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- PDB-4ayc: RNF8 RING domain structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ayc
タイトルRNF8 RING domain structure
要素(E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ...) x 2
キーワードLIGASE / DNA DAMAGE / K63 CHAINS
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / protein K6-linked ubiquitination / isotype switching / response to ionizing radiation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / protein K63-linked ubiquitination / signal transduction in response to DNA damage / ubiquitin ligase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...sperm DNA condensation / protein K6-linked ubiquitination / isotype switching / response to ionizing radiation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / protein K63-linked ubiquitination / signal transduction in response to DNA damage / ubiquitin ligase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / interstrand cross-link repair / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / positive regulation of DNA repair / epigenetic regulation of gene expression / ubiquitin binding / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / RING-type E3 ubiquitin transferase / double-strand break repair via nonhomologous end joining / ubiquitin protein ligase activity / double-strand break repair / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone binding / chromosome, telomeric region / cell division / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SMAD/FHA domain superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 ...E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SMAD/FHA domain superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RNF8
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mattiroli, F. / Vissers, J.H.A. / Van Dijk, W.J. / Ikpa, P. / Citterio, E. / Vermeulen, W. / Marteijn, J.A. / Sixma, T.K.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Rnf168 Ubiquitinates K13-15 on H2A/H2Ax to Drive DNA Damage Signaling
著者: Mattiroli, F. / Vissers, J.H.A. / Van Dijk, W.J. / Ikpa, P. / Citterio, E. / Vermeulen, W. / Marteijn, J.A. / Sixma, T.K.
履歴
登録2012年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年9月11日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF8
B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,26212
ポリマ－32,7222
非ポリマー1,53910
水1,04558
1
A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF8
B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF8
ヘテロ分子

A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF8
B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,52324
ポリマ－65,4444
非ポリマー3,07920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area12650 Å2
ΔGint-163.2 kcal/mol
Surface area31500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.374, 213.717, 34.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF8 / RING FINGER PROTEIN 8


分子量: 16353.082 Da / 分子数: 1 / 断片: RING DOMAIN, RESIDUES 351-485 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: O76064, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF8 / RING FINGER PROTEIN 8


分子量: 16369.082 Da / 分子数: 1 / 断片: RING DOMAIN, RESIDUES 351-485 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: O76064, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

-
非ポリマー , 6種, 68分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CPQ / N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE / DEOXY-BIGCHAP / デオキシBiGCHAP


分子量: 862.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H75N3O15 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.9
詳細: 0.1 M NA CACODYLATE, PH 6.9, 2.5 M AMMONIUM SULPHATE, 0.8 MM N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.282
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月5日
放射モノクロメーター: FIXED-EXIT LN2 COOLED DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.37 Å / Num. obs: 28115 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→46.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 7.513 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: RELATIVE TO THE PUBLICATION TWO SIDECHAIN WERE ADDED TO THE MODEL (RESIDUES A482 AND B485) RESULTING IN SLIGHTLY DIFFERENT STATISTICS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22948 1414 5 %RANDOM
Rwork0.19973 ---
obs0.20136 26652 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.632 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å2-0 Å2
2---0.46 Å2-0 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2164 0 86 58 2308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192327
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2312.013127
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74235374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5675279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67225.575113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00715500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7631515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 79 -
Rwork0.296 1762 -
obs--91.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2277-3.5257-2.179930.08625.51075.03470.1568-0.05770.10880.71780.09140.2477-0.2793-0.0517-0.24810.49720.110.12780.08310.03730.3551-11.16380.93725.861
24.0254-12.33351.978437.852-6.07320.9862-0.3942-0.15590.00211.35750.44390.0672-0.2721-0.1081-0.04970.7860.12540.06340.14780.0360.6592-3.23145.46329.748
32.21830.5543-0.10615.446-0.55271.4446-0.0326-0.0248-0.03020.3469-0.0232-0.3027-0.19490.07160.05580.1923-0.0472-0.04670.01930.01930.29328.114.19627.551
47.0547-2.3377-3.627811.54860.3648.19650.2016-0.01160.30640.1786-0.045-0.6669-0.15060.2889-0.15650.3281-0.0778-0.07630.06530.04260.33915.12525.15218.356
50.74083.8556-0.517547.2799-5.06360.5826-0.12320.05820.172-0.52010.242-0.08490.075-0.0539-0.11880.55580.08590.00290.14210.04670.6209-4.35851.37820.838
67.0732-0.5894-1.18324.24950.29651.60410.00620.51390.0193-0.054-0.03810.8475-0.1684-0.35110.03180.1308-0.0023-0.00370.10030.02830.5098-13.1419.59723.889
73.1303-0.5307-0.78344.2478-0.48763.23470.07670.07480.35570.4082-0.04380.5427-0.2611-0.2887-0.03290.19120.0080.03660.05870.01460.428-7.12415.70329.048
87.27621.7241-0.90088.9392-0.29565.57580.3059-0.77980.11462.06280.29840.9096-0.1936-0.3817-0.60430.66450.11240.26150.34620.03170.6863-15.30615.95238.52
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A348 - 370
2X-RAY DIFFRACTION2A371 - 398
3X-RAY DIFFRACTION3A399 - 465
4X-RAY DIFFRACTION3A900 - 901
5X-RAY DIFFRACTION4A466 - 483
6X-RAY DIFFRACTION5B358 - 402
7X-RAY DIFFRACTION6B403 - 440
8X-RAY DIFFRACTION6B900 - 901
9X-RAY DIFFRACTION7B441 - 467
10X-RAY DIFFRACTION8B468 - 485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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