PDB-4az1: Crystal structure of the Trypanosoma cruzi protein tyrosine phosp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4az1

タイトル

Crystal structure of the Trypanosoma cruzi protein tyrosine phosphatase TcPTP1, a potential therapeutic target for Chagas' disease

要素

TYROSINE SPECIFIC PROTEIN PHOSPHATASE

キーワード

HYDROLASE / DRUG DESIGN

機能・相同性

機能・相同性情報

protein tyrosine phosphatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

TRYPANOSOMA CRUZI (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.181 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S.

引用

ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2012
タイトル: Structure of the Trypanosoma Cruzi Protein Tyrosine Phosphatase Tcptp1, a Potential Therapeutic Target for Chagas' Disease.
著者: Lountos, G.T. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S.

履歴

登録	2012年6月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月16日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月13日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4az1.cif.gz	249.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4az1.ent.gz	203.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4az1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4az1_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4az1_full_validation.pdf.gz	466.2 KB	表示
XML形式データ	4az1_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	4az1_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/4az1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/4az1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m4uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3k6o-d 2zkx-d 4o3w-1 3pqu-1 4wbz-1 4nnh-d 1pg5-d 5wq3-d 6e3g-d 3pqu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (11) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: TYROSINE SPECIFIC PROTEIN PHOSPHATASE

B: TYROSINE SPECIFIC PROTEIN PHOSPHATASE

ヘテロ分子

68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.285, 154.285, 195.746
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	TYROSINE SPECIFIC PROTEIN PHOSPHATASE / PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE TCPTP1 分子量: 33835.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TRYPANOSOMA CRUZI (トリパノソーマ) プラスミド: PJT206 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4E4C8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.9 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 3.2 M SODIUM FORMATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 46460 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 43.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 37
反射シェル	解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M4U

3m4u

解像度: 2.181→30.941 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2317	2011	4.3 %
R_work	0.1896	-	-
obs	0.1914	46377	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.18 Å² / k_sol: 0.327 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0917 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.0917 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1834 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.181→30.941 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4557	0	19	261	4837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4686
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.059	6365
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.452	1715
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	732
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	818

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1814-2.236	0.3444	147	0.2869	3084	X-RAY DIFFRACTION	98
2.236-2.2964	0.2932	143	0.2519	3141	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2964-2.364	0.2761	140	0.2361	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
2.364-2.4402	0.2921	144	0.2323	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4402-2.5274	0.2664	143	0.2216	3158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5274-2.6286	0.2805	135	0.2265	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6286-2.7481	0.2863	148	0.2188	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7481-2.8929	0.2839	137	0.2252	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8929-3.074	0.3044	144	0.2208	3191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.074-3.3111	0.2338	145	0.2065	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3111-3.6438	0.232	142	0.1856	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6438-4.17	0.2036	148	0.1635	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-5.2496	0.1649	147	0.1339	3220	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2496-30.9441	0.2104	148	0.1843	3211	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6547	1.1692	-1.769	2.1666	-0.1133	2.2283	0.2803	0.0788	0.9025	0.2938	-0.0904	0.4764	-0.3121	-0.1997	-0.1382	0.3016	-0.0095	0.0316	0.195	-0.0227	0.4952	2.4188	-47.3975	16.9644
2	4.3158	0.9101	-0.274	1.804	0.2776	2.4654	-0.1478	0.0669	0.3504	0.0806	0.1015	0.4092	0.1761	-0.3322	-0.0177	0.2672	-0.0564	-0.0209	0.211	-0.008	0.3089	-9.1214	-62.694	15.9959
3	6.2252	0.9905	0.7069	3.2097	-0.0251	2.226	-0.2045	0.7509	0.0611	-0.3868	0.1853	0.1949	0.2307	-0.1938	0.0072	0.3718	-0.1163	-0.0031	0.2938	0.0242	0.204	-4.7432	-64.8345	7.5478
4	3.9709	1.3396	-1.9592	2.7349	-0.9176	5.3404	-0.1379	0.5208	0.5827	-0.245	0.1821	0.0554	0.1058	-0.035	-0.0291	0.2458	-0.0684	-0.0248	0.2229	0.0657	0.3256	9.2055	-50.6159	6.3439
5	2.9693	-0.816	-0.0177	0.3123	-0.4248	2.0888	-0.2458	-0.4472	0.9978	0.449	0.1837	0.4643	-0.4249	-0.6946	-0.3885	0.6648	0.1671	0.315	0.4748	-0.2396	0.9979	-30.7756	-51.6866	41.525
6	3.9494	1.3102	0.7778	7.4271	1.1614	4.5042	-0.0804	-0.3457	-0.1455	0.4544	0.3242	-0.3703	-0.0938	0.4706	-0.1946	0.2201	0.0018	0.0845	0.3867	-0.0873	0.2799	-11.3248	-75.3148	36.3068
7	2.2007	1.0253	-0.2572	2.8214	0.525	3.816	-0.1165	-0.201	0.275	0.4191	0.1651	0.4826	-0.0978	-0.1216	0.0097	0.2853	0.0071	0.1389	0.3259	-0.0079	0.3213	-23.998	-80.1841	36.8045
8	3.7442	-0.4933	-0.5423	7.4579	-0.3459	4.9979	-0.0883	0.3999	-0.1719	-0.1366	0.0056	0.3375	0.7754	-0.2854	-0.0021	0.2536	-0.0131	0.0896	0.3969	0.0062	0.3449	-27.3514	-92.343	28.829
9	4.6192	-1.6195	-1.396	2.3223	1.212	2.8413	0.0097	-0.1265	0.4672	0.2674	0.1763	0.5894	0.0392	-0.4424	-0.0541	0.188	-0.0198	0.2286	0.4412	0.0167	0.5976	-34.616	-83.9509	36.9845
10	0.4219	0.3099	0.1534	1.1747	-0.3157	0.2569	0.159	-0.5688	0.5405	0.7163	0.1347	0.7824	-0.2904	-0.0076	0.2392	0.5283	0.0154	0.4568	0.4426	-0.1671	0.5735	-27.8378	-67.939	44.6774
11	6.9081	-0.7669	0.3971	2.4312	-0.649	4.9758	-0.2601	-0.286	1.3884	0.1876	0.4599	0.9243	-0.4687	-0.9917	-0.2179	0.4409	0.0354	0.1455	0.4705	-0.0198	0.9407	-33.3175	-60.159	37.7766

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 3:77)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 78:155)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 156:231)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 232:300)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 4:30)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 31:78)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 79:128)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 129:150)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 151:215)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 216:266)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 267:295)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)