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- PDB-4aqh: Plasminogen activator inhibitor type-1 in complex with the inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aqh
タイトルPlasminogen activator inhibitor type-1 in complex with the inhibitor AZ3976
要素PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR 1
キーワードHYDOLASE INHIBITOR / LATENT FORM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / peptidase inhibitor complex / positive regulation of coagulation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of wound healing ...positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / peptidase inhibitor complex / positive regulation of coagulation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of plasminogen activation / regulation of signaling receptor activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / Dissolution of Fibrin Clot / replicative senescence / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / ECM proteoglycans / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of cell migration / platelet alpha granule lumen / positive regulation of interleukin-8 production / serine-type endopeptidase inhibitor activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / Platelet degranulation / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / : / defense response to Gram-negative bacterium / angiogenesis / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TB7 / Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fjellstrom, O. / Deinum, J. / Sjogren, T. / Johansson, C. / Geschwindner, S. / Nerme, V. / Legnehed, A. / McPheat, J. / Olsson, K. / Bodin, C. / Gustafsson, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Characterization of a Small Molecule Inhibitor of Plasminogen Activator Inhibitor Type 1 that Accelerates the Transition Into the Latent Conformation
著者: Fjellstrom, O. / Deinum, J. / Sjogren, T. / Johansson, C. / Geschwindner, S. / Nerme, V. / Legnehed, A. / Mcpheat, J. / Olsson, K. / Bodin, C. / Panuovic, A. / Gustafsson, D.
履歴
登録2012年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22013年1月30日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR 1
B: PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR 1
C: PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,6506
ポリマ－129,6983
非ポリマー9523
水4,396244
1
A: PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5502
ポリマ－43,2331
非ポリマー3171
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5502
ポリマ－43,2331
非ポリマー3171
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5502
ポリマ－43,2331
非ポリマー3171
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.399, 119.399, 99.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR 1 / PAI / PAI-1 / ENDOTHELIAL PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR / SERPIN E1


分子量: 43232.543 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05121
#2: 化合物 ChemComp-TB7 / TERT-BUTYL 3-[(4-OXO-3H-PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-2-YL)AMINO]AZETIDINE-1-CARBOXYLATE


分子量: 317.343 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H19N5O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST FOUR RESIDUES ARE DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PAI-1 WAS CONCENTRATED TO ABOUT 4 G/L IN A BUFFER CONTAINING 10 MM SODIUM ACETATE PH 5.6, 150 MM SODIUM CHLORIDE AND 1 MM EDTA. AZ3976 WAS DISSOLVED IN DEUTERATED DMSO AND ADDED TO THE ...詳細: PAI-1 WAS CONCENTRATED TO ABOUT 4 G/L IN A BUFFER CONTAINING 10 MM SODIUM ACETATE PH 5.6, 150 MM SODIUM CHLORIDE AND 1 MM EDTA. AZ3976 WAS DISSOLVED IN DEUTERATED DMSO AND ADDED TO THE PROTEIN SAMPLE TO A FINAL CONCENTRATION OF 0.3 MM. CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE: 2.5 UL PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1 UL OF A WELL SOLUTION CONTAINING 2.0 M SODIUM CHLORIDE, 100 MM BIS-TRIS PH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.655
11K, H, -L20.345
反射解像度: 2.4→49.9 Å / Num. obs: 62179 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DVN

1dvn


解像度: 2.4→60.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 7.809 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18138 3163 5.2 %RANDOM
Rwork0.15743 ---
obs0.15867 58169 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.905 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.45 Å20 Å20 Å2
2--4.45 Å20 Å2
3----8.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→60.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9115 0 69 244 9428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0229415
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4851.95912779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.46451144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.19823.83423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.641151599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.411554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8261.55737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56429323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.35833678
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7934.53450
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 236 -
Rwork0.21 4052 -
obs--93.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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