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万見
- PDB-4arr: Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4arr
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor with the magic triangle I3C
要素TOLL RECEPTOR, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 CHIMERA
キーワードIMMUNE SYSTEM / CYTOKINE RECEPTOR / EMBRYONIC DEVELOPMENT / INNATE IMMUNITY / LEUCINE-RICH REPEAT / LRR HYBRID TECHNOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to oomycetes / positive regulation of hemocyte proliferation / regulation of embryonic pattern specification / Toll Like Receptor 10 (TLR10) Cascade / response to tumor cell / Formation of the trans-membrane 'signalling complex' / Adaptor protein complex binds to TL receptor at the plasma membrane / synaptic target inhibition / DL and DIF homodimers bind to TUB and phosphorylated PLL in the TL receptor 'signalling complex' / DL and DIF homodimers complexed with CACT are all phosphorylated in the TL receptor 'signalling complex' ...defense response to oomycetes / positive regulation of hemocyte proliferation / regulation of embryonic pattern specification / Toll Like Receptor 10 (TLR10) Cascade / response to tumor cell / Formation of the trans-membrane 'signalling complex' / Adaptor protein complex binds to TL receptor at the plasma membrane / synaptic target inhibition / DL and DIF homodimers bind to TUB and phosphorylated PLL in the TL receptor 'signalling complex' / DL and DIF homodimers complexed with CACT are all phosphorylated in the TL receptor 'signalling complex' / Activated PLL kinase is autophosphorylated in the TL receptor 'signalling complex' / Phosphorylated CACT, DL and DIF homodimers dissociate from the TL receptor 'signalling complex' / PLL kinase binds to TUB in the TL receptor 'signalling complex' / positive regulation of antifungal peptide production / TIR domain binding / cell competition in a multicellular organism / larval somatic muscle development / positive regulation of antimicrobial peptide production / antifungal innate immune response / Neutrophil degranulation / dorsal/ventral axis specification / Toll signaling pathway / detection of virus / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / virion binding / cytokine receptor activity / negative regulation of multicellular organism growth / cytokine binding / cleavage furrow / synapse assembly / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of cell growth / response to wounding / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / heart development / early endosome / defense response to Gram-positive bacterium / cell adhesion / external side of plasma membrane / innate immune response / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leucine rich repeat C-terminal domain / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / BspA type Leucine rich repeat region / : / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain ...Leucine rich repeat C-terminal domain / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / BspA type Leucine rich repeat region / : / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I3C / Protein toll / Variable lymphocyte receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
EPTATRETUS BURGERI (ヌタウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gangloff, M. / Gay, N.J.
引用ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: Liesegang-Like Patterns of Toll Crystals Grown in Gel.
著者: Gangloff, M. / Moreno, A. / Gay, N.J.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOLL RECEPTOR, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 CHIMERA
B: TOLL RECEPTOR, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 CHIMERA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6977
ポリマ－63,9162
非ポリマー1,7815
水00
1
A: TOLL RECEPTOR, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 CHIMERA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9594
ポリマ－31,9581
非ポリマー1,0013
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TOLL RECEPTOR, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 CHIMERA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7383
ポリマ－31,9581
非ポリマー7802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.643, 87.643, 220.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 TOLL RECEPTOR, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 CHIMERA / TOLL / VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B


分子量: 31957.838 Da / 分子数: 2
断片: TOLL RECEPTOR (UNP RESIDUES 28-228), VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 (UNP RESIDUES 133-201)
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CHIMERIC PROTEIN
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ), (組換発現) EPTATRETUS BURGERI (ヌタウナギ)
プラスミド: PFASTBAC-1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08953, UniProt: Q4G1L2
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
Has protein modificationY
配列の詳細VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 (GENBANK AAZ16361)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.86 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: SODIUM MALONATE AND 5-AMINO-2,4, 6-TRIIODOISOPHTHALIC ACID, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.7712
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47.4 Å / Num. obs: 31669 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 79.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3→46.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8391 / SU R Cruickshank DPI: 2.408 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.375 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.375
詳細: RESIDUES 300-304 ARE DISORDERED. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2539 918 5.1 %RANDOM
Rwork0.2242 ---
obs0.2257 17997 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.649 Å20 Å20 Å2
2---4.649 Å20 Å2
3---9.2979 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.467 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4340 0 74 0 4414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0074513HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.936114HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2157SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes114HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes667HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4513HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion607SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4999SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.18 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2802 166 5.86 %
Rwork0.254 2666 -
all0.2556 2832 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

T33: -0.304 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9744-0.86950.05170.73640.14781.1905-0.04090.21760.01990.0020.016-0.0402-0.1176-0.16490.0249-0.1729-0.06920.0197-0.22320.027-36.723-4.86014.8004
21.469-1.88890.14474.5826-0.70380.926-0.00980.1601-0.03290.0413-0.1223-0.0506-0.19290.16620.1321-0.2527-0.0341-0.0085-0.14930.0096-44.3195-10.652230.6402
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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