PDB-4apt: The structure of the AXH domain of ataxin-1.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4apt

タイトル

The structure of the AXH domain of ataxin-1.

要素

ATAXIN-1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING / OB-FOLD / HIGH MOBILITY GROUP HOMOLOGY / HMG / DIMERIZATION

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(G) binding / nuclear inclusion body / nuclear export / poly(U) RNA binding / social behavior / RNA processing / learning / brain development / memory / nuclear matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Rees, M. / Chen, Y.W. / de Chiara, C. / Pastore, A.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2013
タイトル: Self-Assembly and Conformational Heterogeneity of the Axh Domain of Ataxin-1: An Unusual Example of a Chameleon Fold
著者: De Chiara, C. / Rees, M. / Menon, R.P. / Pauwels, K. / Lawrence, C. / Konarev, P.V. / Svergun, D.I. / Martin, S.R. / Chen, Y.W. / Pastore, A.

履歴

登録	2012年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月17日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4apt.cif.gz	208.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4apt.ent.gz	168.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4apt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4apt_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4apt_full_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示
XML形式データ	4apt_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	4apt_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/4apt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/4apt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aqpC 1oa8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4aqp-1 5ysq-2 6dkt-4 4aqp-2 6dkt-6 4lxg-d 6dkt-5 2i62-3 4jkj-1 2wug-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATAXIN-1

B: ATAXIN-1

C: ATAXIN-1

D: ATAXIN-1

ヘテロ分子

55.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATAXIN-1

B: ATAXIN-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ATAXIN-1

D: ATAXIN-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.470, 80.830, 139.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.87059, 0.4918, -0.01444), (-0.4805, 0.85615, 0.19006), (0.10584, -0.15852, 0.98167)	-4.3322, -45.81432, 2.33582
2	given	(0.88092, 0.47311, -0.01223), (-0.46507, 0.87016, 0.16288), (0.08771, -0.1378, 0.98657)	-4.24793, -45.32272, 1.57996

#1: タンパク質	ATAXIN-1 / SPINOCEREBELLAR ATAXIA TYPE 1 PROTEIN 分子量: 13776.670 Da / 分子数: 4 / 断片: AXH DOMAIN, RESIDUES 566-688 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETM30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P54253
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.3 % 解説: DATA WERE MODIFIED AT THE UCLA DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER WITH TRUNCATION ALONG D1, D2, D3 BEING 2. 90,2.50,2.50 ANGSTROMS. ALL VALUES REPORTED ARE AFTER CORRECTION, EXCEPT FOR R-MERGE AND ...解説: DATA WERE MODIFIED AT THE UCLA DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER WITH TRUNCATION ALONG D1, D2, D3 BEING 2. 90,2.50,2.50 ANGSTROMS. ALL VALUES REPORTED ARE AFTER CORRECTION, EXCEPT FOR R-MERGE AND DATA REDUNDANCY WHICH ARE FOR UNCORRECTED DATA.
結晶化	詳細: PROTEIN SAMPLES AT 20 MG/ML CRYSTALLISED IN 0.4 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE AT ROOM TEMPERATURE.

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
解説: DATA WERE MODIFIED AT THE UCLA DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER WITH TRUNCATION ALONG D1, D2, D3 BEING 2. 90,2.50,2.50 ANGSTROMS. ALL VALUES REPORTED ARE AFTER CORRECTION, EXCEPT FOR R-MERGE AND ...

結晶化

詳細: PROTEIN SAMPLES AT 20 MG/ML CRYSTALLISED IN 0.4 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE AT ROOM TEMPERATURE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40.4 Å / Num. obs: 14350 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 42.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 35.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OA8

1oa8

解像度: 2.5→40.406 Å / SU ML: 0.88 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.48 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THERE ARE 4 CHEMICALLY IDENTICAL PROTEIN MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT. CHAINS A AND B CONSTITUTE A GLOBULAR DIMER, C & D FORM ANOTHER. CHAINS A AND B ARE STRUCTURALLY SLIGHTLY DIFFERENT, ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2882	729	5.1 %
R_work	0.2358	-	-
obs	0.2385	14346	84.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.866 Å² / k_sol: 0.345 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.3005 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.5678 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.7327 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.406 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3835	0	1	45	3881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3918
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.764	5316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.903	1443
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	615
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	687

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.693	0.363	75	0.3249	1359	X-RAY DIFFRACTION	43
2.693-2.9639	0.3894	142	0.3259	2662	X-RAY DIFFRACTION	84
2.9639-3.3926	0.3361	166	0.2779	3066	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3926-4.2736	0.273	168	0.2157	3202	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2736-40.4112	0.2422	178	0.1987	3328	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3602	0.358	0.0199	5.6767	0.7679	4.4132	-0.0003	0.3886	-0.3641	0.8587	-0.157	-0.4	-0.0991	-0.3592	0.2048	0.3291	-0.0754	0.002	0.3052	0.0266	0.2754	-4.0755	0.7507	22.4878
2	3.0137	0.0535	-1.9614	4.9196	0.3473	8.8483	-0.5301	0.9663	-0.1396	-0.6705	0.5873	0.6043	0.4286	-1.874	0.1609	0.7265	-0.1496	0.1649	0.9788	0.0763	0.2222	-6.1461	2.3282	1.1698
3	3.2033	-0.1155	-2.1375	5.9877	-1.8087	6.7625	0.1705	0.2368	-0.2922	-0.4757	-0.2754	-0.3152	0.1235	-0.0787	0.2216	0.1622	0.0583	0.0536	0.2014	0.0511	0.2305	-0.0738	4.2865	11.617
4	1.6497	-1.4572	-0.8015	4.0228	-0.9127	4.2622	0.153	0.3829	0.4254	0.2031	-0.1848	0.0473	-0.7456	-0.8596	0.1528	0.4136	0.0778	-0.0738	0.5023	0.0033	0.2278	-10.5394	14.6366	19.6072
5	4.283	-0.1145	1.9883	2.9452	1.3041	2.7442	0.0262	0.2804	0.2847	-0.3622	-0.2264	0.6537	-0.6444	-1.5561	-0.1008	0.4431	0.2075	-0.0554	0.7636	-0.017	0.4152	-16.7187	14.6901	17.8701
6	1.0645	-0.2243	0.5701	1.1826	0.3178	5.5463	0.2011	0.1909	-0.1128	0.5897	-0.1543	-0.1746	-0.3854	0.3031	-0.5949	0.8391	0.0745	-0.282	0.2795	-0.2144	0.1633	-3.5928	-35.2577	24.0456
7	5.8781	2.0313	-1.3128	4.5112	-0.0051	7.4303	0.8999	0.6147	0.3711	-0.2937	0.2712	0.8598	-0.1745	-0.1594	0.5096	0.8597	0.1741	-0.1057	0.305	0.0188	0.3678	-10.7237	-42.1954	15.7135
8	3.365	0.2887	2.1597	3.3315	0.8175	7.9266	0.0917	0.9712	0.08	-0.5644	-0.1055	-0.1015	0.508	1.5793	-0.0058	0.5074	0.093	-0.0965	0.6412	-0.0441	0.2116	-4.5353	-40.5514	11.5234
9	1.7655	-1.377	-0.0785	4.2514	0.294	4.6998	-0.0491	0.2441	0.3238	0.2838	-0.0874	-0.4576	0.091	0.4895	0.2219	0.6656	0.0419	-0.1931	0.3851	0.0145	0.2927	-2.9058	-25.6776	23.3409
10	5.6357	0.7986	1.3175	6.9738	-0.0277	7.8131	-0.0467	0.5023	-0.1685	-0.6996	0.2199	0.2396	0.2145	-0.2937	-0.1207	0.4921	-0.0333	-0.0615	0.1622	-0.0257	0.2749	-13.4426	-21.8342	13.4278
11	1.4286	0.2365	-0.6161	7.6558	-8.5017	9.5263	-0.9957	0.3072	-0.2924	0.0868	0.1744	-1.6533	1.5236	1.5277	-0.201	0.694	-0.122	0.2125	0.9286	-0.4016	0.771	2.7277	-23.0125	12.8592

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN C AND (RESSEQ 565:616)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN C AND (RESSEQ 617:639)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND (RESSEQ 640:689)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D AND (RESSEQ 565:632)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN D AND (RESSEQ 633:688)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 565:595)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 596:625)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 626:689)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 565:607)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 608:683)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 684:689)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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