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Yorodumi- PDB-3ocf: Crystal structure of fumarate lyase:delta crystallin from Brucell... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ocf | ||||||
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Title | Crystal structure of fumarate lyase:delta crystallin from Brucella melitensis in native form | ||||||
Components | Fumarate lyase:Delta crystallin | ||||||
Keywords | LYASE / fumarate lyase / fumarase / brucellosis / orchitis / epididymitis / mastitis / dehydration of fumarate to malate / Kreb's cycle / citric acid cycle / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate ammonia-lyase / aspartate ammonia-lyase activity / tricarboxylic acid cycle Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Brucella melitensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of fumarate lyase:delta crystallin from Brucella melitensis in native form Authors: Edwards, T.E. / Arakaki, T.L. / Sankaran, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ocf.cif.gz | 634.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ocf.ent.gz | 522.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ocf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ocf_validation.pdf.gz | 478.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ocf_full_validation.pdf.gz | 490.7 KB | Display | |
Data in XML | 3ocf_validation.xml.gz | 64.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3ocf_validation.cif.gz | 92.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3ocf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3ocf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3oceS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 51462.625 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brucella melitensis (bacteria) / Strain: 2308 / Gene: aspA, BAB1_1959 / Plasmid: AVA0421 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q2YLW1, aspartate ammonia-lyase #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 86.6 mg/mL of BrabA.00047.a.A5 PS00511 full lenght tag against JCSG+ condition A9, 0.2 M ammonium chloride, 20% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...Details: 86.6 mg/mL of BrabA.00047.a.A5 PS00511 full lenght tag against JCSG+ condition A9, 0.2 M ammonium chloride, 20% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 215952a9, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 2, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 90194 / Num. obs: 89781 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 30.177 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.65 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 50.82 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3OCE Resolution: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.2049 / WRfactor Rwork: 0.1541 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.86 / SU B: 11.154 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.2435 / SU Rfree: 0.1944 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.194 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.7 Å2 / Biso mean: 32.2479 Å2 / Biso min: 9.56 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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