Zinc finger / AN1-like Zinc finger / Zinc finger AN1-type profile. / AN1-like Zinc finger / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / : / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / DNA-binding protein SMUBP-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Lim, S.C. / Song, H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The Ighmbp2 Helicase Structure Reveals the Molecular Basis for Disease-Causing Mutations in Dmsa1.
著者: Lim, S.C. / Bowler, M.W. / Lai, T.F. / Song, H.
履歴
登録2012年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-BINDING PROTEIN SMUBP-2
B: DNA-BINDING PROTEIN SMUBP-2
G: RNA (5'-(AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP)-3')
H: RNA (5'-(AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,1224
ポリマ－149,1224
非ポリマー00
水2,612145
1
A: DNA-BINDING PROTEIN SMUBP-2
G: RNA (5'-(AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5612
ポリマ－74,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-8.5 kcal/mol
Surface area28160 Å2
手法PISA
2
B: DNA-BINDING PROTEIN SMUBP-2
H: RNA (5'-(AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5612
ポリマ－74,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-7.6 kcal/mol
Surface area28270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.288, 87.288, 372.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 DNA-BINDING PROTEIN SMUBP-2 / IGHMBP2 / ATP-DEPENDENT HELICASE IGHMBP2 / GLIAL FACTOR 1 / GF-1 / IMMUNOGLOBULIN MU-BINDING PROTEIN 2


分子量: 71642.938 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 3-648 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P38935, DNA helicase, RNA helicase
#2: RNA鎖 RNA (5'-(AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP)-3')


分子量: 2917.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.976
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→19.97 Å / Num. obs: 39419 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 62.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.85→2.85 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→19.97 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 27.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2922 1942 5 %
Rwork0.2064 --
obs0.2108 38694 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.024 Å2 / ksol: 0.286 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1302 Å20 Å20 Å2
2--4.1302 Å20 Å2
3----8.2604 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9460 374 0 145 9979
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33813641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0523783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0861638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8501-2.95170.37161530.27413388X-RAY DIFFRACTION92
2.9517-3.06950.35631910.23973504X-RAY DIFFRACTION95
3.0695-3.20860.32861960.21863622X-RAY DIFFRACTION97
3.2086-3.3770.31571840.21333627X-RAY DIFFRACTION98
3.377-3.58750.30961830.2043708X-RAY DIFFRACTION99
3.5875-3.86260.2821930.2093690X-RAY DIFFRACTION99
3.8626-4.2480.2752370.18543664X-RAY DIFFRACTION99
4.248-4.85490.2562050.1683774X-RAY DIFFRACTION99
4.8549-6.08780.29742080.1943760X-RAY DIFFRACTION99
6.0878-19.97010.25231920.1944015X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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