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- PDB-4b0n: Crystal structure of PKS-I from the brown algae Ectocarpus siliculosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b0n
タイトルCrystal structure of PKS-I from the brown algae Ectocarpus siliculosus
要素POLYKETIDE SYNTHASE III
キーワードTRANSFERASE / POLYPHENOL BIOSYNTHESIS / ARACHIDONYL GROUP
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARACHIDONIC ACID / MALONIC ACID / Polyketide Synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種ECTOCARPUS SILICULOSUS (ソトミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Leroux, C. / Meslet-Cladiere, L. / Delage, L. / Goulitquer, S. / Leblanc, C. / Ar Gall, E. / Stiger-Pouvreau, V. / Potin, P. / Czjzek, M.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2013
タイトル: Structure/Function Analysis of a Type III Polyketide Synthase in the Brown Alga Ectocarpus Siliculosus Reveals a Biochemical Pathway in Phlorotannin Monomer Biosynthesis.
著者: Meslet-Cladiere, L. / Delage, L. / J-J Leroux, C. / Goulitquer, S. / Leblanc, C. / Creis, E. / Gall, E.A. / Stiger-Pouvreau, V. / Czjzek, M. / Potin, P.
履歴
登録2012年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Other
改定 1.22013年9月11日Group: Database references
改定 1.32013年10月9日Group: Database references
改定 1.42014年3月12日Group: Source and taxonomy
改定 1.52015年4月22日Group: Non-polymer description
改定 1.62019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.72019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.82020年11月18日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: pdbx_database_status / struct ...pdbx_database_status / struct / struct_conn / struct_site
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct.title ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _struct.title / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.92023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.102024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYKETIDE SYNTHASE III
B: POLYKETIDE SYNTHASE III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8356
ポリマ－89,0182
非ポリマー8174
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-34.8 kcal/mol
Surface area27390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.320, 83.395, 152.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.818, 0.4, 0.413), (0.386, -0.148, 0.91), (0.426, 0.904, -0.033)
ベクター: -47.06173, -9.34806, 29.15957)

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要素

#1: タンパク質 POLYKETIDE SYNTHASE III / TYPE III POLYKETIDE SYNTHASE


分子量: 44509.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COVALENT LINK BETWEEN C 194 AND THE ACETYL GROUP OF THE FATTY ACID LIGAND
由来: (組換発現) ECTOCARPUS SILICULOSUS (ソトミ) / 株: EC32 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RILP
参照: UniProt: D8LJ35, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 化合物 ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸


分子量: 304.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細ARACHIDONIC ACID (ACD): COVALENTLY LINKED TO CYS 194 A AND B

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / 解説: NONE
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3 MICROLITER DROPS OF PROTEIN AT 7 MG/ML WERE MIXED WITH 1.5 MICROLITERS OF CRYSTALLIZATION BUFFER (0.1 M BICINE PH 8, 18% PEG 6000) USING THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 19 DEGREES CELSIUS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM Q4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月23日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→49 Å / Num. obs: 18963 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.85→3.02 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 77.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TED

1ted


解像度: 2.85→49.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 24.507 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. DISORDERED RESIDUES AND LIGAND WERE MODELED WITH OCCUPANCY LOWER THAN 1.00.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23587 989 5.2 %RANDOM
Rwork0.2107 ---
obs0.21201 17967 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→49.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5746 0 56 343 6145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196084
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3692.0048241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9435756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.07823.984246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.2615970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3761536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 66 -
Rwork0.305 1188 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9401-0.25340.13261.5205-0.35231.02450.1047-0.0528-0.2945-0.20290.0943-0.33060.14210.009-0.1990.0768-0.06430.02370.15240.00740.3607-23.006-20.38823.774
21.73541.10710.0192.85581.36571.594-0.05890.05980.2738-0.1582-0.27270.14080.0964-0.19810.33160.0680.0340.03820.07470.0060.3332-26.4177.07-0.534
30.4320.2876-0.02670.53360.20420.66150.0308-0.0237-0.12050.0564-0.0317-0.08060.0278-0.00290.0010.0099-0.0256-0.02030.15530.00280.2787-21.29-14.17926.3
40.52110.34180.18090.73890.33280.7631-0.0164-0.0342-0.0213-0.10570.0056-0.0525-0.0792-0.01430.01080.0244-0.01220.03560.1593-0.00010.2298-24.5368.4446.474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 41
2X-RAY DIFFRACTION1A68 - 78
3X-RAY DIFFRACTION1A99 - 106
4X-RAY DIFFRACTION1A112 - 115
5X-RAY DIFFRACTION1A232 - 242
6X-RAY DIFFRACTION1A256 - 262
7X-RAY DIFFRACTION2B36 - 41
8X-RAY DIFFRACTION2B68 - 78
9X-RAY DIFFRACTION2B99 - 106
10X-RAY DIFFRACTION2B112 - 115
11X-RAY DIFFRACTION2B232 - 242
12X-RAY DIFFRACTION2B256 - 262
13X-RAY DIFFRACTION3A42 - 67
14X-RAY DIFFRACTION3A79 - 98
15X-RAY DIFFRACTION3A107 - 111
16X-RAY DIFFRACTION3A116 - 231
17X-RAY DIFFRACTION3A243 - 255
18X-RAY DIFFRACTION3A263 - 413
19X-RAY DIFFRACTION4B42 - 67
20X-RAY DIFFRACTION4B79 - 98
21X-RAY DIFFRACTION4B107 - 111
22X-RAY DIFFRACTION4B116 - 231
23X-RAY DIFFRACTION4B243 - 255
24X-RAY DIFFRACTION4B263 - 413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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