PDB-4ane: R80N MUTANT OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE FROM MYCOBACTERIUM T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ane

タイトル

R80N MUTANT OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

要素

NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated perturbation of host Rab small GTPase signal transduction / purine nucleotide metabolic process / pyrimidine nucleotide metabolic process / symbiont-mediated killing of host cell / nuclease activity / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Georgescauld, F. / Moynie, L. / Habersetzer, J. / Lascu, I. / Dautant, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of Mycobacterium Tuberculosis Nucleoside Diphosphate Kinase R80N Mutant in Complex with Citrate
著者: Georgescauld, F. / Moynie, L. / Habersetzer, J. / Dautant, A.

履歴

登録	2012年3月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月3日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月15日	Group: Database references
改定 1.3	2014年1月22日	Group: Database references
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ane.cif.gz	320.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ane.ent.gz	264 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ane.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ane_validation.pdf.gz	488.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ane_full_validation.pdf.gz	501.6 KB	表示
XML形式データ	4ane_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	4ane_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/4ane ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/4ane	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1k44S 4anc 4and S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qa2-d 4and-1 3emt-1 3dkd-1 3ddi-1 3eic-2 3g2x-1 3evw-2 3fbf-1 3fbe-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

D: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

E: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

F: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

ヘテロ分子

87.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.820, 113.340, 107.561
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-2020- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(CHAIN A AND (RESI 2:43 OR RESI 65:136) AND (NAME N OR NAME C OR NAME O OR NAME CA OR NAME CB) )
2	1	1	(CHAIN B AND (RESI 2:43 OR RESI 65:136) AND (NAME N OR NAME C OR NAME O OR NAME CA OR NAME CB) )
3	1	1	(CHAIN C AND (RESI 2:43 OR RESI 65:136) AND (NAME N OR NAME C OR NAME O OR NAME CA OR NAME CB) )
4	1	1	(CHAIN D AND (RESI 2:43 OR RESI 65:136) AND (NAME N OR NAME C OR NAME O OR NAME CA OR NAME CB) )
5	1	1	(CHAIN E AND (RESI 2:43 OR RESI 65:136) AND (NAME N OR NAME C OR NAME O OR NAME CA OR NAME CB) )
6	1	1	(CHAIN F AND (RESI 2:43 OR RESI 65:136) AND (NAME N OR NAME C OR NAME O OR NAME CA OR NAME CB) )

#1: タンパク質	NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE / NDK / NDKA / NDP KINASE / NUCLEOSIDE-2-P KINASE 分子量: 14479.378 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL 参照: UniProt: P84284, UniProt: P9WJH7*PLUS, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 80 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 80 TO ASN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 80 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 80 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 80 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 80 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, ARG 80 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, ARG 80 TO ASN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.2 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.6 詳細: 30% (W/V) PEG4000, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE, PH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 107 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月25日
放射	モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL, SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→32.9 Å / Num. obs: 57601 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K44

1k44

解像度: 1.9→29.651 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2348	2927	5.1 %
R_work	0.1843	-	-
obs	0.1869	57601	92.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 63.576 Å² / k_sol: 0.418 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.4623 Å²	0 Å²	3.679 Å²
2-	-	0.0634 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.5257 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.651 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5933	0	39	448	6420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.078	8405
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.83	2294
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	993
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1111

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	551	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	551	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.185
1	3	C	563	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.094
1	4	D	547	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.16
1	5	E	555	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.137
1	6	F	555	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.189

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9328	0.3295	102	0.2395	2141	X-RAY DIFFRACTION	73
1.9328-1.9679	0.2764	135	0.2166	2443	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9679-2.0057	0.2548	156	0.2077	2794	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0057-2.0467	0.2739	139	0.2001	2886	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0467-2.0912	0.2455	157	0.1968	2848	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0912-2.1398	0.2533	175	0.1891	2863	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1398-2.1933	0.2388	159	0.1757	2846	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1933-2.2526	0.2426	144	0.1766	2889	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2526-2.3188	0.2488	156	0.179	2846	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3188-2.3936	0.2374	132	0.1877	2900	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3936-2.4791	0.2326	166	0.1812	2809	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4791-2.5784	0.2415	154	0.1925	2817	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5784-2.6956	0.2437	143	0.1889	2853	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6956-2.8376	0.2374	164	0.1908	2815	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8376-3.0153	0.2301	151	0.1797	2806	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0153-3.2478	0.2297	154	0.1796	2792	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2478-3.5742	0.2094	131	0.1689	2775	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5742-4.0902	0.2177	139	0.1675	2744	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0902-5.1488	0.1873	150	0.1631	2600	X-RAY DIFFRACTION	88
5.1488-29.6542	0.2901	120	0.2286	2207	X-RAY DIFFRACTION	73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1316	-1.2341	-0.7192	1.2635	-0.3669	3.4477	0.0033	-0.1432	0.0225	0.0143	0.1108	-0.1121	0.1971	0.1636	-0.1065	0.0121	0.0227	-0.0398	0.0416	-0.035	0.0659	5.0768	-17.0686	24.4803
2	3.3837	-0.6243	-2.5191	2.9747	-1.2684	2.9619	0.0684	-0.3935	0.337	-0.4468	-0.1151	-0.4908	0.4959	0.8374	0.0904	0.1397	0.0716	0.0302	0.2347	-0.0332	0.2431	22.267	-16.963	15.0413
3	1.6629	-1.032	-0.2752	1.6334	-0.2881	1.7948	0.0401	0.0306	0.1409	-0.2159	0.0546	-0.1943	0.1321	0.1711	-0.0913	0.0688	0.0297	-0.0061	0.0877	-0.0527	0.1169	8.1869	-15.3003	17.057
4	3.6548	-0.4756	-0.8405	0.6787	0.7729	3.2427	-0.083	-0.2071	-0.4983	0.129	0.115	-0.0861	0.2968	0.0897	-0.0384	0.0907	0.042	-0.037	0.0176	0.0104	0.1091	-0.0702	-20.0345	38.3538
5	2.9073	1.3229	1.4082	1.5921	0.3747	2.8413	0.2332	-0.5145	0.0385	0.643	0.3257	-0.1347	0.7525	-0.686	-0.3242	1.2458	-0.2736	-0.3676	0.7143	0.0738	0.8499	-6.493	-30.8469	53.1559
6	2.6002	-0.482	-0.1004	1.6628	0.5952	1.6949	0.0453	-0.4043	-0.4352	0.3237	0.047	-0.0452	0.3182	-0.0671	-0.0927	0.1497	0.0035	-0.0434	0.0645	0.0494	0.135	-3.9708	-19.4933	43.8667
7	0.6303	0.0784	-0.3177	0.9411	1.3503	2.9662	0.0085	0.1156	0.1529	-0.185	0.127	-0.1319	-0.6014	-0.0661	-0.1568	0.1886	-0.0125	0.0904	0.0276	0.0663	0.1375	-1.1272	15.7446	20.9207
8	7.7633	-0.821	4.3907	8.6648	-2.1013	2.8803	-1.0533	0.9665	-0.0794	0.5242	1.7283	0.9912	-0.6196	-0.2966	-0.0358	0.7681	-0.1555	0.0765	0.3862	0.1715	0.3811	-5.7773	24.4661	5.1199
9	0.4409	0.1577	0.1535	1.0987	-0.2026	2.1776	0.2208	0.434	0.242	-0.3424	0.083	-0.1827	-0.6451	-0.0798	0.029	0.1904	0.0275	0.1242	0.0075	0.1355	0.1256	-0.6907	13.1855	14.3806
10	1.2472	-0.2985	-0.5101	2.2024	-1.1691	2.1888	-0.012	-0.0217	0.2584	0.2704	-0.0258	-0.2178	-0.3306	0.1191	0.0326	0.1052	-0.023	0.0184	0.0318	0.0108	0.1054	-1.7798	14.0866	38.2065
11	1.1311	0.7978	-0.6216	3.3138	-4.4202	6.3577	0.3316	-0.1863	-0.1002	0.5464	0.2117	-0.3459	-1.0405	0.619	-0.3776	0.576	-0.0867	-0.1705	0.3289	0.09	0.4981	9.1349	14.4095	49.1083
12	1.325	-0.4543	0.1871	2.5154	-0.0315	1.3676	-0.0455	-0.0923	0.2538	0.3552	0.0996	-0.1067	-0.249	-0.0345	-0.0542	0.1054	-0.0053	0.0137	0.031	-0.0244	0.0796	-4.8973	11.3893	43.6825
13	1.6953	-0.7165	-1.7277	1.4479	1.3055	2.2162	0.2669	0.6962	-0.1361	-0.0259	-0.5489	0.4227	0.045	-0.8251	0.2946	0.0211	0.0344	-0.0806	0.4309	-0.0735	0.1379	-24.0221	-8.9738	14.3129
14	6.8524	-2.9265	4.1337	6.0444	-5.5835	5.7082	0.2865	0.6815	0.5938	-0.5853	-1.34	-0.056	0.7873	-0.3854	0.862	0.3311	-0.1207	-0.0516	1.0152	-0.3687	0.2668	-23.2234	-21.3487	-0.0051
15	1.1317	0.5663	-1.3016	1.2327	1.0222	2.0648	0.1453	0.5638	-0.0329	-0.2171	-0.1199	0.1653	-0.0051	-0.6437	0.0064	0.062	0.0311	-0.0694	0.3638	-0.0012	0.1044	-16.7711	-10.1432	10.0345
16	1.5291	-0.387	2.4582	2.6485	1.3632	5.703	0.1695	0.9961	0.032	-0.3507	-0.802	1.0452	-0.3709	-2.0126	0.3491	0.1709	0.1913	-0.2106	1.2134	-0.1775	0.4179	-31.7737	-5.8813	5.059
17	0.3731	0.6021	-0.1743	3.9073	-0.6577	4.3374	0.0991	0.1689	-0.0605	0.1307	-0.0742	0.7785	-0.137	-0.5647	-0.0178	-0.0007	0.004	0.0081	0.2707	-0.0316	0.2009	-29.3543	-4.7431	29.8346
18	4.7328	3.8176	2.3229	6.3599	-1.2288	4.0684	-0.0482	-1.2389	1.6934	-3.2568	2.1622	-0.1985	-0.7178	0.085	-1.8254	0.9924	-0.6066	0.2564	1.12	-0.2447	0.9656	-39.0583	2.8063	41.1717
19	1.1056	0.363	-0.0651	1.8606	0.0906	1.5543	0.1632	0.0756	0.1559	0.0516	-0.1709	0.4923	-0.0163	-0.4997	0.0017	0.0083	-0.0088	0.0388	0.2095	-0.0246	0.1752	-29.3728	-3.3553	36.3148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESI 2:43)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESI 44:64)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESI 65:136)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESI 2:51)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESI 52:60)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESI 61:136)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN C AND RESI 2:51)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN C AND RESI 52:64)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESI 65:136)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN D AND RESI 2:52)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN D AND RESI 53:68)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN D AND RESI 69:136)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN E AND RESI 2:51)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN E AND RESI 52:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN E AND RESI 65:122)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN E AND RESI 123:136)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN F AND RESI 2:51)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN F AND RESI 52:62)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN F AND RESI 63:136)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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