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- PDB-4apb: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis fumarase (Rv1098c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4apb
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis fumarase (Rv1098c) S318C in complex with fumarate
要素FUMARATE HYDRATASE CLASS II
キーワードHYDROLASE / METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


tricarboxylic acid cycle heteromeric enzyme complex / fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) ...Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FUMARIC ACID / Fumarate hydratase class II / Fumarate hydratase class II
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Bellinzoni, M. / Haouz, A. / Mechaly, A.E. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2012
タイトル: Conformational Changes Upon Ligand Binding in the Essential Class II Fumarase Rv1098C from Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Mechaly, A.E. / Haouz, A. / Miras, I. / Barilone, N. / Weber, P. / Shepard, W. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.
履歴
登録2012年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Other
改定 1.22012年7月18日Group: Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FUMARATE HYDRATASE CLASS II
B: FUMARATE HYDRATASE CLASS II
C: FUMARATE HYDRATASE CLASS II
D: FUMARATE HYDRATASE CLASS II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,11911
ポリマ－200,5354
非ポリマー5857
水29,9231661
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33500 Å2
ΔGint-204.7 kcal/mol
Surface area51430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.997, 98.736, 188.171
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.1987, 0.044, -0.9791), (0.0431, -0.9976, -0.0536), (-0.9791, -0.0528, 0.1963)15.5138, -5.992, 12.5082
2given(-0.5515, 0.7327, 0.3988), (0.7314, 0.1948, 0.6536), (0.4011, 0.6521, -0.6433)55.8111, -9.8194, -44.7595
3given(-0.2518, -0.7748, 0.5799), (-0.7767, -0.1957, -0.5987), (0.5774, -0.6012, -0.5525)47.92, 8.6731, -50.4362

-
要素

#1: タンパク質
FUMARATE HYDRATASE CLASS II / FUMARASE C


分子量: 50133.723 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: O53446, UniProt: P9WN93*PLUS, fumarate hydratase
#2: 化合物
ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 318 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 318 TO CYS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 318 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 318 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, SER 318 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, SER 318 TO CYS
配列の詳細N-TER GLY IS A PURIFICATION TAG LEFTOVER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M CACL2, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97895
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月18日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→49.37 Å / Num. obs: 134846 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ADM

4adm


解像度: 1.94→49.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9468 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.139 / SU Rfree Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.114
詳細: REFINEMENT NOTE 1: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=15226. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ...詳細: REFINEMENT NOTE 1: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=15226. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=3. NUMBER OF LSSR (-AUTONCS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1745 6769 5.02 %RANDOM
Rwork0.1474 ---
obs0.1488 134762 99.55 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8744 Å20 Å20 Å2
2--8.509 Å20 Å2
3----7.6346 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.207 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13486 0 35 1661 15182
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113764HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9618754HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6411SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes355HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2084HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13764HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.38
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1932SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18683SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 518 5.28 %
Rwork0.1938 9294 -
all0.1957 9812 -
obs--99.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9229-1.35071.76741.81811.42073.42820.1537-0.05770.12040.128-0.035-0.3424-0.05920.3296-0.11880.0061-0.0575-0.2503-0.07130.04860.21762.50499.2665.444
21.17570.5936-0.60070.24840.74050.92350.0676-0.1256-0.00090.31050.0002-0.3463-0.22750.2187-0.0678-0.0115-0.0431-0.1891-0.14930.05440.056553.44199.6736-1.3432
31.3929-0.12170.23122.3544-2.05393.18670.1012-0.1937-0.00350.5019-0.1466-0.0913-0.2107-0.05380.04540.099-0.098-0.1847-0.10590.021-0.066440.2410.559513.7139
40.39770.35580.256500.18630.44690.1398-0.0663-0.12540.2572-0.1236-0.18570.0639-0.0017-0.01620.0634-0.0745-0.2094-0.08470.06220.001145.2656.37587.2768
50.63580.07540.30070.4708-0.02530.40250.07-0.145-0.01120.2089-0.0567-0.0665-0.0029-0.086-0.01340.0243-0.0477-0.0403-0.0166-0.0002-0.077517.13537.8183-4.5296
60.33520.05290.09620.6654-0.15470.43830.0635-0.036-0.00270.1183-0.051-0.0861-0.0002-0.0126-0.0125-0.0205-0.0311-0.058-0.04560.0093-0.04825.57659.2207-15.9582
71.3292-1.01330.60340.1949-0.60631.02220.003-0.2240.16470.1522-0.004-0.1426-0.0693-0.05960.00090.0306-0.0341-0.0638-0.0223-0.0183-0.003621.789318.21-11.1838
81.31151.60030.63292.5466-0.01830.5927-0.0087-0.09250.0119-0.3396-0.07020.0214-0.0459-0.16630.07880.00320.0395-0.01680.05420.01140.0143-0.749523.4271-30.8003
90-2.4322-0.110.22290.90542.37130.1186-0.08920.0488-0.8746-0.1737-0.0884-0.241-0.15950.0552-0.01230.0252-0.0393-0.0056-0.0079-0.0518-9.53075.8163-39.0414
102.5364-0.27110.45767.64842.10822.81590.20630.03750.2657-1.0862-0.27040.8215-0.4455-0.32090.0641-0.06390.0726-0.0827-0.09780.00690.0187-15.01212.5299-35.6479
113.37320.5761.29911.8102-2.12212.6186-0.0820.15390.0658-0.3159-0.09910.27180.3295-0.01820.1810.0743-0.0283-0.0340.07010.0115-0.0628-2.7057-11.3303-48.225
120.24990.065-0.12420.5882-0.02010.37750.02490.0097-0.02950.0151-0.05580.07370.0908-0.0920.031-0.0294-0.0393-0.02170.0026-0.0028-0.0592-0.8136-12.906-30.9072
132.6499-0.95211.12064.5151-1.153800.0684-0.0901-0.19530.1479-0.03820.30960.0462-0.2404-0.03020.0517-0.1092-0.05960.00540.060.00215.0774-18.8424-8.0487
142.38850.35721.2690.9729-0.52551.68870.2122-0.3232-0.21550.1683-0.1018-0.16630.2674-0.1111-0.11050.1543-0.0876-0.2215-0.08350.07240.013637.3666-20.55514.6827
151.4625-0.64121.03921.2457-0.20260.95860.051-0.1411-0.04590.2532-0.0314-0.07910.0309-0.1388-0.01960.0303-0.0966-0.0788-0.04610.0524-0.07720.7972-11.5122-2.7914
161.53130.34890.25771.6492-0.62770.0464-0.062-0.19820.05750.1681-0.01040.0397-0.1353-0.19110.0724-0.0214-0.03090.01960.0374-0.0255-0.0986-3.8207-4.5082-16.308
170.5335-0.09940.02710.8585-0.03390.23220.0641-0.0054-0.08250.1348-0.0778-0.130.0577-0.01850.0136-0.0023-0.0497-0.0785-0.04920.0267-0.025225.4175-14.0619-15.9233
181.74390.21281.47831.27080.02411.468-0.00720.07740.01160.0602-0.0544-0.25070.04320.06990.06160.0643-0.0684-0.2095-0.06740.11290.071549.208-19.19397.6635
190.39043.1766-0.95433.3122-2.42823.1093-0.2263-0.12350.27560.4762-0.1958-0.3004-0.36080.42380.42210.0412-0.0091-0.2284-0.10830.07990.004158.8142-16.325821.8451
200-4.52235.66630.25550.9324.1165-0.1124-0.1948-0.02680.0240.20070.17720.3378-0.1397-0.08830.0666-0.0833-0.1977-0.10690.0863-0.059843.2837-18.549517.7963
212.5667-0.4950.6172.8921-0.86921.1951-0.0306-0.17110.32670.3168-0.05370.0254-0.23370.00520.08440.0566-0.0025-0.0742-0.0377-0.02990.001731.500135.3954-16.5477
220.3381-0.35820.27261.0655-0.59251.58430.00030.0350.01290.00790.0061-0.363-0.10510.0963-0.0064-0.0595-0.0311-0.0343-0.07170.02080.098147.023830.3607-30.0622
230.0699-0.3032-0.18140.49-0.04760.05510.0019-0.00350.06280.1024-0.022-0.1956-0.07660.00010.0201-0.0258-0.0216-0.0532-0.06460.0190.041938.646929.0713-27.3013
240.5425-0.07540.15831.5052-0.46790.30830.0525-0.0074-0.08290.1131-0.059-0.40280.05240.05570.0065-0.0419-0.0046-0.0836-0.0850.02630.145754.1361-9.3006-24.1676
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270.92171.63561.63632.42880.84572.39710.0701-0.0888-0.03160.1501-0.1121-0.35730.17780.03830.042-0.06750.017-0.1382-0.17630.05970.24352.7172-37.2514-17.955
2800.4674-2.60431.6234-0.27020.3440.0436-0.1558-0.02950.2936-0.0442-0.2540.0027-0.16560.0006-0.0859-0.0577-0.2672-0.0520.12870.104552.2982-42.5851-10.2351
297.3761-1.97311.80613.7532-2.25540.27970.0008-0.2655-0.31650.1010.1777-0.38420.35050.067-0.1785-0.1057-0.0138-0.1877-0.28820.08740.363158.4715-47.9327-19.943
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311.2181-0.85560.8654.907-0.21081.12870.02150.0968-0.31070.2846-0.001-0.18580.3-0.1377-0.02050.0271-0.0596-0.0625-0.08840.0190.063627.4602-39.1958-23.6003
321.8414-1.1749-0.12590.01032.36110.0617-0.02010.1473-0.013-0.09250.06480.1095-0.1958-0.0938-0.0447-0.0015-0.003-0.0318-0.0955-0.0070.021527.6819-23.4759-35.6448
332.7153-1.6537-0.40591.19440.22230-0.07780.2616-0.2827-0.1332-0.0863-0.15890.1373-0.02640.16410.0487-0.02770.0187-0.0381-0.02270.127440.5173-35.6401-42.102
340.2576-0.0696-0.020.8117-0.00980.09470.0060.0551-0.0652-0.0286-0.0047-0.16140.0413-0.0243-0.0014-0.0502-0.0134-0.0052-0.0663-0.0071-0.018231.6473-11.154-38.9383
350.0506-0.40240.20071.3505-1.02871.1926-0.06970.0171-0.07020.1427-0.103-0.3681-0.02570.09920.1728-0.0193-0.0003-0.0021-0.05590.00180.187348.3716-24.2277-38.6327
360.55070.04730.00660.6480.04450.26360.01890.0088-0.03710.036-0.0177-0.09610.0348-0.0377-0.0012-0.0276-0.0231-0.0168-0.04680.0059-0.024625.2729-3.3482-32.522
371.1165-0.77590.4930.8175-0.80230.0815-0.0034-0.0206-0.13290.02260.0604-0.03360.0735-0.0521-0.05690.0067-0.01420.0048-0.0302-0.01650.028123.9115-8.4448-39.314
381.0450.47430.67262.44290.63990.8673-0.1245-0.11890.1592-0.1857-0.03780.1282-0.1356-0.1840.1623-0.020.0389-0.01490.01390.0136-0.042417.986330.1889-42.0068
394.621-2.22621.44834.21921.95597.2247-0.2429-0.15950.6036-0.4677-0.0735-0.4403-0.9707-0.690.31640.03510.1144-0.159-0.1057-0.061-0.014220.813744.4547-45.8164
402.23994.30930.40551.8172-0.24951.9574-0.10170.23260.101-0.4314-0.01220.0426-0.11860.03420.11390.0194-0.010.0274-0.05990.0409-0.05326.122128.2812-52.4063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 9-24
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 25-44
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 45-91
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 92-152
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 153-260
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND RESID 261-368
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND RESID 369-392
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND RESID 393-404
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND RESID 405-429
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND RESID 430-468
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND RESID 9-19
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND RESID 20-152
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND RESID 153-166
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND RESID 167-198
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND RESID 199-222
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND RESID 223-259
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND RESID 260-384
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND RESID 385-433
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN B AND RESID 434-455
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN B AND RESID 456-468
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN C AND RESID 9-44
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN C AND RESID 45-92
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN C AND RESID 93-153
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN C AND RESID 154-222
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN C AND RESID 223-259
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN C AND RESID 260-397
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN C AND RESID 398-425
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN C AND RESID 426-436
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN C AND RESID 437-455
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN C AND RESID 456-468
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN D AND RESID 9-43
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN D AND RESID 44-52
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN D AND RESID 53-90
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN D AND RESID 91-222
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN D AND RESID 223-259
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN D AND RESID 260-366
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN D AND RESID 367-386
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN D AND RESID 387-433
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN D AND RESID 434-455
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN D AND RESID 456-470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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