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万見
- PDB-4as2: Pseudomonas Aeruginosa Phosphorylcholine Phosphatase. Monoclinic form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4as2
タイトルPseudomonas Aeruginosa Phosphorylcholine Phosphatase. Monoclinic form
要素PHOSPHORYLCHOLINE PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / HAD SUPERFAMILY / ALKYLAMMONIUM COMPOUNDS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoethanolamine/phosphocholine phosphatase / periplasmic space / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
de novo design (two linked rop proteins) - #310 / de novo design (two linked rop proteins) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Phosphorylcholine phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Infantes, L. / Otero, L.H. / Albert, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The Structural Domains of Pseudomonas Aeruginosa Phosphorylcholine Phosphatase Cooperate in Substrate Hydrolysis: 3D Structure and Enzymatic Mechanism.
著者: Infantes, L. / Otero, L.H. / Beassoni, P.R. / Boetsch, C. / Lisa, A.T. / Domenech, C.E. / Albert, A.
履歴
登録2012年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22012年10月31日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHORYLCHOLINE PHOSPHATASE
B: PHOSPHORYLCHOLINE PHOSPHATASE
C: PHOSPHORYLCHOLINE PHOSPHATASE
D: PHOSPHORYLCHOLINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,08833
ポリマ－148,5254
非ポリマー3,56329
水14,664814
1
A: PHOSPHORYLCHOLINE PHOSPHATASE
B: PHOSPHORYLCHOLINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,19017
ポリマ－74,2622
非ポリマー1,92715
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-52.5 kcal/mol
Surface area24850 Å2
手法PISA
2
C: PHOSPHORYLCHOLINE PHOSPHATASE
D: PHOSPHORYLCHOLINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,89816
ポリマ－74,2622
非ポリマー1,63614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-47.3 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.006, 156.633, 71.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1337-

IOD

21C-2007-

HOH

31C-2130-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PHOSPHORYLCHOLINE PHOSPHATASE


分子量: 37131.242 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 23-349 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: PET15-PCHP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUS
参照: UniProt: Q9HTR2, phosphoethanolamine/phosphocholine phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 843分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 814 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細22 FIRST AMINO ACIDS ARE THE SIGNAL PEPTIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 % / 解説: NONE
結晶化手法: マイクロバッチ法
詳細: 1UL PROTEIN SOLUTION (10 MG ML-1) WAS MIXED WITH 2UL PRECIPITANT SOLUTION (0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 0.2 M MGCL2, 25% PEG 3350) MICROBATCH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.7117
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7117 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→95.29 Å / Num. obs: 74828 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.12→2.23 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.12→95.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 4.492 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21007 3788 5.1 %RANDOM
Rwork0.15434 ---
obs0.15715 71122 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.139 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å20 Å2-0.72 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→95.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10460 0 133 814 11407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0210828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0051.97514716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.78451304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.9524.24500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.833151804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.991564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1870.21592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0218228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 275 -
Rwork0.2 5167 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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