PDB-4arq: Structure of the pesticin S89C, S285C double mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4arq

タイトル

Structure of the pesticin S89C, S285C double mutant

要素

(PESTICIN) x 2

キーワード

HYDROLASE / MURAMIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

YERSINIA PESTIS (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Zeth, K. / Patzer, S.I. / Albrecht, R. / Braun, V.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
著者: Patzer, S.I. / Albrecht, R. / Braun, V. / Zeth, K.

履歴

登録	2012年4月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月30日	Group: Other
改定 1.2	2012年7月18日	Group: Other
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4arq.cif.gz	281 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4arq.ent.gz	230.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4arq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4arq_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4arq_full_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示
XML形式データ	4arq_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	4arq_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aqnSC 4arjC 4arlC 4armC 4arpC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4arp-2 4arm-1 4arl-1 2vv8-d 6tj6-d 6i3d-d 6tj7-d 2pa3-d 4arp-1 2ig2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PESTICIN

B: PESTICIN

ヘテロ分子

80.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PESTICIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PESTICIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.964, 86.118, 122.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PESTICIN 分子量: 40122.043 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / プラスミド: T7, PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57159
#2: タンパク質	PESTICIN 分子量: 40123.027 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / プラスミド: T7, PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57159
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 89 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 285 TO CYS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 89 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 285 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 89 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 285 TO CYS
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.32 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 25% PEG8000, 0.2M MGCL2, 0.1M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→36 Å / Num. obs: 22615 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 97.8 % / R_merge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AQN

4aqn

解像度: 2.6→36.521 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 29.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2578	2132	5 %
R_work	0.2267	-	-
obs	0.2283	42460	95.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.444 Å² / k_sol: 0.287 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.4723 Å²	0 Å²	6.1752 Å²
2-	-	1.2652 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.7375 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→36.521 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5406	0	1	115	5522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.463	7431
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.607	2064
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	819
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	972

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6605	0.3711	138	0.3283	2668	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6605-2.727	0.3772	140	0.3124	2687	X-RAY DIFFRACTION	95
2.727-2.8007	0.3335	144	0.3051	2679	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8007-2.8831	0.3136	140	0.3013	2657	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8831-2.9761	0.314	147	0.2894	2737	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9761-3.0824	0.3439	137	0.2735	2669	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0824-3.2058	0.3231	145	0.2781	2714	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2058-3.3516	0.3268	143	0.2666	2676	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3516-3.5282	0.3072	144	0.2489	2715	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5282-3.749	0.2594	139	0.2402	2698	X-RAY DIFFRACTION	95
3.749-4.0381	0.2285	146	0.1992	2685	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0381-4.4439	0.2158	137	0.1819	2669	X-RAY DIFFRACTION	94
4.4439-5.0854	0.2229	146	0.17	2666	X-RAY DIFFRACTION	94
5.0854-6.4015	0.2295	140	0.2029	2677	X-RAY DIFFRACTION	96
6.4015-36.525	0.1641	146	0.1771	2731	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7923	0.1431	-0.4892	0.8054	-0.1466	1.2365	0.1275	1.1545	-0.0486	-0.5252	0.1695	0.0721	0.2187	-0.1964	0.6306	0.1438	-0.0457	-0.0236	0.5192	-0.3809	-0.7503	22.8267	6.8661	-39.3171
2	1.8574	0.7266	-0.452	2.6457	-0.0808	0.5285	0.3933	-0.6995	0.2993	1.2361	-0.1895	0.6172	-0.1768	0.0465	0.1612	0.322	-0.0706	0.1899	-0.0736	-0.0779	0.0045	5.1317	-4.8461	-8.8352
3	0.4248	-0.0549	-0.1907	0.3216	-0.1217	1.4051	-0.0657	-0.439	0.0778	0.2855	-0.093	0.0801	0.1096	-0.5985	-0.378	0.9015	-0.2002	0.1936	1.4505	-0.1056	0.2504	-19.418	8.6732	50.1846
4	0.4833	0.0831	-0.4096	0.4789	0.1772	1.5772	-0.2763	0.0178	-0.3019	-0.0793	-0.1349	-0.2553	1.0745	-0.0185	-0.0778	0.8016	-0.021	0.2734	0.2575	-0.0785	0.1013	-1.9712	-3.8857	20.6779

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 13:164)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 165:357)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESSEQ 13:152)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 153:357)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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