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万見
- PDB-4ats: Structure of the ORF273 protein from the Acidianus two-tailed virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ats
タイトルStructure of the ORF273 protein from the Acidianus two-tailed virus
要素STRUCTURAL PROTEIN ORF273
キーワードVIRAL PROTEIN / ARCHAEAL VIRUS / EXTREMOPHILES / BICAUDAVIRUS / HYPER-THERMOSTABILITY
機能・相同性: / Acidianus two-tailed virus, ORF273 protein / virion component / Structural protein ORF273
機能・相同性情報
生物種ACIDIANUS TWO-TAILED VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Felisberto-Rodrigues, C. / Ortiz-Lombardia, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Atv(Orf273), a New Fold for a Thermo-and Acido-Stable Protein from the Acidianus Two-Tailed Virus.
著者: Felisberto-Rodrigues, C. / Blangy, S. / Goulet, A. / Vestergaard, G. / Cambillau, C. / Garrett, R.A. / Ortiz-Lombardia, M.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STRUCTURAL PROTEIN ORF273


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3661
ポリマ－34,3661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.013, 101.013, 52.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 STRUCTURAL PROTEIN ORF273


分子量: 34365.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACIDIANUS TWO-TAILED VIRUS (ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): T7 IQ PLYSS / 参照: UniProt: Q3V4T6
配列の詳細THE PROTEIN INCLUDES AN N-TERMINAL HIS-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PROTEIN AT 5.5 MG/ML IN 20 MM HEPES (PH 7.5) AND 100 MM NACL WAS MIXED TO 5%-15% PEG 8000, 0.2 M MGCL2, 0.1 M TRIS(PH 7-8). CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING-DROP VAPOUR-DIFFUSION METHOD

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.181
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.181 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.85→101.01 Å / Num. obs: 2841 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.02 % / Biso Wilson estimate: 63.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 20.57
反射 シェル解像度: 3.85→3.93 Å / 冗長度: 11.63 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 5.51 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 3.85→46.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8648 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8404 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.95
詳細: RESIDUES 47-57 WERE NOT VISIBLE IN THE MAPS. REFINEMENT NOTE 1: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2926 459 16.28 %RANDOM
Rwork0.2677 ---
obs0.2719 2819 99.02 %-
原子変位パラメータBiso mean: 141.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.5401 Å20 Å20 Å2
2---14.5401 Å20 Å2
3---29.0803 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.379 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.85→46.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1951 0 0 0 1951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092000HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.062714HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d696SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes61HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes281HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2000HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion257SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2181SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.85→4.3 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3212 125 16.25 %
Rwork0.2893 644 -
all0.2947 769 -
obs--99.02 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.2436 Å / Origin y: 8.3855 Å / Origin z: -11.0454 Å
111213212223313233
T0.4588 Å20.124 Å20.02 Å2-0.5186 Å2-0.1562 Å2--0.6079 Å2
L0 °2-0.3493 °2-0.3693 °2-0.1047 °21.3634 °2--1.4815 °2
S0.1244 Å °0.1518 Å °-0.1146 Å °0.3834 Å °0.0702 Å °-0.5853 Å °-0.3124 Å °-0.5903 Å °-0.1946 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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