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- PDB-4au4: Crystal Structure of Hsp47 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4au4
タイトルCrystal Structure of Hsp47
要素SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)
キーワードCHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen trimer / collagen fibril organization / collagen binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endoplasmic reticulum / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serpin H1, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Serpin H1, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Widmer, C. / Gebauer, J.M. / Brunstein, E. / Rodenbaum, S. / Zaucke, F. / Drogemuller, C. / Leeb, T. / Baumann, U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Molecular Basis for the Action of the Collagen-Specific Chaperone Hsp47/Serpinh1 and its Structure-Specific Client Recognition.
著者: Widmer, C. / Gebauer, J.M. / Brunstein, E. / Rosenbaum, S. / Zaucke, F. / Drogemuller, C. / Leeb, T. / Baumann, U.
履歴
登録2012年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)
B: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)
C: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)
D: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)
E: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)
F: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)
G: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,9867
ポリマ－309,9867
非ポリマー00
水00
1
A: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2841
ポリマ－44,2841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2841
ポリマ－44,2841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2841
ポリマ－44,2841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2841
ポリマ－44,2841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2841
ポリマ－44,2841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2841
ポリマ－44,2841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2841
ポリマ－44,2841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.780, 115.110, 188.275
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR, CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47), MEMBER 1, (COLLAGEN BINDING PROTEIN 1) / HSP47


分子量: 44283.680 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HISTAG, FIRST 35 RESIDUES MISSING / 由来: (組換発現) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7C419

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→50 Å / Num. obs: 73293 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 62.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.02
反射 シェル解像度: 2.97→3.15 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.97→48.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9157 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8834 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.331
詳細: REFINEMENT NOTE 1: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 3660 4.99 %RANDOM
Rwork0.1805 ---
obs0.1825 73293 97.45 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4851 Å20 Å29.7595 Å2
2---7.7787 Å20 Å2
3---4.2935 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.381 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20207 0 0 0 20207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0120612HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.227782HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7326SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes453HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2964HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it20612HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.48
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2621SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact22298SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.97→3.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3255 254 4.85 %
Rwork0.2528 4978 -
all0.2563 5232 -
obs--97.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8007-1.0764-0.08111.00290.16830.4578-0.0483-0.08750.07720.07910.0154-0.0242-0.0347-0.12230.0329-0.0320.02940.0062-0.0532-0.0124-0.0695-55.752940.5239240.7978
21.86811.7362-0.58021.853-0.7220.36680.0755-0.196-0.15310.1626-0.1063-0.1009-0.06660.0210.03090.0412-0.0085-0.0544-0.06810.02380.0281-14.679665.0115223.6812
30.9463-0.14080.10691.5-1.2053.0771-0.0065-0.2098-0.03350.15230.05490.08350.1061-0.2099-0.04840.0157-0.0081-0.0102-0.01180.0191-0.0464-72.840964.3892190.9324
42.4694-0.37520.59450.9869-0.57991.60060.2492-0.1488-0.5829-0.0993-0.07570.07910.46850.0917-0.17350.17180.0543-0.0544-0.0620.03860.1252-24.9395110.877250.0893
51.62051.02440.6612.68490.69411.5879-0.105-0.00270.38320.0516-0.01740.1212-0.30090.03030.12240.06620.031-0.0485-0.0813-0.02850.0185-23.903599.0546205.7211
61.3335-0.50490.49741.5352-0.14061.52530.21280.47850.3774-0.3372-0.1565-0.0809-0.12970.2443-0.05630.05590.07880.10570.11810.1391-0.0039-86.459980.4605241.5138
73.3112-0.73780.74891.19890.26782.41630.08460.69950.0779-0.1641-0.0103-0.21830.2110.6236-0.07440.0780.0521-0.0070.1417-0.0028-0.0195-54.828222.8905204.661
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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