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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4apt | ||||||
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Title | The structure of the AXH domain of ataxin-1. | ||||||
![]() | ATAXIN-1 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING / OB-FOLD / HIGH MOBILITY GROUP HOMOLOGY / HMG / DIMERIZATION | ||||||
Function / homology | ![]() poly(G) binding / nuclear inclusion body / nuclear export / poly(U) RNA binding / social behavior / RNA processing / learning / brain development / memory / nuclear matrix ...poly(G) binding / nuclear inclusion body / nuclear export / poly(U) RNA binding / social behavior / RNA processing / learning / brain development / memory / nuclear matrix / nervous system development / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rees, M. / Chen, Y.W. / de Chiara, C. / Pastore, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Self-Assembly and Conformational Heterogeneity of the Axh Domain of Ataxin-1: An Unusual Example of a Chameleon Fold Authors: De Chiara, C. / Rees, M. / Menon, R.P. / Pauwels, K. / Lawrence, C. / Konarev, P.V. / Svergun, D.I. / Martin, S.R. / Chen, Y.W. / Pastore, A. #1: ![]() Title: The Structure of the Axh Domain of Spinocerebellar Ataxin-1. Authors: Chen, Y.W. / Allen, M.D. / Veprintsev, D.B. / Lowe, J. / Bycroft, M. #2: Journal: FEBS Lett. / Year: 2003 Title: The Axh Module: An Independently Folded Domain Common to Ataxin-1 and Hbp1. Authors: De Chiara, C. / Giannini, C. / Adinolfi, S. / De Boer, J. / Guida, S. / Ramos, A. / Jodice, C. / Kioussis, D. / Pastore, A. #3: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2005 Title: Polyglutamine is not All: The Functional Role of the Axh Domain in the Ataxin-1 Protein. Authors: De Chiara, C. / Menon, R.P. / Dal Piaz, F. / Calder, L. / Pastore, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 208.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 168.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4aqpC ![]() 1oa8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 13776.670 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: AXH DOMAIN, RESIDUES 566-688 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-NA / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.3 % Description: DATA WERE MODIFIED AT THE UCLA DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER WITH TRUNCATION ALONG D1, D2, D3 BEING 2. 90,2.50,2.50 ANGSTROMS. ALL VALUES REPORTED ARE AFTER CORRECTION, EXCEPT FOR R- ...Description: DATA WERE MODIFIED AT THE UCLA DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER WITH TRUNCATION ALONG D1, D2, D3 BEING 2. 90,2.50,2.50 ANGSTROMS. ALL VALUES REPORTED ARE AFTER CORRECTION, EXCEPT FOR R-MERGE AND DATA REDUNDANCY WHICH ARE FOR UNCORRECTED DATA. |
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Crystal grow | Details: PROTEIN SAMPLES AT 20 MG/ML CRYSTALLISED IN 0.4 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE AT ROOM TEMPERATURE. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Dec 7, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→40.4 Å / Num. obs: 14350 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 42.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.64 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 35.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1OA8 Resolution: 2.5→40.406 Å / SU ML: 0.88 / σ(F): 0 / Phase error: 30.48 / Stereochemistry target values: ML Details: THERE ARE 4 CHEMICALLY IDENTICAL PROTEIN MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT. CHAINS A AND B CONSTITUTE A GLOBULAR DIMER, C & D FORM ANOTHER. CHAINS A AND B ARE STRUCTURALLY SLIGHTLY DIFFERENT, ...Details: THERE ARE 4 CHEMICALLY IDENTICAL PROTEIN MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT. CHAINS A AND B CONSTITUTE A GLOBULAR DIMER, C & D FORM ANOTHER. CHAINS A AND B ARE STRUCTURALLY SLIGHTLY DIFFERENT, LIKEWISE FOR C & D CHAINS. A AND C ARE MORE ALIKE AND SO ARE CHAINS B & D. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.6 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.866 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→40.406 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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