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- PDB-4au5: Structure of the NhaA dimer, crystallised at low pH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4au5
タイトルStructure of the NhaA dimer, crystallised at low pH
要素NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORTER
機能・相同性
機能・相同性情報


response to alkaline pH / sodium:proton antiporter activity / cardiolipin binding / response to salt stress / regulation of intracellular pH / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na+/H+ antiporter like domain / Na+/H+ antiporter NhaA / Na+/H+ antiporter domain superfamily / Na+/H+ antiporter 1 / Na+/H+ antiporter like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) antiporter NhaA
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.696 Å
データ登録者Drew, D. / Lee, C. / Iwata, S. / Cameron, A.D.
引用ジャーナル: J. Gen. Physiol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the sodium-proton antiporter NhaA dimer and new mechanistic insights.
著者: Lee, C. / Yashiro, S. / Dotson, D.L. / Uzdavinys, P. / Iwata, S. / Sansom, M.S. / von Ballmoos, C. / Beckstein, O. / Drew, D. / Cameron, A.D.
履歴
登録2012年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA
B: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA
C: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA
D: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,7249
ポリマ－171,8294
非ポリマー8955
水00
1
A: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA
B: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6175
ポリマ－85,9142
非ポリマー7033
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-50.6 kcal/mol
Surface area34630 Å2
手法PISA
2
C: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA
D: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1064
ポリマ－85,9142
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-44.9 kcal/mol
Surface area34950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.800, 100.560, 141.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A
211CHAIN B
311CHAIN C
411CHAIN D

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.289, 0.059, -0.956), (0.074, -0.994, -0.083), (-0.955, -0.094, 0.282)69.1514, 6.53442, 51.99979
2given(-0.257, 0.788, 0.559), (0.777, -0.176, 0.605), (0.575, 0.59, -0.567)3.16627, -27.07852, 33.62885
3given(-0.417, -0.855, 0.309), (-0.791, 0.174, -0.586), (0.448, -0.489, -0.749)20.81782, 56.62976, 46.45092

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要素

#1: タンパク質
NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA / SODIUM/PROTON ANTIPORTER NHAA / SODIUM PROTON ANTIPORTER NHAA


分子量: 42957.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PWALDO GFPE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P13738
#2: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化pH: 3.8
詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 3.8, 0.1 M LITHIUM SULPHATE, 26% PEG 400 WITH 1% HEPTYL-THIOL-B-D-GLUCOSIDE AS AN ADDITIVE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: MARRESEARCH MX300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月24日
放射モノクロメーター: SI(III) DOUBLE CRYSTAL MONOCHOMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→30 Å / Num. obs: 34273 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 133.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 3.7→3.8 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZCD -FINAL REFINEMENT DONE AGAINST 4ATV

1zcd

4atv


解像度: 3.696→29.644 Å / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 43.16 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESTRAINED TO 4ATV USED SECONDARY STRUCTURE AND NCS RESTRAINTS. REFINED WITH NCS RESTRAINTS AND RESTRAINED TO 4ATV. SULPHATE AND DETERGENT TENTATIVELY MODELLED IN DIMER INTERFACE AS FOR 4ATV.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 1877 5.5 %
Rwork0.3179 --
obs0.3192 34183 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.901 Å2 / ksol: 0.186 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 205 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.5043 Å20 Å229.2421 Å2
2--16.218 Å20 Å2
3----8.7137 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.696→29.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11294 0 49 0 11343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111580
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28215795
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6383993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811964
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091906
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2794X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2794X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.105
13C2853X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
14D2794X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6957-3.79540.573810.4972386X-RAY DIFFRACTION90
3.7954-3.90690.44122140.44462403X-RAY DIFFRACTION98
3.9069-4.03270.39961720.41212467X-RAY DIFFRACTION98
4.0327-4.17640.41431840.39062395X-RAY DIFFRACTION98
4.1764-4.343200.3572618X-RAY DIFFRACTION98
4.3432-4.54020.3451660.31172480X-RAY DIFFRACTION99
4.5402-4.77860.32851670.28342464X-RAY DIFFRACTION99
4.7786-5.07660.322360.28532407X-RAY DIFFRACTION98
5.0766-5.46630.35981020.30712546X-RAY DIFFRACTION99
5.4663-6.01230.40161760.32422475X-RAY DIFFRACTION99
6.0123-6.87280.34581580.32542513X-RAY DIFFRACTION99
6.8728-8.62350.26261520.23732552X-RAY DIFFRACTION100
8.6235-29.64450.3341490.30472600X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7224-1.9238-0.24117.9821-1.97254.81951.18970.04230.7197-0.2804-0.77620.3747-0.439-0.8298-0.0420.9613-0.13830.01020.8427-0.21460.780928.847521.40128.4344
25.2819-2.1471.19094.3585-1.25554.3444-0.3493-0.1913-0.3343-0.2264-0.0274-0.19880.9286-0.29370.37670.99870.21070.15280.65940.17860.881954.4288-12.862724.455
34.5525-4.414-0.53735.0304-1.53211.7385-0.7-1.4851-1.21660.53420.65010.66620.03140.49350.04191.6469-0.31760.69041.67150.00621.536117.3321-3.323558.0544
45.8521-1.67820.73768.6239-1.10433.1218-0.4120.908-0.63460.28740.35831.1148-0.6526-1.20290.00851.46940.19790.64061.2836-0.24561.1365-6.840332.623843.2897
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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