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- PDB-4axs: Structure of Carbamate Kinase from Mycoplasma penetrans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4axs
タイトルStructure of Carbamate Kinase from Mycoplasma penetrans
要素CARBAMATE KINASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamate kinase activity / arginine deiminase pathway / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbamate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種MYCOPLASMA PENETRANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gallego, P. / Planell, R. / Benach, J. / Querol, E. / PerezPons, J.A. / Reverter, D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural Characterization of the Enzymes Composing the Arginine Deiminase Pathway in Mycoplasma Penetrans.
著者: Gallego, P. / Planell, R. / Benach, J. / Querol, E. / Perez-Pons, J.A. / Reverter, D.
履歴
登録2012年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBAMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7553
ポリマ－35,5631
非ポリマー1922
水59433
1
A: CARBAMATE KINASE
ヘテロ分子

A: CARBAMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5096
ポリマ－71,1252
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-96.1 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.800, 51.800, 174.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 CARBAMATE KINASE


分子量: 35562.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOPLASMA PENETRANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8EVF4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.15 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→44.86 Å / Num. obs: 11222 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 45.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.38→2.51 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E19

1e19


解像度: 2.5→44.86 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.52 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 134 TO 143 AND 151 TO 156 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2872 465 4.7 %
Rwork0.2306 --
obs0.2332 9818 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.096 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.9406 Å20 Å20 Å2
2--11.9406 Å20 Å2
3----23.8811 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2155 0 10 33 2198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1093001
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.881795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.86190.34521620.27112998X-RAY DIFFRACTION97
2.8619-3.60540.29971490.22293067X-RAY DIFFRACTION98
3.6054-44.86730.26251540.22113288X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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