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- PDB-4and: CRYSTAL FORM II OF THE D93N MUTANT OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4and
タイトルCRYSTAL FORM II OF THE D93N MUTANT OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
要素NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleotide metabolic process / pyrimidine nucleotide metabolic process / nuclease activity / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / phosphoprotein phosphatase activity / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion ...purine nucleotide metabolic process / pyrimidine nucleotide metabolic process / nuclease activity / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / phosphoprotein phosphatase activity / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.808 Å
データ登録者Georgescauld, F. / Moynie, L. / Habersetzer, J. / Lascu, I. / Dautant, A.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Intersubunit Ionic Interactions Stabilize the Nucleoside Diphosphate Kinase of Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Georgescauld, F. / Moynie, L. / Habersetzer, J. / Cervoni, L. / Mocan, I. / Borza, T. / Harris, P. / Dautant, A. / Lascu, I.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: X-Ray Structure of Mycobacterium Tuberculosis Nucleoside Diphosphate Kinase.
著者: Chen, Y. / Morera, S. / Mocan, J. / Lascu, I. / Janin, J.
履歴
登録2012年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0432
ポリマ－29,0432
非ポリマー00
水46826
1
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1296
ポリマ－87,1296
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
Buried area10350 Å2
ΔGint-28.6 kcal/mol
Surface area32120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.419, 108.419, 108.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2006-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN A AND (RESI 2:43 OR RESI 65:136) AND (NAME C OR NAME O OR NAME CA OR NAME CB OR NAME N ))
211(CHAIN B AND (RESI 2:43 OR RESI 65:136) AND (NAME C OR NAME O OR NAME CA OR NAME CB OR NAME N ))

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE / NDK / NDKA / NDP KINASE / NUCLEOSIDE-2-P KINASE


分子量: 14521.485 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL
参照: UniProt: P84284, UniProt: P9WJH7*PLUS, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 93 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 93 TO ASN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 2% (V/V) PEG400, 0.1 M HEPES, PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→26.3 Å / Num. obs: 10722 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 69.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2.81→2.95 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K44

1k44


解像度: 2.808→26.295 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 26.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 502 4.8 %
Rwork0.2199 --
obs0.2215 10557 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.715 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.808→26.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1958 0 0 26 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7652696
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.104710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003354
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A559X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B559X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8078-3.090.41161110.34512437X-RAY DIFFRACTION97
3.09-3.53620.31021230.2492503X-RAY DIFFRACTION100
3.5362-4.45170.23361480.20562494X-RAY DIFFRACTION100
4.4517-26.29660.21471200.19352621X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.741.79050.46184.1027-0.76790.6633-0.1209-0.34950.0222-0.29260.1381-0.18960.1111-0.11580.00340.245-0.07640.12210.2982-0.10640.345826.58132.8836-10.6243
22.30841.8714-1.40128.38441.52491.99720.5218-0.6219-0.1842-0.7127-1.26280.8258-0.23280.82340.39020.3401-0.1437-0.12360.618-0.21440.463513.7257-2.4435-24.427
30.79911.7102-0.60472.4235-0.28432.3619-0.0120.22380.2797-0.17880.01210.50080.1458-0.69280.03880.2257-0.11320.05640.4371-0.10390.345922.68556.7325-16.71
42.94490.1615-1.74190.062-0.4532.8436-0.0714-0.1327-0.0745-0.2140.1702-0.03930.43490.07110.02230.3972-0.08950.14020.2663-0.05110.349933.8303-3.386-1.1889
50.4166-0.14370.9872.0148-0.68873.66470.43050.2033-0.1076-0.1328-0.34840.52091.20110.44610.25681.42540.06660.56630.75980.29580.778729.7291-8.07216.414
63.02361.5404-1.25862.4366-2.09951.6005-0.1039-0.3536-0.41220.7285-0.0166-0.15560.39340.14580.1990.5365-0.09720.13420.29850.05670.329938.4209-6.68854.7131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESI 2:43)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESI 44:64)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESI 65:136)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESI 2:43)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESI 44:64)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESI 65:136)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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