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- PDB-4azj: Structural basis of L-phosphoserine binding to Bacillus alcalophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4azj
タイトルStructural basis of L-phosphoserine binding to Bacillus alcalophilus phosphoserine aminotransferase
要素PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / L-serine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoserine aminotransferase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Phosphoserine aminotransferase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHOSERINE / Phosphoserine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS ALCALOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Battula, P. / Dubnovitsky, A.P. / Papageorgiou, A.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural Basis of L-Phosphoserine Binding to Bacillus Alcalophilus Phosphoserine Aminotransferase
著者: Battula, P. / Dubnovitsky, A.P. / Papageorgiou, A.C.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE
B: PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,49111
ポリマ－80,4872
非ポリマー1,0049
水20,2851126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint-94.3 kcal/mol
Surface area26410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.692, 136.194, 151.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE / PHOSPHOHYDROXYTHREONINE AMINOTRANSFERASE / PSAT


分子量: 40243.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENT BOND BETWEEN PLP AND L-PHOSPHOSERINE
由来: (組換発現) BACILLUS ALCALOPHILUS (バクテリア)
プラスミド: PBALC-PSAT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RME2, phosphoserine transaminase

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非ポリマー , 5種, 1135分子

#2: 化合物 ChemComp-SEP / PHOSPHOSERINE / PHOSPHONOSERINE / L-ホスホセリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 185.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8NO6P
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 1.4 M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5. C0-CRYSTALLIZATION WITH 25 MM L-PHOSPHOSERINE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.097
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.097 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 170566 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.2_869)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W23

1w23


解像度: 1.5→19.876 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1648 8635 5.1 %
Rwork0.1456 --
obs0.1466 170544 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.489 Å2 / ksol: 0.422 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3357 Å20 Å20 Å2
2---1.7547 Å20 Å2
3----0.581 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5632 0 57 1126 6815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126023
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4648215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0252309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089919
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081077
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5004-1.51740.28722860.26225353X-RAY DIFFRACTION99
1.5174-1.53530.2622880.24385363X-RAY DIFFRACTION100
1.5353-1.5540.27272860.2395368X-RAY DIFFRACTION100
1.554-1.57370.21672830.21155336X-RAY DIFFRACTION100
1.5737-1.59440.2362880.20295380X-RAY DIFFRACTION100
1.5944-1.61620.20972760.18925383X-RAY DIFFRACTION100
1.6162-1.63930.19092800.17895377X-RAY DIFFRACTION100
1.6393-1.66370.19772930.17115385X-RAY DIFFRACTION100
1.6637-1.68970.18382810.16435401X-RAY DIFFRACTION100
1.6897-1.71740.19962740.16315423X-RAY DIFFRACTION100
1.7174-1.7470.16743180.15975345X-RAY DIFFRACTION100
1.747-1.77870.18622690.15695381X-RAY DIFFRACTION100
1.7787-1.81290.19293030.15875407X-RAY DIFFRACTION100
1.8129-1.84990.1882540.15315415X-RAY DIFFRACTION100
1.8499-1.89010.18152970.15215409X-RAY DIFFRACTION100
1.8901-1.9340.18333220.16985365X-RAY DIFFRACTION100
1.934-1.98240.16523100.14865388X-RAY DIFFRACTION100
1.9824-2.03590.16352700.14355426X-RAY DIFFRACTION100
2.0359-2.09580.1643010.14425463X-RAY DIFFRACTION100
2.0958-2.16330.15422840.13625384X-RAY DIFFRACTION100
2.1633-2.24050.15782800.1375424X-RAY DIFFRACTION100
2.2405-2.33010.16822880.14085447X-RAY DIFFRACTION100
2.3301-2.4360.15783050.13475420X-RAY DIFFRACTION100
2.436-2.56420.15943040.13415419X-RAY DIFFRACTION100
2.5642-2.72450.14713010.13175441X-RAY DIFFRACTION100
2.7245-2.93420.14672740.13795462X-RAY DIFFRACTION100
2.9342-3.22840.15622730.13445458X-RAY DIFFRACTION99
3.2284-3.69290.15082660.12135403X-RAY DIFFRACTION98
3.6929-4.64290.12023060.10625226X-RAY DIFFRACTION95
4.6429-19.87740.15882750.15935457X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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