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- PDB-4dxk: Crystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup, tar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dxk
タイトルCrystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup, target EFI-502086) from Agrobacterium tumefaciens, with a succinimide residue, na and phosphate
要素Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein
キーワードISOMERASE / Enolase / mandelate racemase subgroup / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics / alpha-beta-8-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Bouvier, J.T. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. ...Vetting, M.W. / Bouvier, J.T. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup, target EFI-502086) from Agrobacterium tumefaciens, with a succinimide residue, na and phosphate
著者: Vetting, M.W. / Bouvier, J.T. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2012年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ref
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1943
ポリマ－44,0761
非ポリマー1182
水7,026390
1
A: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,55324
ポリマ－352,6108
非ポリマー94416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area41670 Å2
ΔGint-218 kcal/mol
Surface area84800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.540, 111.540, 130.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

21A-602-

HOH

31A-757-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein


分子量: 44076.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / 遺伝子: Atu0270 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7D1T6, EC: 5.1.2.-
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 319 AND 320 STARTED OUT AS ASP AND CYS. THE SIDECHAIN OF ASP ATTACKS THE AMIDE OF CYS TO ...RESIDUES 319 AND 320 STARTED OUT AS ASP AND CYS. THE SIDECHAIN OF ASP ATTACKS THE AMIDE OF CYS TO FORM A SUCCINIMIDE RESIDUE SNN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 4
詳細: Protein (10 mM Tris, pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM Mg; Reservoir (0.2 M NaCl, 0.1 M NaPO4, Citrate acid pH 4.2, 10% PEG3000); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol and 50 mM MgCl), sitting ...詳細: Protein (10 mM Tris, pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM Mg; Reservoir (0.2 M NaCl, 0.1 M NaPO4, Citrate acid pH 4.2, 10% PEG3000); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol and 50 mM MgCl), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→40 Å / Num. all: 112825 / Num. obs: 112825 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.25-1.320.8983.11100
1.32-1.40.6384.51100
1.4-1.490.4186.6199.99
1.49-1.610.26310199.99
1.61-1.770.16913.6199.99
1.77-1.980.12118.5199.99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2POD

2pod


解像度: 1.25→20.457 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.9232 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1687 5653 5.01 %RANDOM
Rwork0.1541 ---
obs0.1549 112823 99.97 %-
all-112823 --
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.202 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 57.95 Å2 / Biso mean: 16.2739 Å2 / Biso min: 6.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→20.457 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2833 0 6 390 3229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1584326
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006564
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0791173
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.25-1.26420.30381990.298535413740100
1.2642-1.27910.26971600.272135593719100
1.2791-1.29470.25311840.254935123696100
1.2947-1.31110.23931900.233835453735100
1.3111-1.32830.24521920.218335423734100
1.3283-1.34650.2111900.201135333723100
1.3465-1.36570.20941750.190135473722100
1.3657-1.38610.20131700.183435413711100
1.3861-1.40780.1811920.17135353727100
1.4078-1.43090.17711810.162535333714100
1.4309-1.45550.15391970.151635583755100
1.4555-1.4820.15261840.14435513735100
1.482-1.51050.1291780.142435393717100
1.5105-1.54130.15471920.13935463738100
1.5413-1.57480.13421900.13335713761100
1.5748-1.61140.1461700.137535533723100
1.6114-1.65170.13741820.134235983780100
1.6517-1.69630.15931900.134835393729100
1.6963-1.74620.15551710.140435783749100
1.7462-1.80260.16421710.139435683739100
1.8026-1.86690.1712060.145235683774100
1.8669-1.94160.14662030.141635573760100
1.9416-2.02990.15921540.145236073761100
2.0299-2.13680.15482230.142635713794100
2.1368-2.27060.15071980.139435863784100
2.2706-2.44560.1692000.146535883788100
2.4456-2.69120.15372120.153135933805100
2.6912-3.07950.17092050.152336303835100
3.0795-3.87550.16351880.146136743862100
3.8755-20.45970.18312060.15583807401399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6645-0.5866-1.26311.04850.79021.91620.008-0.0802-0.12020.0492-0.00980.10560.0794-0.06180.04960.0971-0.01170.01070.08450.01190.127632.31112.65583.8849
20.4362-0.0470.03610.3389-0.00990.23750.0015-0.0103-0.06210.004-0.00080.02850.0229-0.012-00.0847-0.0020.00620.06620.00460.094942.13418.90772.5106
30.3124-0.31330.07130.4636-0.0220.1734-0.0966-0.2281-0.11960.2780.09460.2660.05970.0088-0.04250.21140.03890.04050.19520.04280.08440.133538.53130.6788
40.1752-0.0396-0.01260.33220.03340.1519-0.0169-0.031-0.02770.02460.01270.0003-0.0240.0017-0.00350.09310.0029-0.00190.0860.00760.07246.471636.300512.8606
50.97820.93260.23950.97420.18910.07520.0853-0.2939-0.05450.2436-0.06790.16010.0823-0.20470.01420.1695-0.02010.04160.21670.05220.160943.013319.5120.2487
60.6528-0.0060.12780.3940.01240.28030.0395-0.1844-0.22080.10430.00030.09520.1093-0.1332-0.02360.1377-0.0150.01630.12430.03680.145837.596810.159312.4229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:24)A1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 25:155)A25 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 156:210)A156 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 211:335)A211 - 335
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 336:356)A336 - 356
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 357:400)A357 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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