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- PDB-4aru: Hafnia Alvei phytase in complex with tartrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aru
タイトルHafnia Alvei phytase in complex with tartrate
要素HISTIDINE ACID PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / 6-PHYTASE (4-フィターゼ) / PHOSPHOHYDROLASE / HAPP
機能・相同性
機能・相同性情報


sugar-phosphatase activity / acid phosphatase activity / lysosome organization / 脱リン酸化 / outer membrane-bounded periplasmic space / リソソーム
類似検索 - 分子機能
Histidine acid phosphatases phosphohistidine signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / L(+)-TARTARIC ACID / Histidine acid phosphatase / Histidine acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種HAFNIA ALVEI (ハフニア属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Ariza, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E.B. / Turkenburg, J.P. / Vevodova, J. / Roberts, S. / Vind, J. / Sjoholm, C. / Lassen, S.F. / De Maria, L. ...Ariza, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E.B. / Turkenburg, J.P. / Vevodova, J. / Roberts, S. / Vind, J. / Sjoholm, C. / Lassen, S.F. / De Maria, L. / Glitsoe, V. / Skov, L.K. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Degradation of Phytate by the 6-Phytase from Hafnia Alvei: A Combined Structural and Solution Study.
著者: Ariza, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Turkenburg, J.P. / Waterman, J. / Roberts, S.M. / Vind, J. / Sjoholm, C. / Lassen, S.F. / De Maria, L. / Glitsoe, V. / Skov, L.K. / Wilson, K.S.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTIDINE ACID PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7997
ポリマ－45,3651
非ポリマー4336
水11,962664
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.055, 101.399, 84.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2578-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HISTIDINE ACID PHOSPHATASE / PHYTASE


分子量: 45365.402 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 34-446 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HAFNIA ALVEI (ハフニア属) / 発現宿主: ASPERGILLUS ORYZAE (米麹菌)
参照: UniProt: G9Y2J2, UniProt: H9TUK5*PLUS, 4-フィターゼ

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非ポリマー , 5種, 670分子

#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細EUROPEAN NUCLEOTIDE ARCHIVE JQ394762 LYS12ARG NATURAL SUBSTUTION IN THIS SAMPLE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 7.7MG/ML PROTEIN MIXED WITH MIHS AT 3:1 MOLAR RATIO; CONDITION H2 OF INDEX SCREEN, 0.2M POTASSIUM SODIUM TARTRATE; 20% PEG 3350 PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→54.76 Å / Num. obs: 77478 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 1.09 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ARS

4ars


解像度: 1.45→54.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.132 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18865 3895 5 %RANDOM
Rwork0.1617 ---
obs0.16306 73569 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→54.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3129 0 24 664 3817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193415
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6311.9594695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8253.0027445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9765454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.49624.706153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.02315557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5411518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02782
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.449→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 264 -
Rwork0.289 5423 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7076-0.08540.02620.7736-0.30791.0183-0.0290.0410.0523-0.0061-0.0028-0.0693-0.06360.07440.03190.0062-0.007-0.00180.0160.00020.0103-10.4025-26.96315.1279
21.2467-0.2165-0.00180.9998-0.3940.8709-0.0164-0.089-0.01450.1016-0.00060.06950.001-0.11240.01690.0143-0.00240.00670.0435-0.01730.0133-31.872-37.648616.9181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION1A46 - 136
3X-RAY DIFFRACTION1A265 - 413
4X-RAY DIFFRACTION2A25 - 45
5X-RAY DIFFRACTION2A137 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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