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万見
- PDB-4aqb: MBL-Ficolin Associated Protein-1, MAP-1 aka MAP44 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aqb
タイトルMBL-Ficolin Associated Protein-1, MAP-1 aka MAP44
要素MANNAN-BINDING LECTIN SERINE PROTEASE 1
キーワードBLOOD CLOTTING / MANNAN-BINDING PROTEIN / COMPLEMENT / FICOLINS / LECTIN COMPLEMENT PATHWAY / MANNOSE- BINDING LECTIN / MBL/FICOLIN ASSOCIATED PROTEIN-1 / MBL/FICOLIN ASSOCIATED SERINE PROTEASES / MAP1 / MAP44
機能・相同性
機能・相同性情報


Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / negative regulation of complement activation / complement activation, lectin pathway / Scavenging by Class A Receptors / Initial triggering of complement / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / calcium-dependent protein binding / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity ...Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / negative regulation of complement activation / complement activation, lectin pathway / Scavenging by Class A Receptors / Initial triggering of complement / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / calcium-dependent protein binding / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. ...Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannan-binding lectin serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Skjoedt, M.O. / Roversi, P. / Hummelshoj, T. / Palarasah, Y. / Johnson, S. / Lea, S.M. / Garred, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure and Functional Characterization of the Complement Regulator Mannose-Binding Lectin (Mbl)/Ficolin-Associated Protein-1 (Map-1).
著者: Skjoedt, M.O. / Roversi, P. / Hummelshoj, T. / Palarasah, Y. / Rosbjerg, A. / Johnson, S. / Lea, S.M. / Garred, P.
履歴
登録2012年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MANNAN-BINDING LECTIN SERINE PROTEASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3619
ポリマ－41,4611
非ポリマー1,9008
水905
1
A: MANNAN-BINDING LECTIN SERINE PROTEASE 1
ヘテロ分子

A: MANNAN-BINDING LECTIN SERINE PROTEASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,72218
ポリマ－82,9222
非ポリマー3,80016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-43.4 kcal/mol
Surface area40610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.150, 94.150, 242.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 MANNAN-BINDING LECTIN SERINE PROTEASE 1 / MBL-FICOLIN ASSOCIATED PROTEIN-1 / COMPLEMENT FACTOR MASP-3 / COMPLEMENT-ACTIVATING COMPONENT OF RA- ...MBL-FICOLIN ASSOCIATED PROTEIN-1 / COMPLEMENT FACTOR MASP-3 / COMPLEMENT-ACTIVATING COMPONENT OF RA-REACTIVE FACTOR / MANNOSE-BINDING LECTIN-ASSOCIATED SERINE PROTEASE 1 / MASP-1 / MANNOSE-BINDING PROTEIN-ASSOCIATED SERINE PROTEASE / RA-REACTIVE FACTOR SERINE PROTEASE P100 / RARF / SERINE PROTEASE 5 / MANNAN-BINDING LECTIN SERINE PROTEASE 1 HEAVY CHAIN


分子量: 41460.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: PLASMA / 細胞株 (発現宿主): CHO DG44
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P48740
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細NO SIGNAL PEPTIDE RESIDUES 1-19 ISOFORM 3 OF MASP-1, AKA MAP-1, AKA MAP44

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.1 %
解説: DATA ANISOTROPICALLY TRUNCATED AND B-SHARPENED WITH A B=-5.85 AT THE UCLA SERVER HTTP SERVICES.MBI.UCLA.EDU ANISOSCALE ANISOSCALE_XDS
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 40% W/V PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→58.4 Å / Num. obs: 7844 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.64 % / Biso Wilson estimate: 129.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 4.2→4.36 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3DEM AND 3GOV

3dem

3gov


解像度: 4.2→58.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8191 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.797
詳細: TLS REFINEMENT AND SECONDARY INITIAL COORDINATES FROM MOLECULAR REPLACEMENT. SECONDARY STRUCTURE RESTRAINTS TO THE INITIAL COORDINATES FROM MOLECULAR REPLACEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3006 360 4.59 %RANDOM
Rwork0.2786 ---
obs0.2797 7843 91.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 145.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.7443 Å20 Å20 Å2
2--8.7443 Å20 Å2
3----17.4885 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.502 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→58.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2774 0 117 5 2896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0062999HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.024073HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1049SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes86HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes422HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2999HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.28
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion410SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance23HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3182SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.7 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2617 89 4.46 %
Rwork0.2675 1908 -
all0.2672 1997 -
obs--91.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6274-1.4636-2.00466.92681.56887.72960.0749-0.535-0.056-0.3367-0.31830.5442-0.0866-0.5320.2435-0.2853-0.1520.03750.2851-0.152-0.2055-22.19811.84959.9228
22.63140.05482.91040-1.3433.2180.05870.19710.37890.5442-0.0249-0.295-0.2757-0.109-0.0338-0.0444-0.0984-0.06040.3040.1520.060514.61161.010511.899
38.31540.95541.56386.1439-2.90652.17750.00520.04430.5442-0.0050.0005-0.0840.15-0.1388-0.00570.2393-0.152-0.152-0.02460.0961-0.265338.38165.309928.6848
43.68720.9471.40683.4684-0.47270.55-0.03540.0541-0.1982-0.3990.18170.22310.11-0.0433-0.14630.2897-0.1488-0.1520.246-0.1476-0.303978.838210.507130.5146
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 22-138, 702 AND 649-653)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 139-183, 678-681, 701)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 184-298, 703)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 299-366)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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